Proporcionar el conocimiento de los conceptos básicos teóricos y prácticos de la ciencia del suelo

Proporcionar el conocimiento teórico y práctico sobre las propiedades del suelo y la metodología para evaluarlos en campo y en el laboratorio.

Exposición de clases por parte de investigadoras e investigadores internos y externos de sus áreas específicas de conocimiento. Además, se realizará una práctica de campo (2 días) y de laboratorio (4 días). Los estudiantes realizarán un trabajo final evaluando el suelo en base a los resultados obtenidos en la práctica de campo y del laboratorio.

Tener licenciatura en temas afines

Manejo de Word y Excel, PowerPoint básico, ingles (lectura)

• Asistencia 20%
• Participación en clase y en campo 25%
• Practica del laboratorio 20%
• Trabajo final 35%

1. Edafología. Suelo, definición y principales componentes

2. Génesis del suelo

1. Factores de formación
2. Procesos de formación
3. Desarrollo del perfil del suelo, Memoria del suelo
4. Descripción de un perfil del suelo
5. Clasificaciones internacionales del suelo
6. Paleopedología

3. Propiedades físicas del suelo

1. Textura
2. Estructura y Porosidad.
3. Densidad real y aparente
4. Agua en el suelo. Zona Critica. Suelo en el ciclo global del agua.

4. Propiedades químicas del suelo

1. pH, Acidez total e Intercambiable
2. Intercambio de cationes y aniones
3. Mineralogía del suelo
4. Elementos químicos en el suelo

5. Propiedades biológicas y bioquímicas del suelo

1. Ciclo de Carbono
2. Ciclo de N
3. Otros ciclos
4. Materia orgánica, vegetación
5. Organismos: macro, meso, micro
6. Actividad microbiana y enzimática del suelo.

6. Servicios ecosistémicos y funciones del suelo

1. Ciclos Biogeoquímicos
2. Fertilidad, manejo agroecológico.
3. Biodiversidad
4. Material de construcción
5. Registro de paleoambiente
6. Bioindicadores

7. Indicadores de calidad del suelo
   

Parte práctica:

Salida a campo

Explicación del contexto de tratamiento en las parcelas experimentales (Guadalupe Williams),

Descripción del suelo, muestreo, clasificación

experimentos con infiltrómetro, cámara de gases

Trabajo en laboratorio: pH, CE, MO, humedad, textura, cationes int, C, N, P

Actividad enzimática

Análisis de macrofauna

- Introducir al estudiante a los conceptos teóricos de bioquímica, biología molecular, proteómica, metabolómica y las principales aplicaciones en el área biomédica y agrícola.

- Mostrar o describir las principales técnicas en biología molecular, bioquímica, metabolómica y su aplicación en la investigación científica.

El curso será impartido en sesiones I) teóricas para cada tema, II) sesiones de laboratorio para la realización de extracción de ADN, PCR, cuantificación de proteínas, pruebas de bioactividad, actividad enzimática, III) sesiones in silico para análisis bioinformático de secuencias de ADN, para el estudio de proteínas y edición de genes, IV) Síntesis y discusión de temas desarrollados por estudiantes.

Egresados de QFB, Biología, Bioquímica, Biotecnología y áreas afines u otros interesados en el estudio de hongos por medio de las ciencias ómicas.

Conocimientos básicos de cómputo y de laboratorio, capacidad de análisis y síntesis de información.

Para la evaluación se tomará en cuenta la asistencia y puntualidad (30%), participación en laboratorio (40%) y exposición de trabajo final (30%).

1. Biodiversidad y Sistemática de macrohongos.
2. Sistemática y riqueza biocultural como base para la investigación y aprovechamiento biotecnológico de los hongos.
3. Uso de la biología molecular en el estudio de macrohongos silvestres
4. Uso de la proteómica en el estudio de macrohongos silvestres
5. Aplicaciones de la metabolómica para el estudio integral de macrohongos silvestres
6. Metabolismo secundario
7. Edición genética
8. Aplicaciones biomédicas y fitosanitarias de hongos macro y microscópicos
9. Ciencias ómicas en el estudio de simbiosis ectomicorrícica

* Conocer los grupos de insectos acuáticos y ser capaz de identificar los órdenes y principales familias de este grupo.

* Conocer los principales aspectos relacionados con la biología, morfología y papel ecológico de los insectos acuáticos.

* Conocer y entender los principales conceptos relacionados con los ecosistemas dulceacuícolas, así como sus características físicas y químicas.

* Conocer e implementar la metodología apropiada para realizar muestreos sistematizados de insectos acuáticos.

* Conocer e implementar pruebas estadísticas para el análisis de los datos obtenidos.

Las sesiones estarán divididas en dos partes (mañana y tarde). Por la mañana los profesores abordarán la parte teórica del curso, donde se tratarán las generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática e importancia ecológica de los órdenes y familias de insectos acuáticos, así como los principales métodos de recolecta y pruebas estadísticas para analizar datos recabados en campo. El tercer día del curso se llevará a cabo una salida de campo al Río Huehueyapan, en el municipio de Coatepec, Veracruz, donde los alumnos recolectarán insectos acuáticos conforme a las metodologías expuesta en clase. Durante las sesiones prácticas de la tarde los estudiantes llevarán a cabo la identificación taxonómica a nivel de familia de los ejemplares recolectados en campo, así como de ejemplares que se les proporcionarán para complementar la muestra, mismos que serán utilizados para la elaboración de una colección entomológica.

Los alumnos interesados deberán contar con conocimientos básicos de entomología. 

Conocimiento del uso de claves dicotómicas.

* Puntualidad y asistencia a clase (90% para tener derecho a exámenes y entrega de colección entomológica)

* Examen práctico 40% (identificación a nivel de familia)

* Discusión de artículos científicos y participación en clase 20%

* Colección entomológica 40%

Día 1 Introducción

Ambientes dulceacuícolas: aspectos físicos y químicos. Insectos acuáticos: órdenes, biología, morfología, evolución e importancia ecológica. Biomonitoreo. Función de los insectos en los ecosistemas.

Día 2 Muestreo y métodos estadísticos

Tipos de muestreo, equipo de recolección utilizado en campo y distintas pruebas estadísticas para analizar la información recabada.

Día 3 Salida de campo

Vistita al Río Huehueyapan (Coatepec, Veracruz) para recolectar insectos acuáticos.

Día 4 Odonata y Ephemeroptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 5 Collembola, Orthoptera y Plecoptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 6 Hemiptera, Mecoptera, Neuroptera y Megaloptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 7 Trichoptera y Lepidoptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 8 Hymenoptera y Coleoptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 9 Diptera

Generalidades sobre biología, morfología, diversidad, sistemática, importancia ecológica e identificación taxonómica de las principales familias.

Día 10 Colección entomológica y examen

Sesión para trabajar en la colección entomológica por la mañana y por la tarde aplicación de examen.

• Conocer las diferentes técnicas de colecta y preservación de los especímenes botánicos y entomológicos que garanticen muestras representativas de las especies y su preservación a largo plazo.
• Conocer e implementar el estándar para datos de Biodiversidad Darwin Core (Núcleo Darwin, por su nombre en español) para la sistematización e integración de la información asociada a muestreo de biodiversidad y registros resguardados en colecciones biológicas (ej. Metadatos y datos de etiqueta de colecta).
• Conocer el protocolo general para la movilización de diferentes tipos de conjuntos de datos de biodiversidad a través de plataforma de acceso público, GBIF.
• Revisar herramientas de código abierto (lenguaje R) para la descarga y gestión masiva de Big data de biodiversidad.
• Promover mecanismos de ciencia abierta a través de uso de plataformas como Naturalista o publicaciones de datos (ej. Data papers).

Sesiones teórica -prácticas. El curso se desarrollará bajo una modalidad mixta que alternará según el tema, sesiones teóricas y conferencias magistrales entre las 9 y 14 hrs, y la parte práctica de 14 a 17 hrs donde se realizarán ejercicios o actividades de colección según el tema tratado. Es indispensable que cada estudiante tenga su propia laptop.

Salidas de campo. Se realizarán 2 salidas de campo para la colecta de plantas e insectos en dos localidades peri-urbanas de la ciudad de Pátzcuaro (Cerro El Estribo Grande y Cerro Blanco). Durante esta salida se pondrán en práctica métodos básicos de colecta y registros de información en campo para inventarios biológicos. También se implementará un protocolo para el registro de fotografías que puedan ser cargadas, compartidas y útiles para la plataforma Naturalista.mx, con extensión de uso al proyecto compilatorio (Xictoli data: abejas mexicanas y sus flores)

Trabajo en colección. Los especímenes colectados serán ingresados formalmente al herbario del Centro Regional del Bajío (IEB) y a la colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM). El trabajo en ambas colecciones se concentrará en la implementación de los protocolos de curaduría para el procesamiento, sistematización y determinación taxonómica general de los especímenes (Ej., herborización, montaje -botánico y entomológico, y etiquetado).

Aviso importante: Sí alguno de los estudiantes tiene algún conjunto de datos propio (Ej., lista de especies o registros de ocurrencias) que quiera integrar y movilizar en GBIF es bienvenido. Obviamente los créditos del conjunto de datos son de sus autores del set de datos, no de los instructores del curso.

Conocimientos básicos de botánica, entomología e informática. Nivel medio en manejo de hojas de cálculo tipo Excel, lenguaje de programación en R (necesario, pero no indispensable), SIG, y en uso de repositorios públicos (Ej., GitHub, Zenobo, necesario, pero no indispensable).

Las personas asistentes al curso deben tener gusto por el trabajo de campo y de gabinete. De preferencia debe ser meticulosas en la sistematización de los especímenes y la información recabada de éstos. Debe tener paciencia y cuidado durante la estandarización de la información. Disposición para realizar trabajo en equipo.

Entrega e incorporación de 20 especímenes botánicos al herbario IEB y su información digitalizada (30%), entrega e incorporación de 50 especímenes a la colección entomológica CECOM y su información digitalizada (30%), entrega de un borrador de un manuscrito de Datos o Data Paper siguiendo las pautas para la carga y movilización de datos a través del IPT-INECOL Bajío (https://www.gbif.org/publisher/f6faa566-47f0-41c9-8056-5d715cae7c23)   en modo de prueba y presentación en mini seminario (30%) y participación en clase (10%).

Tema 1. Introducción a las colecciones biológicas y plataformas de “ciencia ciudadana” como fuentes de información para el Big Data Biológico.

• Colecciones y sus repositorios.
• Panorama de la cantidad de datos generados a escala global y nacional.

Tema 2. Colecta y preservación de especímenes entomológicos.

• ¿Qué es una colección entomológica? Conozcamos la Colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM-INECOL Bajío).
• Técnicas de colecta y preservación de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de especímenes.
• Toma de fotografías y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 3. Colecta y herborización de ejemplares botánicos.

• ¿Qué es un herbario? Conozcamos el herbario del Instituto de Ecología del Centro Regional del Bajío (IEB).
• Técnicas de colecta, prensado y secado de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de ejemplares.
• Escaneo y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 4. Acceso abierto a datos sobre biodiversidad.

• Repositorios públicos de datos biológicos: Global Biodiversity Facility Infrastructure (GBIF), Catalogue of Life (COL), eBird e iNaturalist.
• ¿Qué significa ser de acceso abierto? Tipos de licenciamiento.
• Otros repositorios públicos: Zenodo, Dryad y Github.

Tema 5. Ciencia Ciudadana Naturalista.

• Naturalista: ¿qué es? y ¿cómo reusar sus datos?
• Tipos de proyecto.
• Campos de observación: tipos y asignación de atributos.
• Uso de Inteligencia artificial en la detección de imágenes particulares.
• Descarga de conjuntos de datos.
• Proyecto Xicotli Data: abejas mexicanas y sus flores.

Tema 6. Estándares de intercambio de información sobre Biodiversidad.

• ¿Qué es TDWG?
• El estándar Darwin Core y qué tipo de información cubre.
• Plinian Core y qué problema resuelve.

Tema 7. Publicando datos en GBIF.

• Entendiendo los datos que se publican en GBIF y su licenciamiento.
• Cómo preparo mi información para publicarla.
• Herramientas útiles para la preparación de los datos.
• Qué se entiende por calidad de los datos y qué tengo que observar.

Tema 8. Artículos científicos de datos: Data Papers.

• ¿Qué observar al momento de publicar un Data Paper?
• Estructura de un Data Paper.
• Dónde alojo los datos para mi Data Paper.
• Algunas revistas dónde publicar mi Data Paper.

Que el alumno aprenda los fundamentos y las técnicas de laboratorio para el análisis químico de agua, suelo, plantas y gases. Que el alumno aprenda a realizar y analizar reportes de laboratorio. Que el alumno aprenda a realizar aislamientos, cultivos y cinéticas de crecimiento de microalgas, cianobacterias, hongos y plantas. Que el alumno aprenda las técnicas de laboratorio para trabajar con de germoplasma de distintos microorganismos

En el curso participarán profesores de la Red de Manejo Biotecnológico de Recursos, cada uno de ellos tendrá sesiones teóricas con presentaciones y discusión de bibliografía, así como prácticas de laboratorio relacionadas al tema que impartan.

El curso tendrá una duración de 4 semanas e iniciará con una breve reunión de las coordinadoras con los estudiantes para explicarles la metodología del curso, los criterios de calificación y el formato de los reportes de las prácticas. Cada tema iniciará con las sesiones teóricas que tendrán, por lo general, una duración de 1h por tema y solo en algunos casos durarán más de 1h. En total serán 21 horas de teoría. Después de las sesiones teóricas iniciarán las prácticas de laboratorio, las cuales cubren un total de 99h y se realizarán en los laboratorios de la Red Manejo Biotecnológico de Recursos con apoyo de los técnicos de la misma Red.

Durante el curso se tiene dos días de asueto (1 y 5 de mayo) por eso se reduce a 18 días de clase con 7 horas diarias, en total serán 126, pero habrá días que saldrán más temprano.

Se requiere que los estudiantes estén inscritos en el programa del posgrado del INECOL o de otras instituciones en áreas químico-biológicas o similares.

Conocimientos básicos de equipo de laboratorio y bases de química y biología.

Asistencia- 5 %; Reportes de prácticas de laboratorio-80 %; Examen 15 %.

Los reportes de las prácticas se deberán elaborar de forma individual

Habrá un examen de repaso al final de cada semana

Tema I. Conceptos y prácticas relevantes de Química Analítica

2.1 Principios de química analítica cualitativa y cuantitativa

2.2Principios y aplicaciones de Espectrofotometría UV-Vis

2.3 Análisis químico del suelo y plantas- muestreo de suelos, muestreo de plantas, procesamiento de las muestras

2.4 Muestreo de cuerpos de agua contaminados y análisis químico de agua

2.5 Análisis de polisacáridos constituyentes de la pared vegetal (celulosa, hemicelulosa, lignina)

2.6 Digestión de biomasa y espectroscopia de absorción atómica

2.7 Principios y aplicaciones de cromatografía de gases para el análisis de gases de efecto invernadero

2.8 Principios y aplicaciones de cromatografía iónica

2.9 Fundamentos de los analizadores de carbono

Tema II. Conceptos y prácticas relevantes de Bioquímica y Microbiología.

2.1 Determinación de enzimas celulolíticas producidas por hongos en fermentación en estado sólido.

2.2 Microalgas y cianobacterias. Aspectos generales de cultivo. Cinética de Crecimiento. Composición Bioquímica

2.3 Desarrollo apical y factores de crecimiento en hongos filamentosos

2.4 Caracterización in vitro de hongos filamentosos

Tema III Técnicas de aislamiento y conservación

3.1 Plantas vasculares.  Técnicas de cultivo de tejidos para el estudio, conservación y propagación de plantas vasculares. El uso del cultivo de tejidos vegetales como herramienta para estudios omicos

3.2 Técnicas generales de aislamiento de hongos, medios de cultivo para optimizar crecimiento. Conservación de hongos: técnicas de conservación por corto y largo tiempo (liofilización, criogenización).

1. Conozca la importancia de la ilustración Científica.
2. Aprenda el uso de la Ilustración Científica en la divulgación y/o difusión de la ciencia.
3. Adquiera las bases que le permitan ilustrar diferentes organismos como son plantas e insectos para su uso en la divulgación y/o difusión de la ciencia.
4. Se familiarice con herramientas para la adquisición de imágenes necesarias para realizar la ilustración.
5. Conozca los materiales adecuados para la elaboración de ilustraciones.

El curso consta de sesiones teóricas en donde el estudiante conocerá los antecedentes de la ilustración, composición y tipografía y su aplicación en la ilustración científica y naturalista, así como de la morfología de plantas e insectos. También tendrá sesiones prácticas en donde aprenderá a reconocer y diferenciar morfología de plantas e insectos y realizará ejercicios con diferentes técnicas para ilustrar.

Conocimientos básicos de ilustración y morfología de plantas y/o insectos.

Nociones básicas de ilustración.

Asistencia, Puntualidad y Participación en clase (10%); Proyecto en clase (40%); Proyecto Final (50%)

SEMANA 1 (6- 9 mayo)

SESIÓN 1. 6 de mayo

Introducción. Antecedentes y procesos de la ilustración científica y naturalista

(Teresa Jiménez)

 SESIÓN 2. 7 de mayo

Introducción a la morfología de plantas (Itzi Fragoso)

Visita al Herbario (Francisco Lorea)

SESIÓN 3. 8 de mayo 

Introducción a la morfología de grupos representativos de insectos

Visita a la colección entomológica (Viridiana Vega)

SESIÓN 4. 9 de mayo 

Ejercicios de dibujo

Técnicas de tinta y grafito (Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

 SEMANA 2 (12-16 mayo)  

SESIÓN 5. 12 de mayo 

Visita al jardín botánico 

Cuaderno de campo y acuarela (Carmen Gutiérrez y Carlos Ortega)

SESIÓN 6. 13 de mayo 

Práctica de acuarela (Carmen Gutiérrez y Carlos Ortega)

SESIÓN 7. 14 de mayo 

Sesión para trabajar láminas científicas (plantas o insectos)

Presentación de propuestas, realización de bocetos

(Viridiana vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

SESIÓN 8. 15 de mayo 

Visita al jardín botánico y Santuario del Bosque de niebla 

Dibujo en campo y técnica de pintura acrílica (Aldo Domínguez)

SESIÓN 9. 16 de mayo

Práctica de pintura acrílica (Aldo Domínguez)

SEMANA 3 (19-23 mayo)

SESIÓN 10. 19 de mayo

Sesión para trabajar láminas científicas (plantas o insectos) / avances en ejercicios. 

(Viridiana Vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

Charla con profesor invitado: Alberto Guerra (1 hr. En línea) 

SESIÓN 11. 20 de mayo

Sesión para trabajar láminas científicas (plantas o insectos) / avances en ejercicios.

(Viridiana Vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

Digitalización de imágenes (Arturo Ibarra)

SESIÓN 12. 21 de mayo 

Sesión para trabajar láminas científicas (plantas o insectos)

(Viridiana Vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

Charla con profesor invitado: Diego Ávila (1 hr.)

SESIÓN 13. 22 de mayo

Entrega final. Revisión

(Viridiana Vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

Charla con profesora invitada: Lilian Tendilla (1 hr. En línea)

 SESIÓN 14. Montaje y exposición de trabajos finales

(Viridiana Vega, Arturo Ibarra y Teresa Jiménez)

1. Adentrarse a las bases epistémicas y al aparato conceptual de las investigaciones socioecológicas.
2. Familiarizarse con las principales escuelas de pensamiento socioecológico.
3. Conocer las pautas de diseño y análisis de investigaciones socioecológicas.
4. Adquirir habilidades metodológicas para el desarrollo de herramientas participativas y multiactorales.
5. Reflexionar las posibilidades y retos de transitar hacia aproximaciones multi-inter y transdisciplinares en los procesos investigativos.
6. Fortalecer las capacidades de pensamiento crítico, discusión académica informada y redacción de textos científicos. Integrar el discernimiento teórico con el desarrollo de habilidades prácticas para el diseño, la implementación y el seguimiento de herramientas analíticas participativas y multiactorales de investigación en diferentes áreas socioecológicas de estudio.

El curso se desarrollará a partir de un balance entre la dimensión teórica y la práctica. Posterior a la introducción/actualización teórica, cada sesión será acompañada de la lectura de un artículo científico que contextualice la pertinencia y aplicaciones de la herramienta en función dentro de las investigaciones socioecológicas, para posteriormente familiarizarse con la disposición de los datos, el empleo de software y el tipo de análisis que es posible desarrollar con las herramientas revisadas. Dentro del curso se priorizará que los estudiantes trabajen con datos de sus investigaciones y que las visualizaciones y análisis a entregar en el trabajo final tengan formatos de alta calidad académica, de tal manera que puedan ser incorporados como resultados dentro de sus tesis o sirvan como insumos para la redacción de manuscritos científicos.

• Disponibilidad de tiempo para atender íntegramente la carga académica del curso.
• Formación académica en algún área de las ciencias ambientales y/o sociales.
• Desarrollo de una tesis u otro trabajo de investigación enmarcado en el área socioecológica.
• Preferentemente haber atendido el Curso de Posgrado de Inecol "Métodos de Investigación Socioecológica"

• Compresión lectora de textos en inglés.
• Interés por integrar temáticas ecológicas y sociales.
• Disposición hacia el trabajo en equipo.
• Acceso a datos empíricos de corte socioecológica (no indispensable).
• Experiencia en el uso de software y herramientas analíticas de investigación (no indispensable).

20% Asistencia

30% Participación en clase

20% Controles de lectura

30% Trabajo final 

1.Introducción a las escuelas de investigación socioecológica. 

2. ¿Cuáles son los supuestos con los que partimos?

3. Ética. Protocolos, consultas. Dilemas sociales

4.Diseño de investigación. Matriz de congruencia teórica-metodológica

5. Inicio de proceso en comunidad. Mapeo de actores, guía de observación

6. Facilitación y manejo de grupos. Organización de talleres

7. IAP y DRP

8. Técnicas de colecta de datos. Entrevistas, grupo focal. Kobos. Bases de datos (Sofía)

9. Listados y calendarios 

10. Cartografía social

11. Mapeos difuso

12. Método Q

13. Análisis de Redes Sociales

14 Análisis de Redes Sociales

15. Agenciamientos

16. Investigación artística

17. Juegos multiactorales

18. Herramientas audiovisuales

19. Monitoreo y evaluación

20. Cierre y evaluación curso

Dirigir la atención de las/los estudiantes a la aproximación experimental fundamentada en bases de datos a nivel local, regional o mundial.

Introducir a las/los estudiantes el cómo elaborar preguntas de investigación y diseño experimental para avanzar el conocimiento científico.

Reconozcan las limitaciones, sesgos y como controlarlos cuando se trata de analizar patrones y procesos con gran volumen de datos disponibles.

El curso gira en torno a prácticas guiadas por el profesor líder del curso o algunos invitados. En estas prácticas el profesor guía planteará un marco conceptual sobre el problema a resolver, definirá una o más preguntas de investigación, planteará el experimento y dirigirá o mostrará a los alumnos las bases de datos que se utilizarán. Cada estudiante ejecutará el "experimento" de forma individual. Compilación de datos, análisis de datos. Para cada ejercicio se entregará un reporte escrito con formato de una revista científica. Cada actividad cerrará con una discusión general sobre el tema investigado en la que participará el profesor guías, asistentes de curso, alumnos y coordinadores.

En la segunda parte del curso cada estudiante plantea una pregunta de investigación que se presentará al grupo para recibir retroalimentación, se ejecutará e proyecto y se presentará un reporte escrito. Estos proyectos se basan en uno o más de los Datapapers de la revista Ecology.

Ser estudiante de algun programa de posgrado.

Fundamentos de ecología.

Fundamentos de estadística.

Fundamentos de evolución.

Asistencia virtual a las sesiones (15%)

Reportes de prácticas guiadas (20%)

Discusión de resultados (20%)

Planteamiento de ejercicio individual (10%)

Reporte de proyecto individual (35%)

Ciencia Abierta.

Bases de datos.

Data papers.

Gradientes de distribución.

Química computacional.

1. Conocer las estrategias de defensa de las plantas para minimizar el consumo de sus tejidos por parte de los herbívoros.
2. Conocer las estrategias de fitófagos para acceder a su recurso y sus consecuencias para la planta hospedera.
3. Discutir las estrategias de los artrópodos carnívoros (depredadores y parasitoides) para encontrar y consumir sus presas/hospederos.
4. Comprender cómo interactúan las plantas, artrópodos herbívoros y artrópodos carnívoros en un contexto de interacciones multitróficas.

El curso será coordinado por un profesor y reforzado con la participación de especialistas en los diferentes temas del curso. Cada tema se abordará en uno a dos días y el coordinador estará presente durante todas las sesiones. El curso es teórico-practico y tiene duración de tres semanas. Las dos primeras semanas son teóricas, organizadas de la siguiente manera: clases formales y presentaciones cortas de artículos por los alumnos del tema expuesto en la clase anterior. Las presentaciones cortas tendrán una duración máxima de 12-15 minutos (+5 minutos para preguntas). En la tercera semana desarrollaremos actividades prácticas grupales en el Santuario del Bosque de Niebla sobre algunos de los temas tratados en las aulas teóricas. Cada grupo (3-4 alumnos) desarrollará un proyecto preestablecido bajo la dirección de un profesor y los resultados del proyecto se presentarán al final de la semana.

Estudiantes de posgrado. Conocimientos básicos de entomología (órdenes).

El estudiante deberá tener habilidad para la comprensión de conceptos biológicos y de textos escritos en inglés sobre las interacciones planta-artrópodo-artrópodo. Habilidad de comunicarse oralmente.

Presentación de artículos: 40%, participación en las discusiones en clase: 20, proyecto practico grupal: 40%

1) Historia evolutiva de las interacciones antagonistas planta-artrópodo. 2) Defensas en plantas: Escape y tolerancia. 3) Defensas físicas y químicas en plantas. 4) Estrategias de ataque de herbívoros. 5) Florivoría. 6)  Artrópodos carnívoros: Depredación y parasitismo. 7) Conectando plantas, herbívoros y enemigos naturales: Interacciones multitróficas.

1) Conocer las bases teóricas del Modelado de Nicho Ecológico (MNE) y de los Modelos de Distribución de Especies (MDE).

2) Conocer la teoría y las aplicaciones empíricas del modelado de nicho ecológicos y distribución de especies.

3) Manejo de algunos de los algoritmos más comunes.

Por facilidades prácticas y disposición de los profesores invitados, este curso será intensivo, de tal manera que se cumplan en total 80 horas de clase, más lecturas extra clase para su discusión. Los alumnos utilizarán parte de horario extra clase para el desarrollo de un proyecto.

Los alumnos deben tener conocimientos en el uso de algún sistema de información geográfica: ArcMap, QuantumGIS, etc. o paqueterías para estos análisis en R. Se dará preferencia a los que demuestren haber tomado un curso de SIG. BECAS: Para los estudiantes externos provenientes de instituciones educativas que tengan convenio vigente con el INECOL.

Además de contar con los conocimientos sobre SIG, los interesados deben tener mucho interés en aprender usar este tipo de herramientas para contestar preguntas biológicas concretas.

Serán evaluados a través de la participación en clase a través, de lecturas, la realización de un examen y mediante la realización y presentación de un proyecto final que desarrollarán durante el curso. El curso será evaluado de la siguiente manera: Proyecto 60%, Examen 20%, participación y lecturas 20%.

1. Introducción: el modelado de nicho como herramienta

       1.1 La Informática de la Biodiversidad

       1.2 Los Modelos de Nicho ¿qué son y para qué sirven? Ejercicio manual con México

2. Breve introducción al uso de Sistemas de Información Geográfica

       2.1 Teoría y Ejercicios (SDMtools)

3. Las unidades del modelado

       3.1 ¿Qué estamos modelando? Conceptos de especie, subespecie y población

       3.2 Ejemplo

4. Áreas de distribución

       4.1 Conceptos y métodos para su determinación

       4.2 Ejemplo de delimitación de áreas (práctica alumnos)

       4.3 Análisis de las áreas (areografía)

       4.4 Biogeografía Histórica y Ecológica

5. Conceptos de nicho (desde Grinnell hasta Chase & Leibold) ¿Qué nicho estamos modelando?
6. Del nicho ecológico a la distribución geográfica (BAM)

       6.1 La dualidad de Hutchinson

       6.2 B, A y de M; su papel en las áreas en BAM (Go, Gi, Gp)

       6.3 Áreas de Calibración

       6.4 Configuraciones de BAM

       6.5 Teoría de conservadurismo de nichos

7. Implementación: calibración de modelos

      7.1 Datos de entrada: biológicos

             7.1.1 Tipos de datos: sólo presencia, presencia/ausencia, presencia/pseudoausencia presencia/entorno

             7.1.2 Consideraciones de los datos biológicos: Formatos, Fuentes de datos, Georreferenciación, Errores asociados

             7.1.3 Práctica de limpieza de datos

      7.2 Datos de entrada: geográficos

             7.2.1 Tipos de datos: variables directas e indirectas (scenopoéticas y bionóminas)

             7.2.2 Consideraciones de los datos geográficos: Formatos, Fuentes de datos, Resolución, Calidad, Temporalidad

             7.2.3 Selección de variables (Teoría y práctica)

8. Implementación:

      8.1 Algoritmos de modelado Master Chef de Algoritmos

             8.1.1 Teoría de BIOCLIM y su interfase (DIVA)

             8.1.2 Ellipsenm

             8.1.3 Teoría de Maxent

             8.1.4 Interfase de Maxent Java

9. Enfrentando la complejidad de Maxent

     9.1 Interfase de Maxent KUENM (teoría y práctica)

10. Transferencia de nichos y áreas no análogas: MESS y MOP
11. Validación de los modelos: Pruebas estadísticas, utilidad y limitaciones, Ji-cuadrado, Índice Kappa, TSS, Curva ROC y AUC – ROC Parcial, Índice Boyce
12. Wallace
13. Cambio Climático

     13.1 Variables del futuro y el pasado

     13.2 Modelos tiempo-específicos

     13.3 Consideraciones al cambio climático

14. Nicho y abundancias (Plática)
15. Conservadurismo filogenético de nichos - Ejercicios Wallace y Elipsoides
16. Aplicaciones de los MNE y MDE: Nichos y abundancias, Cambio climático, Comunidades, Conservación, Biogeografía estacional, Agrobiodiversidad, Enfermedades infecciosas, Especies invasoras, etc.

Práctica

Proyectos de los alumnos

1) Definir e introducir el concepto de las principales fitohormonas y sus funciones. 2) Proporcionar al estudiante las bases conceptuales para identificar cómo las fitohormonas contribuyen al crecimiento, desarrollo, reproducción y diversas respuestas de estrés. 3) Identificar los factores que contribuyen a la acumulación y respuesta de las fitohormonas 4) Explicar los mecanismos de percepción y transmisión de señales hormonales, los mecanismos de control de la respuesta hormonal como: cambios de concentración, sensibilidad. 5) Conocer los distintos tipos de hormonas fundamentales en las plantas y la importancia de su interacción.

La impartición del curso será teórico-práctica y se desarrollará en el aula mediante presentaciones de los profesores del curso con ayuda de audiovisuales, proporcionando información teórica y referencias bibliográficas para que los alumnos puedan profundizar en el tema. También habrá sesiones de discusión de artículos dependiendo las necesidades que se deban cubrir en cada tema. De cada uno de los temas se llevarán a cabo prácticas en el laboratorio con el objetivo de que el alumno pueda visualizar el efecto de las fitohormonas sobre algunos procesos de desarrollo y estrés en plantas.

Los interesados en el curso deberán contar con conocimientos en Biología y áreas afines con un nivel mínimo de licenciatura. Además es deseable que cuenten con conocimientos básicos de Bioquímica y de Biología celular.

Principios básicos de Biología y Bioquímica

El profesor evaluará el desempeño de cada estudiante durante todo el curso con: participación en clase (15%), discusión y presentación de artículos (25%) (previamente seleccionados por el profesor), examen teórico (40%), practicas de laboratorio (20%).

1. Desarrollo vegetal 1.1 Crecimiento y desarrollo 1.2 Patrones de crecimiento y desarrollo 1.3 Juvenilidad 1.4 Totipotencia 1.5 Principios de diferenciación 2. Fitohormonas y reguladores del crecimiento 2.1 Concepto de fitohormona y su mecanismo de acción 2.2 Puntos de regulación: biosíntesis, transporte, degradación, conjugación y vías de señalización 2.3 Participación en el desarrollo y diferentes tipos de estrés. 3. Auxinas 4. Citocininas 5. Ácido salicílico 6. Ácido abscisico 7. Giberelinas 8. Etileno 9. Jasmonatos 10. Nuevas moléculas señalizadoras 11. Interconexiones entre hormonas durante el estrés abiótico 12. Interconexiones entre fitohormonas durante el estrés biótico.

Instalación local de R y preferente algún IDE (RStudio, VS Code, etc.). Poder instalar paquetes, manejar funciones básicas, y cargar datos desde archivos y fuentes remotas.

Conocimiento básico de R, análisis de biodiversidad y datos asociados.

1) Flujos de trabajo y análisis:

– Organización de proyectos y archivos

– Buenas prácticas para nombrar archivos y objetos

– Trabajando con rutas

– Estructuras de datos

2) Manipulación y limpieza de datos

– Pasos a seguir para importar y reestructurar    tablas y archivos.

– Principios de datos ordenados (tidy data) y herramientas del ‘tidyverse’ para ordenar datos

– Expresiones regulares para trabajar con cadenas de texto

– Herramientas para trabajar con datos faltantes 

– Formas de identificar Información repetida

– Exploración rápida de datos

3) Visualización de Datos

– Introducción a ggplot2

– Representaciones gráficas de información

– Personalización de elementos gráficos (ejes, colores, fuentes, leyendas)

– Preparación de figuras científicas 

– Herramientas para exportar gráficos de alta resolución en múltiples formatos

4) Lo que nadie nos enseñó sobre R

– Entornos de trabajo y configuración

– Iteración y vectorización para evitar repetición

– Trabajando con listas

– Manejo de matrices (Gabriel)

– Atajos y herramientas para mayor eficiencia

– Significado de los errores más comunes

5) Aspectos de geografía de la biodiversidad

– Puntos, polígonos, rasters: nuevas paqueterías para manejo de datos espaciales

– Paquetes para generar mapas bivariados

– Trabajo con modelos de elevación digital

– Filogenias: manejo y visualización   

El curso brindará a los estudiantes la oportunidad de:

1) Comprender los roles ambientales y socioeconómicos de las áreas verdes urbanas y el bosque urbano.

2) Identificar los problemas, desafíos y oportunidades en torno a la infraestructura verde en ciudades.

3) Aprender sobre las diferentes metodologías para analizar, manejar y planear los diferentes componentes de infraestructura verde y bosques urbanos.

El curso se imparte de forma virtual y con sesiones de profesores invitados. La actividad en campo tiene como objetivo que los alumnos pongan en práctica una de las diferentes metodologías de análisis de bosques urbanos, además de que escriban un reporte final en formato de reporte de investigación en el que aplicarán los temas aprendidos en clase. Al finalizar el curso, los alumnos presentarán los resultados obtenidos en la práctica de campo.

Las actividades consisten en clases teóricas con discusiones en clase con los alumnos y una práctica de campo que cada alumno realizará en sus respecitivas ciudades. El curso tendrá profesores invitados de diferentes instituciones nacionales e internacionales, y abarcarán temas específicos sobre las bases teóricas de la silvicultura urbana, la relación entre bosques urbanos y la salud humana, los desafíos de la construcción y el diseño urbano y la arboricultura, la biodiversidad urbana, y percepciones de los ciudadanos.

No es necesario ningún prerequisito para tomar este curso

No es necesaria ningúna habilidad ni destreza previa para tomar este curso

El curso se evaluará con la participación en clase de los alumnos (30%), un reporte de investigación final (40%), y una presentación en clase (30%).

1. Definiciones, introducción a la disciplina de la forestería urbana.

• Introducción, descripción general y definiciones de infraestructura verde y bosques urbanos. Funciones y beneficios de la infraestructura verde y bosques urbanos.
• An urban forest: parcel by parcel. Profesora invitada Dra. Danijela Puric-Mladenovic, Universidad de Toronto, Canadá.
• Permanent city dwellers: taking care of urban trees so they can take care of us in a global climate crisis. Profesora invitada Dra. Sivajanani Sivarajah, Universidad de Laval, Canadá.

2. Biodiversidad asociada a los bosques urbanos.

• Biodiversidad: Patrones globales de la biodiversidad urbana. Homogeneización biótica. Especies nativas y no nativas, y especies invasoras.
• Impacto de la urbanización en la diversidad funcional de las comunidades de macromicetos a lo largo de un ecosistema urbano en el suroeste México. Profesor invitado Dr. Marko Gómez-Hernández. CIDIIR, Oaxaca.
• Fauna nativa en ambientes antropizados. Profesor invitado Dr. Romeo Saldaña Vázquez. IBERO, Puebla.
• Estudios en dos bosques urbanos: Planeación espacial de bosques urbanos en la Ciudad de México. Regeneración y restauración de bosques urbanos en Xalapa, Veracruz.

3. Factores que afectan las características de los bosques urbanos.

• Factores biofísicos y socioeconómicos que influyen en los patrones de diversidad de los bosques urbanos.
• Percepciones de los ciudadanos en contextos urbanos y boscosos. Profesora invitada Dra. Socorro Aguilar Cucurachi. Universidad Veracruzana.

4. Métodos y técnicas de medición y evaluación del arbolado urbano. iTree, Neighbourwoods, SIG.

• Planes de Manejo de Bosques Urbanos.
• Neighbourwoods: Protocolo para la construcción de un inventario de arbolado urbano. Teórico y práctico.
• Introducción a la identificación de las principales espeices de árboles en ciudades.

5. Manejo de bosques urbanos: criterios de poda, derribo, atención a plagas y enfermedades. 

• Arboricultura, diseño y construcción.  Profesor invitado Edgar Ojeda, arborista certificado ISA. México.

-Que el estudiante aprenda diversos técnicas para realizar el aislamiento, caracterización microbiológica e identificación de microorganismos.

-Que el estudiante conozca diversas herramientas y técnicas biología molecular y celular en el estudio del desarrollo de las plantas.

El curso práctico se llevará a cabo mediante el desarrollo de diversas prácticas de laboratorio donde el estudiante desarrolle las habilidades en el uso de técnicas en las áreas de microbiología, biología celular y molecular de plantas.

Se recomienda que el estudiante tenga una preparación básica en microbiología, biología celular, biología molecular y fisiología vegetal.

Conocimiento básico de reglas y medidas de seguridad de trabajo en el laboratorio, cultivo de microorganismos in vitro, preparación y formulación de medios de cultivo, técnicas de biología molecular en la caracterización de microorganismos.

Aspectos teóricos 10%, Campo y Laboratorio 70%, Reporte de prácticas de laboratorio 20%.

1. Aspectos teóricos del estudio de las interacciones planta-microorganismo (8 horas)
2. Colecta de material biológico en campo. Técnicas de colecta de campo para el aislamiento de bacterias y hongos microscópicos. Técnicas de preservación de muestras biológicas para su traslado al laboratorio. (12 horas)
   
3. Aislamiento, caracterización microbiológica e identificación molecular de bacterias asociadas. Métodos de cultivo para el aislamiento de bacterias, caracterización microbiológica, Tinción Gram, métodos de cultivos y obtención de cultivos puros, métodos de preservación de aislados bacterianos, curvas de crecimiento bacteriano. Extracción de ADN bacteriano y amplificación por PCR y diseño de oligonucleótidos. Evaluación de la integridad y calidad del ADN mediante geles de agarosa y expectrofotometría. Análisis bioinformático de las secuencias de gen ARN ribosomal 16s para la identificación molecular de bacterias. Construcción de árboles filogenéticos. (40 horas) 
4. Aislamiento, caracterización microbiológica e identificación molecular de hongos fitopatógenos. Medios de cultivo para el aislamiento de hongos fitopatógenos de tejido vegetal. Preparaciones para microscopía de campo claro, métodos de aislamiento y obtención de cultivos puros. Métodos de preservación de cepas fúngicas, viabilidad y cuantificación de esporas. Extracción de ADN y amplificación de diferentes marcadores moleculares para asignación taxonómica. Análisis y edición de secuencias y construcción de árboles filogenéticos. (40 horas)
   
5. Herramientas y técnicas en el estudio de interacciones de planta-microorganismo. Preparación de medios de cultivo y preparación de material vegetal para su germinación y cultivo in vitro. Ensayos de evaluación planta-microorganismo. Evaluación de variables de crecimiento. Cuantificación de clorofila y antocianinas. Análisis de la expresión de genes relacionados en respuesta a diversas fitohormonas y nutrición vegetal. Fijación de material biológico para su análisis por microscopía óptica. Herramientas de imagenología para la evaluación de variables de crecimiento. (50 horas)
   
6. Herramientas de microscopía en el estudio de interacciones planta-microorganismo. Análisis de la expresión de genes relacionados con respuesta de defensa y desarrollo en las plantas durante la interacción con microorganismos mediante el uso de microscopía confocal. (10 horas)
   

Enseñar a los estudiantes el método científico en campo.

Aprendizaje de diferentes diseños experimentales y pruebas estadísticas.

Enseñar cómo realizar trabajos en grupo de manera eficiente.

Aplicar los conocimientos por medio comparativo de dos grupos de plantas.

Cada día se darán 2 horas de clases teóricas, seguidas por 10 horas de trabajos prácticos de campo incluyendo la presentación y discusión de resultados sobre los proyectos.

Cada estudiante participa en una práctica grupal y una individual.

Al final del día los estudiantes exponen sus trabajos a discusión ante todos los participantes.

Conocimientos básicos de botánica, ecología, método científico e inglés.

Experiencia básica con estadística.

Buena disposición para trabajo en grupo y tolerancia social.

Manejo de trabajo bajo condiciones estresantes por el clima caluroso, el esfuerzo físico-mental, presencia de animales y plantas tóxicas, y tiempo limitado.

La participación en el curso, dos presentaciones y dos trabajos escritos en formato de un artículo científico (uno sobre la práctica individual y otro sobre la práctica grupal) proporcionan cada uno 20% de la evaluación final.

Día 1 (lunes) 1. Salida de Xalapa, Viaje a Los Tuxtlas 2. Clase teórica vespertina: Vegetación de Los Tuxtlas 3. Recorrido de campo 4. Formación de grupos de trabajo, cada uno apoyado por un profesor Día 2 5. Clase teórica matutina: Sistemática de plantas 6. Introducción a los temas grupales 7. Identificación de especies en campo 8. Clase teórica vespertina: Método científico 9. Discusión de bibliografía Día 3 10. Clases teórica matutina: Interacciones hormiga-planta 11. Introducción a los temas grupales 12. Identificación de especies en campo 13. Clase teórica vespertina: Diseños experimentales Día 4 14. Clases teóricas: Morfología de plantas 15. Trabajos grupales de campo 16. Discusión de avances Día 5 17. Clases teóricas: Reproducción de plantas y ciclos de vida 18. Trabajos grupales de campo 19. Presentación final de trabajos grupales Día 6 20. Clases teóricas: Biodiversidad 21. Trabajos grupales de campo (salida de la estación) Día 7 22. Clases teóricas: Herbivoria 23. Trabajos grupales de campo 24. Discusión de avances Día 8 25. Clases teóricas: Evolución de plantas 26. Trabajos grupales de campo 27. Presentación final de trabajos grupales Día 9 28. Clases teóricas: Fenología y demografía de poblaciones 29. Trabajos grupales de campo (salida de la estación) Día 10 30. Clases teóricas: Hormigas 31. Trabajos grupales de campo 32. Discusión de avances Día 11 33. Clases teóricas: Ecofisiología de plantas 34. Trabajos grupales de campo 35. Presentación final de trabajos grupales Día 12 36. Trabajos individuales de campo 37. Redacción de trabajos individuales 38. Discusión de avances Día 13 39. Trabajos individuales de campo 40. Redacción de trabajos individuales 41. Presentación de trabajos individuales concluidos, 42. Entrega de manuscritos 43. Discusión final 44. Viaje de regreso de Los Tuxtlas a Xalapa

1. Aprender a proponer proyectos de investigación breves, y ejercitar la creatividad científica.
2. Ejercitarse en el trabajo de campo, aprender diferentes técnicas de muestreo y análisis de resultados.
3. Adquirir experiencia en la presentación oral de propuestas de investigación, así como de los resultados de los proyectos de investigación.
4. Adquirir experiencia en la elaboración de manuscritos, siguiendo el formato de los manuscritos científicos.

1. La estación será CICOLMA (La mancha). Se realizarán pláticas introductorias y recorridos de los sitios, para que los y las estudiantes se familiaricen, donde se dará información de la historia natural del lugar; al mismo tiempo se podrán plantear preguntas específicas de ecología e historia natural.
2. En los dos sitios se harán proyectos de grupo dirigidos por profesores invitados, cada uno de los cuales resulta en un informe (oral y escrito). Los y las alumnos son responsables de la toma de datos y su análisis, hacer las presentaciones orales de los resultados y presentar los informes escritos de acuerdo al formato predeterminado. De igual forma, dependiendo de la propuesta de los profesores, podrán aportar de forma complementario en el planteamiento de preguntas, objetivos y el diseño experimental y análisis para responder las preguntas y objetivos específicos.
3. Los y las alumnos deben de realizar un proyecto de investigación en equipos de 2-3 personas, y presentar su propuesta oral, desarrollar el trabajo de campo, analizar los datos, formular una presentación oral y realizar un informe escrito de acuerdo al formato establecido. Además, cada estudiante debe de revisar, editar y aprobar el contenido de los manuscritos que se entreguen con su autoría a los coordinadores.
4. Los manuscritos se entregarán de acuerdo al calendario de actividades en formato electrónico. No se aceptarán informes en fechas posteriores a las indicadas.
5. Durante el curso, los profesores invitados y otros profesores podrán dictar pláticas sobre diversos temas que pueden derivarse en discusiones sobre ecología, conservación, etc. Los profesores están a la vanguardia en sus áreas de especialidad y los alumnos deben de aprovechar su experiencia y conocimiento. Es necesario recalcar que todos los profesores estarán a la completa disposición de los alumnos para discutir los temas de investigación desarrollados en el curso, así como cualquier otro tema de interés de los estudiantes.

1. Estudiantes de Posgrado que hayan llevado cursos de ecología poblaciones, ecología de comunidades y estadística.
2. Disposición para trabajo intenso de campo, laboratorio y gabinete.
3. Disposición para convivencia con los compañeros y profesores durante el tiempo del curso.
4. Dedicación de tiempo completo.

Una alta capacidad de trabajo en equipo y una amplia disposición de colaboración.

1. La evaluación se basa en el desempeño de los alumnos durante el curso (participación, creatividad, puntualidad, entusiasmo, etc.):
   Prácticas individuales 25 puntos cada una (1 en total). Total 25
   1. Prácticas de grupo¹, 25 puntos cada una² (3 en total). Total 75

TOTAL 100 puntos

¹ Los profesores invitados darán una evaluación subjetiva de la participación individual de los alumnos participantes en su práctica, que podrá ser ponderada en la asignación de calificación individual.

² La calificación será la misma para cada uno de los estudiantes participantes en ella.

1. En particular, cada práctica será evaluada conforme los siguientes criterios:
   Prácticas individuales:

Presentación oral (protocolo) 30

Presentación oral (resultados y discusión) 30

Texto (calidad académica, redacción, seguimiento de la guía de informes) 40

1. Prácticas de grupo:

Presentación oral (resultados y discusión) 40

Texto (calidad académica, redacción, seguimiento de la guía de informes) 60

1. En ambos casos hay sanciones si no se cumple con el formato indicado en la guía para la elaboración de los informes y si hay errores ortográficos.

Ecología de plantas parásitas

Ecología de interacciones planta-animal

Ecología de dunas costeras

Ecología de manglares y fisiología de plantas

Ecología de sistemas de agua dulce

Ecología de la restauración de bosques y selvas

1) Introducir los modelos jerárquicos para la solución conceptual, analítica y numérica de la estimación poblacional.

2) Describir los modelos jerárquicos de ocupación, de distancia y de captura-recaptura espacialmente explícitos.

3) Aplicar estos modelos jerárquicos a la estimación del tamaño poblacional de la distribución, abundancia y densidad empleando aproximaciones de máxima verosimilitud y bayesianas.  

4) Entender estos enfoques y métodos para el estudio de la distribución y abundancia a diferentes escalas y su aplicación a problemas de conservación y manejo.

5) Conocer los principales programas computacionales y paquetes R  empleados para este propósito.

6) Aplicar estos paquetes y programas a datos específicos.

7) Conocer la literatura más reciente en este campo.

1) Es un curso híbido (presencial y en línea simultanea).

2) No es un curso en campo. 

3) Es un curso donde se empleará R. Es decir, se sugiere conocer y tener experiencia en el empleo del mismo.

4) Es un curso donde se aplicarán  varios programas y paquetes R. Es decir, se verán las funciones básicas para ejecutar diferentes modelos para la estimación de parámetros. 

5) Es un curso introductorio a conceptos de modelación y enfoques estadísticos. Es decir, se sugiere revisar previamente conceptos que no sean muy conocidos. 

6) Es un curso con videoconferencias. Es decir, se sugiere paciencia en caso de lentitud en la internet. 

7) Es un curso para intercambiar ideas y experiencia. Es decir, se sugiere traer una presentación corta de sus trabajos de tesis, investigación u otro; así como dudas y preguntas puntuales.

8) Es un curso para aprender y socializar. Es decir, se sugiere entusiasmo y buena disposición; aunque no desvelarse todos los días…!

- Para los estudiantes externos provenientes de instituciones educativas que tengan convenio vigente con el INECOL, se condona el 100%.

- Los estudiantes sin convenio deberán cubrir el 50% de la cuota.

- Preferentemente, ecología general, conocimientos de estadística básica, modelos lineales generalizados (GLMs tipo gaussianos, Poisson y logísticos), empleo de R, interés y/o experiencia en campo de algún método de conteo.

- Se requiere que cada alumno lleve su laptop y cargue los programas y paquetes R (todos gratuitos).

- Asistencia y puntualidad (5%).

- Lecturas para analizar, exponer y discutir en clase (25%)

- Desarrollo proyecto grupal (50%).

- Participación en clase (20%).

Detalles del proyecto por equipos:

- Objetivo: Que los alumnos analicen datos propios aplicando por lo menos tres de las aproximaciones de modelado  y expongan sus resultados.

- Equipos: Se crearán 10 equipos de 3 integrantes cada uno.

- Estructura: los proyectos deberán presentarse en el formato clásico de investigación. Es decir, incluir introducción, objetivo, área de estudio, métodos, resultados, discusión, conclusiones y recomendaciones, bibliografía.

- Presentación: el último día de clase cada equipo hará una presentación de 30 min. Las presentaciones tienen que ser en formatos HTML y/o Beamer PDF.

- Calificación: las presentaciones se entregarán a los coordinadores y tendrán un valor del 50% de la calificación individual.

- Módulo 1. Conceptos y métodos estimación tamaño poblacional •Introducción general ecología de (meta)poblaciones •Fórmulas generales de abundancia (N), densidad (D) y ocupación (?) •Descripción general de los métodos: conteos huellas, excretas, nidos/madrigueras; conteos en transectos de franja y de línea; captura-recaptura y foto-trampeo; otros (ADN)

- Módulo 2. Introducción al enfoque frecuentista y bayesiano •Modelos LM, GLM y GLMM •Distribuciones probabilísticas: Poisson, binomial, binomial negativa, Bernoulli, multinomial, normal, log-normal, beta, gamma, uniforme •Modelos jerárquicos: proceso ecológico (tamaño poblacional) y proceso observacional (probabilidad de detección) •Estadística clásica o frecuentista de máxima verosimilitud •Teorema de Bayes •Distribución posterior, a priori y verosimilitud •Cadenas Markov Monte Carlo •Ingeniería BUGS (WinBUGS, JAGS)

- Módulo 3. Ejemplos de aplicación •Programas computacionales: DISTANCE, PRESENCE, MARK, DENSITY •Paquetes R: camtrapR, unmarked, secr, SPACECAM, wiqid, •Modelos jerárquicos “canónicos”: modelos de ocupación; modelos N-mixto para abundancia; modelos de distancia para densidad; modelos espaciales explícitos de captura-recaptura.

• Comprender las bases teóricas del origen y evolución de la fitofagía en los insectos terrestres, así como los aspectos fundamentales de su historia natural y ciclos de vida, en relación con la explotación y uso de los recursos.
• Conocer los sistemas y técnicas de detección y monitoreo poblacional de especies fitófagas, así como los métodos convencionales y biológicos utilizados para el manejo de especies nocivas en sistemas productivos.
• Identificar los caracteres morfológicos y adaptativos relacionados con la fitofagia en los insectos terrestres, destacando algunas familias representativas.

El curso se llevará a cabo de manera presencial en las instalaciones del Instituto de Ecología AC (INECOL) en su sede principal en Xalapa, Veracruz (México). Es un curso intensivo con una duración de 12 días efectivos de trabajo continuo, por lo que se requiere de tiempo completo.

El curso tiene un componente mixto, en una proporción equivalente de sesiones teóricas (50%) y prácticas (50%), de tal forma que el estudiante adquiera los conocimientos básicos relacionados con las adaptaciones biológicas y evolutivas de los insectos fitófagos, conozca las técnicas relacionadas con su monitoreo y manejo, además de adquirir las destrezas suficientes para el reconocimiento de los principales grupos taxonómicos que viven en las plantas.

El contenido está dividido en 4 módulos temáticos sobre: 1) Ecología y evolución; 2) Biología y métodos de identificación; 3) Métodos de monitoreo poblacional; y 4) Agricultura y manejo de especies nocivas. En el aula será impartida la teoría básica de las interacciones antagonistas insecto-planta, su ecología, monitoreo y manejo, apoyada con estudios de caso y complementada con sesiones prácticas en el laboratorio, además de la elaboración de ensayos temáticos que serán preparados, presentados y discutidos por los estudiantes.

En el laboratorio se llevarán a cabo sesiones prácticas para el reconocimiento de los rasgos morfológicos de relevancia taxonómica en grupos selectos de fitófagos, además de ejemplos demostrativos para la identificación de especímenes de algunas familias representativas. Al final del curso se hará una evaluación de los conceptos teóricos y prácticos, para reforzar el aprendizaje y comprensión efectiva de los estudiantes.

La literatura básica de apoyo para las sesiones teóricas y prácticas será proporcionada por el coordinador del curso a los alumnos inscritos. El cupo mínimo de alumnos inscritos será de 4 hasta un máximo de 10 estudiantes. Se requiere del uso del Aula Laboratorio del Posgrado institucional que cuenta con espacios de laboratorio suficientes, además de estereomicroscopios en buen estado para su asignación individual por estudiante.

El curso está dirigido principalmente a personas que cursan estudios de Posgrado en alguna área de las Ciencias Naturales, de preferencia con conocimientos básicos de entomología e interacciones ecológicas. Se aceptan estudiantes de posgrado de otras instituciones que cumplan los requisitos señalados por el posgrado del INECOL. Para otros estudiantes externos se requiere al menos un título de Licenciatura afín a esta área del conocimiento, los cuales deberán establecer un contacto previo con el coordinador del curso.

Conocimientos básicos de entomología e interacciones ecológicas

Participación y desempeño en las sesiones teóricas y prácticas de todo el curso. Presentación de ensayos temáticos durante el curso. Examen final práctico de identificación de especímenes preservados.

Participación y desempeño en sesiones teóricas y prácticas: 40 %

Evaluación de ensayo temático (presentación oral y escrita): 30 %

Evaluación práctica de reconocimiento taxonómico: 30 %

Introducción del curso: Presentación de profesores y objetivos; Criterios de evaluación y dinámica didáctica; Presentación de participantes.

Módulo 1. Ecología y evolución (10 hrs)

Origen y adaptaciones alimentarias de insectos fitófagos; Sistemática y evolución de la fitofagia; Morfología, fisiología y rasgos adaptativos de las interacciones antagonistas insecto-planta; Ciclos de vida y explotación de recursos.

Módulo 2. Biología y métodos de identificación (40 hrs)

Biología y morfología básica de los principales ordenes de insectos fitófagos (Coleoptera, Diptera, Orthoptera, Lepidoptera, Hemiptera).

Módulo 3. Métodos de monitoreo poblacional (10 hrs)

Sistemas de monitoreo poblacional de insectos fitófagos; Métodos directos en plantas; Métodos indirectos (uso trampas y atrayentes).

Módulo 4. Agricultura y manejo de especies nocivas (10 hrs)

Métodos de evaluación para el manejo de plagas en sistemas productivos; Métodos convencionales; Métodos biológicos; Método autocida.

? Acercar a los estudiantes a los elementos básicos, teóricos y prácticos sobre el manejo y aprovechamiento de algunos hongos. ? Proporcionar las técnicas básicas de colecta de hongos silvestres e identificación taxonómica. ? Describir las características biológicas y fisiológicas de los hongos. ? Proporcionar las bases de los métodos de aislamiento, conservación de hongos y creación de un cepario. ? Presentar los procesos metodológicos para la propagación y preparación de muestras de hongos ? Abordar los criterios para la selección y tratamiento de residuos orgánicos para el cultivo de hongos. ? Proporcionar las técnicas de inoculación y las estrategias de fructificación de hongos. ? Aportar a los estudiantes los conocimientos para el diagnóstico y control de enfermedades. ? Discutir los aspectos de propiedades de los hongos. ? Capacitar a los estudiantes sobre la aplicación de la biología molecular en la definición de especies en hongos.

El curso será coordinado por 2 profesores, e impartido por especialistas, tanto del Instituto como externos, de distintas áreas de la Micología. Cada profesor impartirá el tema asignado o parte de él, de acuerdo al programa que se presenta abajo. Cada tema se verá en uno a dos días y al menos uno de los coordinadores estará presente durante todas las sesiones, con el propósito de generar discusión entre profesor y alumnos, coadyuvando a fomentar la continuidad y cohesión de los temas tratados. Se revisará literatura propuesta y los temas del curso serán impartidos con base en ejemplos prácticos. La organización del curso será de la siguiente manera: clases formales, evaluación final de seminario por los alumnos frente a grupo, donde desarrollen alguno de los temas expuestos y examen escrito. Se hará una salida de campo en la que permitirá a los alumnos identificar las instalaciones, condiciones y prácticas de cómo cultivar hongos y manejar y usar los recursos en las diferentes etapas de un sistema productivo. 

Se podrán inscribir alumnos que estén inscrito en el Posgrado del INECOL  o de otras instituciones. Así también, profesionistas  con conocimientos afines a las carreras de Lic. en Biología, Ciencias Agropecuarias, Agronomía, Alimentos, entre otras.

El estudiante deberá tener habilidad para la comprensión de conceptos biológicos y de textos escritos en inglés sobre micologia. Así también contar con conocimientos básicos de biología y micología y nociones de trabajo de laboratorio.

El curso se evaluará con un examen escrito (40%), la presentación de un trabajo, escrito y oral, de un tema tratado durante el curso (30%). La presentación de reportes de las prácticas y salida de campo tendrá un valor de 20%, la participación en clase y discusión de artículos de 10%.

Temas del curso Sesión 1: Taxonomía de Hongos macroscópicos Sesión 2: Biotecnología de Hongos microscópicos Sesión 3: Aislamiento de Cepas, Genética y Conservación de hongos (Cepario) Sesión 4: Métodos y técnicas en biología molecular 5:Metabolómica para búsqueda de productos naturales bioactivos de origen fúngico Sesión 6: Enzimas lignocelulolíticas Sesión 7: Producción de inóculo Sesión 7:  8: Valor nutricional de los hongos comestibles Sesión 9: Tecnología del cultivo del champiñón Sesión 10: Cultivo de Hongos Ectomicorrizógenos Sesión 11:  Cultivo de Morchella Sesión 12: Producción de abono Sesión 13: Tecnología del cultivo de Pleurotus Sesión 14: Tecnología del cultivo de cuitlacoche 15: Tecnología del cultivo de Lentinula (shiitake) Sesión 16: Cultivo de hongos tropicales Sesión 17: Fisiología y fisicoquímica de la postcosecha de hongos Sesión 19: Cultivo de Agaricus subrufescences Sesión 20: Visita a planta champiñonera Sesión 21: Discusión de artículos Sesión 22: Producción de hongos comestibles en Brasil Sesión 23: Exposición de tema por alumnos Sesión 24: Examen escrito

1. 1. Comprender como la interacción de las plantas con el ambiente biótico y abiótico afecta los procesos de crecimiento y distribución de las especies vegetales.

    

   2. Entender el rol de las características morfo-fisiológicas de las plantas y su asociación en el funcionamiento del ecosistema.

    

   3. Aprender a recolectar datos de las plantas creciendo en el campo con el uso de metodologías y equipos ecofisiológicos.

Cada día de clase tendrá una duración de 8 horas. Durante la primera hora se presentarán los fundamentos teóricos y bases conceptuales de cada tema. Las siguientes horas se emplearán para el desarrollo de las actividades en campo y técnicas de laboratorio. Las actividades en el campo se realizarán de manera grupal en el Santuario del Bosque de Niebla del INECOL y las del laboratorio en el Laboratorio de Posgrado.

Se abordarán cuatro unidades: 1-Medio abiótico; 2-Fotosíntesis; 3-Relaciones hídricas y 4-Análisis de diversidad funcional.

Todas las actividades prácticas se realizarán de manera grupal.

El primer día se establecerán parcelas de muestreo en el Bosque de Niebla, donde se censarán las comunidades vegetales y se caracterizarán las condiciones topográficas y climáticas. Posteriormente, las actividades prácticas se desarrollarán dentro de las parcelas establecidas.

Individualmente se generará un reporte del proyecto por la temática de la unidad.

El quinto día se estimarán parámetros de diversidad funcional de las comunidades vegetales en el Bosque de Niebla del Santuario. Los resultados de diversidad funcional y su interpretación formarán parte del proyecto final.

1. Formato de protocolo del proyecto:
   1. Título y nombre de autores.
   2. Introducción (máximo 500 palabras): describir las variables y su aplicación para entender la relación de las plantas con el microambiente.
   3. Pasos y herramientas para estimar las variables: indicar el procedimiento para estimar las variables, puede incluir imágenes, tablas, figuras, fotos.
   4. Referencias: incluir la literatura clave en formato APA.

Conocimiento básico de ecología y botánica.

Capacidad de trabajo en equipo, conocimientos básicos de análisis y gráficos de datos. Capacidad de trabajo bajo condiciones estresantes en el campo. Lectura fluida de textos en inglés.

De manera individual cada unidad será evaluada equitativamente con la entrega de un protocolo. Y como proyecto final se entregará un protocolo general que compile las 4 unidades, además de la introducción y conclusión general.

Criterio y % de Calificación

1-Protocolo de Medio abiótico. 20%

2-Protocolo Fotosíntesis. 20%

3-Protocolo Relaciones hídricas. 20%

4-Protocolo Análisis de diversidad funcional. 20%

5-Compilacion de protocolos + Introducción y Conclusión General. 20%

TOTAL 100%

1. Día 1: 1Medio físico (variables ambientales) y patrones ecológicos (composición y estructura de las comunidades).
2. Día 2: 2 Fotosíntesis: Reacciones lumínicas y en oscuridad, características funcionales relacionadas a la fotosíntesis.
3. Días 3 y 4: Relaciones hídricas: Potencial hídrico, flujo de agua a través del xilema, atributos funcionales asociados a las relaciones hídricas.
4. Día 5: Escalando del individuo a la comunidad: Análisis de atributos funcionales para describir la funcionalidad del bosque.

Que el estudiante conozca técnicas y herramientas para la recolecta, manejo y preservación de especímenes de hongos, con énfasis en los basidiomicetos (saprobios, parásitos, ectomicorrizógenos), incluyendo especies comestibles silvestres. Que reconozca el valor del espécimen como muestra de estudio, y evidencia científica, y como componente para impulsar o desarrollar colecciones biológicas. Que se informe de las técnicas y herramientas para reconocer, medir y analizar diferentes tipos de caracteres (morfológicos/moleculares) en basidiomicetos. Que reconozca la importancia de la sistemática molecular en la identificación de especies fúngicas. Que visualice vacíos de información en el conocimiento de los hongos de México y cuente con herramientas para impulsar su estudio.

Se destinarán sesiones i) teóricas para temas específicos, ii) sesiones de campo para el reconocimiento de poblaciones silvestres de hongos y explicaciones in situ sobre su ecología, iii) sesiones de laboratorio, para reconocer la variación de caracteres morfológicos y anatómicos en distintos taxones obtenidos en campo, iv) sesiones de laboratorio para la obtención de ADN, PCR, análisis bioinformáticos y aislamiento de cepas, y v) discusión de temas desarrollados por los estudiantes.

Egresados de biología y áreas afines u otros interesados en la identificación de hongos silvestres o en técnicas para estudios morfológicos y moleculares (extracción de ADN y PCR).

Disposición para participar en sesiones de campo y laboratorio, capacidad de análisis y síntesis de información.

Se tomará en cuenta asistencia y puntualidad, participación, exposición y reporte de investigación.

Diversidad de macrohongos a nivel mundial y nacional. 2. Conceptos importantes sobre taxonomía y nomenclatura. 3. Estado del arte de la sistemática de macrohongos en México. 4. Caracteres morfo-anatómicos descriptivos (macro y microscópicos). 5. Importancia de la sistemática molecular en hongos. 6. Técnicas moleculares para estudio de macrohongos (extracción de ADN, PCR, electroforesis, purificación, secuenciación). 7. Comparación de secuencias en bases de datos, alineamientos y análisis. 8. Técnicas de aislamiento de cepas y su uso para la identificación taxonómica.

1. Introducir los conceptos básicos de la redacción de artículos científicos en inglés 2. Practicar la redacción científica en inglés para cada sección de un artículo 3. Capacitar los estudiantes en los procesos de publicación (desde el envío hasta la corrección de pruebas de galera) 4. Discutir sobre las experiencias en la revisión, edición y publicación de artículos 5. Preparar estudiantes para las responsabilidades como árbitro y editor de revistas

El curso está diseñado para un máximo de 15 estudiantes de cualquier semestre, preferiblemente de semestres avanzados que ya están escribiendo su tesis o un artículo en inglés. Cada día se darán clases teóricas (1 hora) seguidos por ejercicios prácticas de lectura, redacción, revisión y edición (2 horas) y la exposición y discusión de sus trabajos (1 hora). En dos ocasiones se invitarán profesores de Posgrado para discutir sobre sus experiencias en la redacción, publicación, revisión y edición de artículos científicos.

Conocimientos básicos del inglés. Un fuerte compromiso para mejorar la redacción y lectura de textos en inglés.

Buenos conocimientos del inglés y del manejo de software de texto (Word) y de presentaciones (Powerpoint); trabajo actual en la publicación de artículos científicos.

La participación en el curso, un trabajo práctico individual (ensayo escrito) y un trabajo en grupo (ensayo escrito y revisado varias veces) proporcionan cada uno 33.3% a la evaluación final.

Día 1 1. Conceptos básicos de redacción: ¿Cuándo, dónde, cómo, para quién? 2. ¿Qué es un artículo científico? Estructura IMRAD 3. Inglés como idioma internacional de las ciencias 4. Revistas (Prestigio, impacto, tiempos de revisión, porcentaje de rechazo) 5. Herramientas (traductores, diccionarios, bibliografía, manuales) 6. Ejercicios: Redacción de un primer ensayo libre, Ejercicio de lectura 7. Deberes: Lectura de un texto favorito Día 2 8. Errores típicos de redacción en inglés 9. Planeación y manejo de tiempo (Calendarización de pasos), (Writing an article in 12 weeks) 10. Responsabilidades del autor (Acuerdo de autorías, datos originales, plagios) 11. Derechos de autor, autorías (criterios, orden, acuerdos), direcciones, permisos de reproducción 12. Revisión de bibliografía sobre el tema, buscadores, bases de datos, bibliotecas 13. Ejercicio: Formular hipótesis y defenderla con argumentos, Ejercicio de conversación 14. Deberes: Diseñar un plan de trabajo y redactar un primer borrador Día 3 15. Estructura de párrafos, Vinculación de párrafos 16. Revisión de deberes 17. Sección de métodos 18. Sección de agradecimientos (colegas, técnicos, revisores, becas, apoyos otorgados) 19. Citación de bibliografía en el texto 20. Ejercicios: Revisión de varios artículos, Redacción de una sección de métodos y de agradecimientos basado en ejemplos. 21. Deberes: Revisión mutua de borradores Día 4 22. Ritmo del texto escrito, puntuación 23. Sección de resultados I 24. Ejercicios: Revisión de varios artículos, Redacción de una sección de resultados basado en ejemplos 25. Deberes: Redacción de sus resultados de tesis Día 5 26. Sección de resultados II 27. Revisión de deberes 28. Tablas y figuras (Reglas para leyenda, símbolos, colores, software) 29. Ejercicios: Revisión de varios artículos, Redacción de leyendas de tablas y figuras basado en ejemplos 30. Deberes: Diseño de tablas, figuras y leyendas con ejemplos Día 6 31. Palabras que se deben evitar 32. Revisión de deberes 33. Secciones de discusión y de bibliografía 34. Formatos de bibliografía (Tipos de formatos, Software) 35. Ejercicios: Revisión de varios artículos, Redacción de una sección de discusión basado en ejemplos, Formatear una sección bibliográfica según un sistema de citación 36. Deberes: Búsqueda de ejemplos de buena y mala redacción Día 7 37. 30 pecados de estilo 38. Resumen (problema, métodos, resultados, discusión, conclusión, límite de palabras, abreviaciones) 39. Sección de introducción (problemas, antecedentes, métodos, objetivos, preguntas, hipótesis) 40. Titulo (número de palabras, especificidad, palabras clave, sintaxis, abreviaciones) 41. Ejercicios: Revisión de varios artículos, Revisión de resúmenes, Mejora de títulos, Redacción de un resumen basado en ejemplos Día 8 42. Marcadores de edición 43. Redundancias 44. Proceso de publicación (normas, guías de autores, formatos, carta de envío, carta de recepción, decisión, revisión, corrección, pruebas de galera, costos, sobretiros) 45. Ejercicios: Redacción de una carta de envío, reenvío, corrección de pruebas de galera 46. Profesor invitado: Dr. Victor Bandala 47. Deberes: Edición de un texto escrito Día 9 48. Presentación de libros leídos durante el curso 49. Expresiones confundidas 50. Actividades y responsabilidades como árbitros y editores 51. Ejercicios: Revisión y redacción de un documento de arbitraje, análisis de una carta de aceptación y una carta de rechazo 52. Entrevista con Profesor invitado 53. Deberes: Redacción de un ensayo libre Día 10 54. Presentación de libros leídos durante el curso 55. Revisión de deberes 56. Ejercicios: Redacción de un ensayo libre, Revisión de documentos en conjunto. Ejercicio de lectura 57. Discusión final sobre el curso: Expectativas y necesidades

1. Conocer la diversidad de microorganismos, incluyendo las arqueas, los hongos y las bacterias, así como los principales fila de éstas últimas. 2. Entender los papeles que desempeñan los microorganismos presentes en el ambiente (agua, suelo) en procesos ecosistémicos como el ciclo de elementos y nutrientes, la degradación de contaminantes o el secuestro de carbono. 3. Conocer las principales teorías sobre el origen de los microorganismos, y de la vida misma. 4. Obtener bases teóricas sobre ecología microbiana. 5. Conocer los problemas y las oportunidades asociados a los métodos empleados en la microbiología ambiental, como el muestro, la enumeración, la identificación, el cultivo, y los avances en las tecnologías moleculares. 6. Evaluar la importancia de las interacciones plantas – microorganismos (microorganismos rizosféricos, micorrizas, simbiosis fijadoras de nitrógeno – leguminosas) para la productividad vegetal. 7. Saber acceder a la literatura científica relevante, y poder desarrollar escritos científicos, escritos de divulgación, y presentaciones orales sobre problemáticas relacionadas con la microbiología ambiental.

Los profesores expondrán los temas del curso ante la clase. Los estudiantes realizarán lecturas de literatura científica sobre microbiología ambiental y se tendrán sesiones de discusión. También los estudiantes realizarán ensayos sobre algunos temas, así como un trabajo final. . Se realizarán dos sesiones de práctica en el Laboratorio de Microbiología Ambiental del Campus III del INECOL.

Los estudiantes requieren conocimientos básicos de biología para tomar este curso. Tendrán el 100% de descuento en el pago, estudiantes externos de instituciones educativas que tengan convenio vigente con el INECOL. 

Ninguna.

asistencia y participación durante las clases (10%), exámenes después de cada sesión (20%), presentación sobre un tema de relevancia para el curso (30%), reportes de revisión de artículos (40%). 

1. Clasificación de los microorganismos 1.1. Taxonomía 1.1.1. Bacterias 1.1.2. Arqueas 1.1.3. Hongos 1.2. Filogenia 2. Las bacterias y el medio ambiente 2.1. Abundancia de bacterias en diferentes ambientes 2.2. Energía y metabolismo 2.2.1. Metabolismo aerobio 2.2.2. Metabolismo anaerobio 2.2.3. Fermentación 2.2.4. Asimilación de nutrientes 2.2.5. Fotosíntesis procariota 2.2.6. Quimiosíntesis 2.3. Biogeoquímica 2.3.1. Ciclo del Carbono 2.3.2. Ciclo del Nitrógeno 2.3.3. Ciclo del Fósforo 2.3.4. Ciclo del Azufre 3. Origen de la vida 3.1. Teorías sobre el origen de la vida 3.1.1. Sopa primigénea 3.1.2. RNA world 3.1.3. Metabolismo primero 4. Ecología microbiana 4.1. Concepto de especie 4.2. Genoma núcleo y genoma accesorio 4.3. Procesos de Especiación 4.4. Evolución en bacterias 4.4.1. Genética y genómica de poblaciones 4.4.2. Transferencia horizontal de genes 4.4.3. Evolución experimental 4.5. Ecología de Comunidades 4.5.1. Teorías de ensamblaje de comunidades (procesos neutros, históricos y deterministas) 4.5.2. Cooperación y competencia en comunidades microbianas 4.6. Postulado de Baas-Becking y críticas modernas 5. Herramientas metodológicas en microbiología ambiental 5.1. Muestreo y Aislamiento de cepas 5.1.1. Medios de cultivo 5.1.2. Técnicas de cultivo 5.1.2.1. Teoría del cultivo en lotes 5.1.2.2. Teoría del cultivo continuo 5.1.2.3. Teorías de la competencia en microorganismos 5.1.3. Fisiología microbiana 5.2. Detección de cepas 5.3. Identificación de microorganismos 5.4. Enumeración, medición de biomasa y actividad microbiana 5.5. Secuenciación 5.6. PCR cuantitativo 5.7. Metagenómica 6. Ambientes particulares 6.1. El suelo 6.2. El mar: La zona pelágica 6.3. Tapetes microbianos y estromatolitos 6.4. Chimeneas hidrotermales 6.5. Los tubos digestivos de los animales 6.6. Las zonas polares 7. Interacciones planta – microorganismos 7.1. Microorganismos de corteza, 7.2. Rizosfera 7.3. Micorrizas 7.4. Simbiosis leguminosas- Rhizobium, 7.5. Frankia 7.6. Control biológico. 8. Aplicaciones Biotecnológicas de microbiología ambiental 8.1. Agromicrobiología 8.2. Biorremediación de suelos contaminados 8.3. Tratamiento de aguas residuales

• Conocer las generalidades, ciclo de vida y enfermedades que causan algunas especies fitopatógenas dentro de los grupos del reino Straminipila y Fungi.
• Reconocer estructuras morfológicas para la identificación de especies fitopatógenas a través del uso de claves taxonómicas.
• Entender los factores que se relacionan con el establecimiento y desarrollo de una enfermedad, los procesos de infección del patógeno y los mecanismos de defensa de la planta.

El curso integrará sesiones teóricas y discusión de artículos, así como horas de prácticas en las que los estudiantes aprenderán a aislar agentes causales de enfermedad, realizarán observaciones de signos en las plantas, y el reconocimiento de estructuras diagnósticas de diversos patógenos al microscopio óptico. Durante el curso, los estudiantes desarrollarán un proyecto de investigación que expondrán a la clase al finalizar el curso.

El curso está dirigido para estudiantes de posgrado y profesionistas interesados en los temas del programa. Si el curso se realiza de manera virtual, los participantes requerirán de computadora personal. Tendrán el 100% de descuento en el pago, estudiantes externos de instituciones educativas que tengan convenio vigente con el INECOL. Estudiantes sin convenio tendrán el 50% de descuento en la cuota.

Interés y organización de información para integrar conocimientos de los distintitos temas, tanto de sesiones teóricas y prácticas

Participación en discusiones de artículos y sesiones teóricas (10%), entrega de ejercicios de las sesiones prácticas (30%), presentación de proyecto y escrito (30%), examen escrito (30%).

Sesiones teóricas:

1. Conceptos generales de fitopatología
2. Clasificación de las enfermedades
3. Etapas de la infección
4. Relaciones tróficas con el hospedero
5. Mecanismos de ataque de los patógenos
6. Mecanismos de defensa de las plantas
7. Tipos de infecciones, propágulos y Postulados de Koch
8. Generalidades, filogenia y clasificación de hongos y oomycota

Sesiones teóricas y prácticas:

Estructuras, ciclo de vida y enfermedades causadas por algunas especies fitopatógenas dentro de los grupos:

9. Oomycota
10. Chytridiomycota y Zygomycota
11. Basidiomycota
12. Ascomycota
13. Hongos anamorfos