• Conocer las diferentes técnicas empleadas para la colecta, preservación y herborización de ejemplares botánicos.
• Reconocer la información necesaria e indispensable que debe registrarse en campo de cada espécimen colectado como la localidad, características ambientales y estructuras reproductivas de los ejemplares colectados.
• Conocer estrategias para toma de muestras de tejidos vegetales, esquejes, propágulos y flores en distintos grupos taxonómicos.
• Aprender a emplear claves taxonómicas para la identificación del material colectado.
• Saber cómo consultar y utilizar la colección de herbario como herramienta de apoyo en la determinación.
• Aprender a elaborar etiquetas de colecta y montar ejemplares.

Los profesores impartirán una sesión teórica corta por la mañana. Después de cada una, se efectuarán salidas al Santuario del bosque de niebla para que los estudiantes realicen actividades prácticas enfocadas a colecta y toma de datos en campo. Posteriormente, el material se herborizará y se harán múltiples prácticas de identificación con material fresco y herborizado. Finalmente, se procesarán los ejemplares colectados para su incorporación al herbario XAL.

Conocimientos básicos de biología y morfología vegetal.

Conocimientos básicos de biología y morfología vegetal.

Prácticas (40%); exámenes (20%); trabajo final (20%); ejercicios fuera de clase (10%); exposiciones por parte de los alumnos (10%).

Tema 1. Morfología vegetal básica.

1.1. Características generales de las cormofitas y los órganos que las constituyen.

1.2. Estructura, función y modificaciones en la raíz.

1.3. Estructura, función y modificaciones en el tallo.

1.4. Estructura, función y modificaciones en la hoja.

1.5. Modularidad en plantas (genetos y rametos).

1.6. Estructuras para la reproducción vegetativa.

1.7. Definición de flor y verticilos florales.

1.8. Connación, adnación.

1.9. Perianto (morfología y modificaciones) y simetría floral.

1.10. Morfología y modificaciones del androceo.

1.11. Morfología y modificaciones del gineceo.

1.12. Estructura e importancia del carpelo.

Tema 2. Colecta de ejemplares y toma de datos en campo.

2.1. Bases teóricas sobre la colecta de ejemplares de herbario.

2.2. Equipos y materiales para la colecta.

2.3. Particularidades de colecta de grupos concretos.

2.4. Colecta y toma de muestras en campo.

2.5. Procesado y etiquetado de material herborizado.

2.6. Procesado y etiquetado de muestras de campo.

2.7. Registro de datos de colecta en bases de datos.

Tema 3. Identificación de material vegetal.

3.1. Fórmula y diagrama florales.

3.2. Claves dicotómicas y policlaves.

3.3. Identificación con claves taxonómicas.

3.4. La importancia de los trabajos florísticos como herramienta para la identificación botánica.

3.5. Bibliografía y recursos electrónicos adicionales.

Tema 4. Clasificación, diversidad y morfología de los grupos más diversos de plantas vasculares en México. 

4.1 Pteridophyta

4.2 Gimnospermas

4.3 Angiospermas

Tema 5. Las colecciones biológicas como herramienta para la investigación.

5.1. Introducción a la importancia y función de las colecciones biológicas (herbario y jardín botánico).

5.2. La horticultura como herramienta para estudios taxonómicos.

5.3. Estructura y organización del herbario.

? Acercar a los estudiantes a los elementos básicos, teóricos y prácticos sobre el manejo y aprovechamiento de algunos hongos. ? Proporcionar las técnicas básicas de colecta de hongos silvestres e identificación taxonómica. ? Describir las características biológicas y fisiológicas de los hongos. ? Proporcionar las bases de los métodos de aislamiento, conservación de hongos y creación de un cepario. ? Presentar los procesos metodológicos para la propagación y preparación de muestras de hongos ? Abordar los criterios para la selección y tratamiento de residuos orgánicos para el cultivo de hongos. ? Proporcionar las técnicas de inoculación y las estrategias de fructificación de hongos. ? Aportar a los estudiantes los conocimientos para el diagnóstico y control de enfermedades. ? Discutir los aspectos de propiedades de los hongos. ? Capacitar a los estudiantes sobre la aplicación de la biología molecular en la definición de especies en hongos.

El curso será coordinado por 2 profesores, e impartido por especialistas, tanto del Instituto como externos, de distintas áreas de la Micología. Cada profesor impartirá el tema asignado o parte de él, de acuerdo al programa que se presenta abajo. Cada tema se verá en uno a dos días y al menos uno de los coordinadores estará presente durante todas las sesiones, con el propósito de generar discusión entre profesor y alumnos, coadyuvando a fomentar la continuidad y cohesión de los temas tratados. Se revisará literatura propuesta y los temas del curso serán impartidos con base en ejemplos prácticos. La organización del curso será de la siguiente manera: clases formales, evaluación final de seminario por los alumnos frente a grupo, donde desarrollen alguno de los temas expuestos y examen escrito. Se hará una salida de campo en la que permitirá a los alumnos identificar las instalaciones, condiciones y prácticas de cómo cultivar hongos y manejar y usar los recursos en las diferentes etapas de un sistema productivo. 

Se podrán inscribir alumnos que estén inscrito en el Posgrado del INECOL  o de otras instituciones. Así también, profesionistas  con conocimientos afines a las carreras de Lic. en Biología, Ciencias Agropecuarias, Agronomía, Alimentos, entre otras.

El estudiante deberá tener habilidad para la comprensión de conceptos biológicos y de textos escritos en inglés sobre micologia. Así también contar con conocimientos básicos de biología y micología y nociones de trabajo de laboratorio.

El curso se evaluará con un examen escrito (25%), la presentación de un trabajo, escrito y oral, de un tema tratado durante el curso (30%). La presentación de reportes de las prácticas y salida de campo tendrá un valor de 35%, la participación en clase y discusión de artículos de 10%.

Temas del curso Sesión 1: Sistemática y taxonomía de hongos. Sesión 2: Aislamiento de Cepas, Genética y Conservación de hongos (Cepario). Sesión 3: Métodos y técnicas en biología molecular. 4:Metabolómica para búsqueda de productos naturales bioactivos de origen fúngico. Sesión 5: Enzimas lignocelulolíticas. Sesión 6: Producción de inóculo. Sesión 7: Valor nutricional de los hongos comestibles. Sesión 8: Tecnología del cultivo del champiñón. Sesión 9: Cultivo de Hongos Ectomicorrizógenos Sesión. 10 Producción de abono. Sesión 11: Tecnología del cultivo de Pleurotus. Sesión 12: Tecnología del cultivo de cuitlacoche. 13: Tecnología del cultivo de Lentinula (shiitake). Sesión 14: Cultivo de hongos tropicales. Sesión 15: Fisiología y fisicoquímica de la postcosecha de hongos. Sesión 16: Cultivo de Agaricus subrufescences. Sesión 17: Visita a planta champiñonera. Sesión 18: Discusión de artículos. Sesión 19: Exposición de tema por alumnos. Sesión 20: Examen escrito.

El estudiante conocerá la importancia de las proteínas en los organismos, conocerá sus estructuras, así como sus funciones. También entenderá los fundamentos de las técnicas básicas de estudio de las proteínas en el laboratorio, por ejemplo: a) extracción de proteínas, b) Métodos de separación de proteínas, c) herramientas bioinformáticas y d) técnicas masivas para el análisis de las proteínas, con el propósito de aplicará los conocimientos adquiridos en el laboratorio.

La evaluación se realizará bajo los siguientes criterios: asistencia, participación, revisión de artículos, trabajos para entregar, exámenes entre otros.

Los estudiantes interesados en el curso deberán tener conocimientos en el área de las ciencias biológicas. No es obligatorio pero deseable que los participantes tengan bases de bioquímica y biología molecular.

Se recomienda que los estudiantes tengan habilidades generales de laboratorio, como por ejemplo: manejo de pipetas, preparación de disoluciones.

La calificación final del curso (100 puntos) será la suma de las calificaciones de teoría y práctica Teoría- La asistencia, participación, trabajos para entregar, revisión de artículos, exámenes entre otros, tendrán un valor de 25 puntos (10 puntos por cada tema contemplado) Práctica- Los estudiantes entregarán un reporte de la parte experimental el cual tendrá un valor de 75 puntos en su calificación final.

Marco teórico: 1.- Generalidades de las proteínas (estructura y funciones) 2.- Técnicas básicas de purificación de proteínas 3.- Herramientas moleculares para la caracterización de las proteínas 4.-Métodos de análisis masivos para el estudio de las proteínas 5.- Herramientas bioinformáticas para la investigación de las proteínas 6.- Importancia de las proteínas en los procesos biológicos.

Desarrollo experimental: El Curso cuenta con sesiones de laboratorio en donde el estudiante aprenderá los métodos básicos para la extracción, separación y estudio de las proteínas presentes en la biodiversidad.

1.- Aprender a seleccionar y aplicar protocolos de cría de insectos.

2.- Conocer los diferentes métodos para la cría de insectos.

3.- Conocer métodos adecuados para la manipulación de insectos.

El seminario libre consta de sesiones teóricas en donde el estudiante conocerá diferentes protocolos para la cría de insectos de importancia agrícola, forestal y en salud pública. Además, tendrá sesiones prácticas en donde desarrollará algunos protocolos de cría.

Conocimientos de trabajo en laboratorio y manejo de insectos.

Conocimiento básico en las medidas de seguridad en el laboratorio, conocimiento en el uso correcto de materiales y equipo de laboratorio, nociones básicas de biología de insectos.

Asistencia, puntualidad y participación en clase (50%); ejercicios en clase y participación practica (50%).

SEMANA 1 del 06 al 10 de julio (15 hrs.)

1.1 ¿Por qué es importante el establecimiento de colonias de insectos en laboratorio?

1.2 Métodos para la obtención de un pie de cría.

1.3 Métodos para la cría de insectos

SEMANA 2 del 13 al 17 de julio (15 hrs.)

2.1 Uso de dietas artificiales para la cría de insectos

2.2 Del mantenimiento de las colonias

2.3 Diseño experimental con insectos

• Integrar y explicar los fundamentos de la filogenómica en insectos, incluyendo ortología/paralogía, árbol de genes vs árbol de especies y sesgos frecuentes.

• Gestionar bases de datos genómicos (descarga, organización y estandarización) y evaluar su calidad/completitud a partir de métricas de ensamblado y anotación.

• Construir un conjunto robusto de ortólogos y generar alineamientos curados, documentando criterios de filtrado y control de calidad.

• Inferir e interpretar hipótesis evolutivas a partir de evidencia multi-locus: filogenias por máxima verosimilitud con soporte, estimaciones comparativas de divergencia (dN/dS) y análisis de selección.

• Documentar el análisis como un pipeline reproducible que permita replicar la lógica de estudios publicados y facilitar su reutilización en nuevos pares de especies.

• Docencia en modalidad híbrida: Los profesores impartiran tanto teoría como práctica. Las sesiones combinan exposición conceptual breve, demostración guiada, ejecución en servidor y discusión de interpretación.
• Aprendizaje basado en problemas: cada unidad responde una pregunta concreta.
• Práctica guiada tipo live coding y depuración de errores reales.
• Uso eficiente de recursos: paralelización responsable en servidor compartido  con monitoreo y límites acordados por equipo.

• Biología evolutiva básica (mutación, selección, deriva génica).
• Conceptos básicos de secuencias y anotación (FASTA; nociones de genes/proteínas).
• Competencias digitales generales para manejo de archivos y trabajo colaborativo.
• Deseable: nociones iniciales de línea de comandos (o disposición a adquirirlas en los primeros dos días).

• Lectura de literatura científica y extracción de flujo lógico de métodos.
• Capacidad de seguir protocolos técnicos y documentar procedimientos con precisión.
• Trabajo en equipo, comunicación efectiva y responsabilidad en entornos compartidos.

• Exámenes cortos (de 10–12 min; Días 3, 6, 7 y 9) — 20%
• Proyecto final (pipeline reproducible + reporte técnico + defensa breve) — 80% 

1. Introducción a la línea de comandos: uso básico de la línea de comandos en Linux y del entorno de trabajo en R/Python para manejar archivos, ejecutar análisis y organizar resultados.

    

2. Panorama de la filogenómica: qué preguntas responde y cómo interpretar la diferencia entre árboles de genes y árboles de especies.

    

3. Genomas de insectos en contexto: qué representa un ensamble y una anotación, cómo evaluar su calidad y completitud, y cuáles son los sesgos típicos que afectan análisis comparativos.

    

4. Ortología para comparar especies: cómo identificar ortogrupos y single-copy orthologs (SCO) y por qué isoformas y duplicaciones pueden cambiar las conclusiones si no se controlan.

    

5. Alineamientos y curación: construir alineamientos de proteína o codón, aplicar recorte cuando sea necesario y asegurar un control de calidad que evite señales falsas.

    

6. Construcción de filogenias por concatenación: cómo pasar de múltiples genes a una inferencia conjunta usando modelos, particionado y medidas de soporte para evaluar qué tan confiable es la filogenia.

    

7. Divergencia molecular (dN/dS): supuestos del enfoque, qué significa saturación, y qué filtros ayudan a obtener comparaciones más defendibles.

    

8. Perspectiva de “genoma completo”: interpretar resultados considerando el contexto genómico (cromosomas, sintenia y reordenamientos) cuando la información esté disponible.

    

9. Selección positiva como hipótesis: introducción a modelos branch-site y a la lógica de pruebas múltiples, con énfasis en interpretación correcta.

Módulo 1. Definiciones y conceptos fundamentales

Comprender y aplicar conceptos clave sobre recursos naturales y reservas; materias primas primarias y secundarias, y minería tradicional y urbana.

Módulo 2. Uso sostenible de los recursos

Evaluar las tendencias de extracción, consumo y generación de residuos, vinculándolas con el ODS 12, y los impactos ambientales con énfasis en el uso sostenible de recursos.

Módulo 3. Introducción a la economía circular

Analizar el paso del modelo lineal al modelo circular considerando sus etapas clave las políticas internacionales y estrategias emergentes en América Latina.

Módulo 4. Economía circular en zonas costeras y marinas

Aplicar principios de economía circular en sistemas costeros y marinos, integrando ODS, seguridad socioambiental, soluciones basadas en la naturaleza y turismo sostenible.

Este es un curso intensivo en modalidad híbrida, que incluye sesiones en línea y presenciales. Tiene una duración de dos semanas, lo que da un total de 6 créditos.

El desarrollo del curso sigue un enfoque activo y participativo conocido como "Marco conversacional de aprendizaje" que incluye diferentes tipos de actividades:

1. Adquisición de conocimientos.- Clases teóricas con conocimientos básicos sobre los diferentes temas que se van a abordar.
2. Práctica.- Ejercicios diversos para aplicar y reflexionar sobre los conocimientos adquiridos.
3. Producción.- Producción de evidencias (como infografías, videos cortos, podcasts, artículos de divulgación) sobre el conocimiento adquirido.
4. Discusión.- Análisis de algún problema de la zona costera y propuesta de posibles soluciones. Se discutirá un tema que elegirá el grupo.
5. Indagación.- Búsqueda de información sobre los diversos temas analizados y discusión en clase.

Conocimiento básico (nivel licenciatura) o interés sobre temas ambientales o de la zona costera (biología, ecología, ingenieros ambientales, ingenieros costeros, geomorfólogos, etc).

Conocimiento básico de inglés para la lectura de documentos.

Se avaluarán diferentes actividades, según los siguientes criterios y tipos de aprendizaje.

1. Adquisición de conocimientos.- Cuestionario a contestar en salón (20%).
2. Práctica.- Capacidad de resolver los ejercicios expuestos en clase (20%).
3. Producción de información.- Calidad de la información y creatividad (20%).
4. Discusión.- Calidad de la discusión e información aportada (20%).
5. Indagación.- Calidad de la información obtenida y el análisis y síntesis realizado (20%). 

Módulo 1: Definiciones y conceptos fundamentales

• Clasificación de los recursos naturales, distribución de recursos, recursos y reservas
• Materias primas primarias y secundarias
• Minería tradicional y minería urbana; procesamiento de minerales y tratamiento/procesamiento de residuos
• Recursos clave dentro de las “minas urbanas”
• Materias primas críticas (CRMs) identificadas a nivel global (UE, EE. UU., etc.), principales productores mundiales y su papel estratégico en las transiciones ecológica y digital

Módulo 2: Uso sostenible de los recursos

• Agenda 2030 de las Naciones Unidas y el ODS 12 “Producción y consumo responsables”
• Tendencias de extracción y consumo de materias primas a escala global y regional
• Impactos ambientales de la extracción y producción de materias primas
• Generación de residuos, composición y métodos de tratamiento a escala global y regional
• Correlación entre consumo de materias primas, producción de residuos, crecimiento poblacional y urbanización
• El concepto de desacoplamiento: hacer más con menos y la transición hacia un uso eficiente de los recursos

Módulo 3: Introducción a la economía circular

• Del modelo lineal al modelo circular: conceptos y definiciones
• Análisis de los pasos clave en la cadena de economía circular: materias primas, diseño, producción, distribución, consumo y recuperación de recursos al final de la vida útil
• Tasa de uso circular de materiales (CMU)
• Cierre del ciclo: reciclaje de materiales
• Políticas de economía circular: Plan de Acción de Economía Circular de la UE y el Pacto Verde Europeo, estrategias regionales en América Latina (México, Colombia, etc.)

Módulo 4: Economía circular en zonas costeras y marinas

• Economía circular y Objetivos de Desarrollo Sostenible en zonas costeras y marinas
• Economía circular y seguridad/protección social y ambiental
• Economía circular y Soluciones Basadas en la Naturaleza para la adaptación al cambio climático
• Economía circular y turismo en la costa

• Conocer las diferentes técnicas de colecta y preservación de los especímenes botánicos y entomológicos que garanticen muestras representativas de las especies y su preservación a largo plazo.
• Conocer e implementar el estándar para datos de Biodiversidad Darwin Core (Núcleo Darwin, por su nombre en español) para la sistematización e integración de la información asociada a muestreo de biodiversidad y registros resguardados en colecciones biológicas (ej. Metadatos y datos de etiqueta de colecta).
• Conocer el protocolo general para la movilización de diferentes tipos de conjuntos de datos de biodiversidad a través de plataforma de acceso público, GBIF.
• Revisar herramientas de código abierto (lenguaje R) para la descarga y gestión masiva de Big data de biodiversidad.
• Promover mecanismos de ciencia abierta a través de uso de plataformas como Naturalista o publicaciones de datos (ej. Data papers).

Sesiones teórica -prácticas. El curso se desarrollará bajo una modalidad mixta que alternará según el tema, sesiones teóricas y conferencias magistrales entre las 9 y 14 hrs, y la parte práctica de 14 a 17 hrs donde se realizarán ejercicios o actividades de colección según el tema tratado. Es indispensable que cada estudiante tenga su propia laptop.

Salidas de campo. Se realizarán 2 salidas de campo para la colecta de plantas e insectos en dos localidades peri-urbanas de la ciudad de Pátzcuaro (Cerro El Estribo Grande y Cerro Blanco). Durante esta salida se pondrán en práctica métodos básicos de colecta y registros de información en campo para inventarios biológicos. También se implementará un protocolo para el registro de fotografías que puedan ser cargadas, compartidas y útiles para la plataforma Naturalista.mx, con extensión de uso al proyecto compilatorio (Xictoli data: abejas mexicanas y sus flores)

Trabajo en colección. Los especímenes colectados serán ingresados formalmente al herbario del Centro Regional del Bajío (IEB) y a la colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM). El trabajo en ambas colecciones se concentrará en la implementación de los protocolos de curaduría para el procesamiento, sistematización y determinación taxonómica general de los especímenes (Ej., herborización, montaje -botánico y entomológico, y etiquetado).

Aviso importante: Sí alguno de los estudiantes tiene algún conjunto de datos propio (Ej., lista de especies o registros de ocurrencias) que quiera integrar y movilizar en GBIF es bienvenido. Obviamente los créditos del conjunto de datos son de sus autores del set de datos, no de los instructores del curso.

Conocimientos básicos de botánica, entomología e informática. Nivel medio en manejo de hojas de cálculo tipo Excel, lenguaje de programación en R (necesario, pero no indispensable), SIG, y en uso de repositorios públicos (Ej., GitHub, Zenobo, necesario, pero no indispensable).

Las personas asistentes al curso deben tener gusto por el trabajo de campo y de gabinete. De preferencia debe ser meticulosas en la sistematización de los especímenes y la información recabada de éstos. Debe tener paciencia y cuidado durante la estandarización de la información. Disposición para realizar trabajo en equipo.

Entrega e incorporación de 20 especímenes botánicos al herbario IEB y su información digitalizada (30%), entrega e incorporación de 50 especímenes a la colección entomológica CECOM y su información digitalizada (30%), entrega de un borrador de un manuscrito de Datos o Data Paper siguiendo las pautas para la carga y movilización de datos a través del IPT-INECOL Bajío (https://www.gbif.org/publisher/f6faa566-47f0-41c9-8056-5d715cae7c23)   en modo de prueba y presentación en mini seminario (30%) y participación en clase (10%).

Tema 1. Introducción a las colecciones biológicas y plataformas de “ciencia ciudadana” como fuentes de información para el Big Data Biológico.

• Colecciones y sus repositorios.
• Panorama de la cantidad de datos generados a escala global y nacional.

Tema 2. Colecta y preservación de especímenes entomológicos.

• ¿Qué es una colección entomológica? Conozcamos la Colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM-INECOL Bajío).
• Técnicas de colecta y preservación de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de especímenes.
• Toma de fotografías y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 3. Colecta y herborización de ejemplares botánicos.

• ¿Qué es un herbario? Conozcamos el herbario del Instituto de Ecología del Centro Regional del Bajío (IEB).
• Técnicas de colecta, prensado y secado de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de ejemplares.
• Escaneo y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 4. Acceso abierto a datos sobre biodiversidad.

• Repositorios públicos de datos biológicos: Global Biodiversity Facility Infrastructure (GBIF), Catalogue of Life (COL), eBird e iNaturalist.
• ¿Qué significa ser de acceso abierto? Tipos de licenciamiento.
• Otros repositorios públicos: Zenodo, Dryad y Github.

Tema 5. Ciencia Ciudadana Naturalista.

• Naturalista: ¿qué es? y ¿cómo reusar sus datos?
• Tipos de proyecto.
• Campos de observación: tipos y asignación de atributos.
• Uso de Inteligencia artificial en la detección de imágenes particulares.
• Descarga de conjuntos de datos.
• Proyecto Xicotli Data: abejas mexicanas y sus flores.

Tema 6. Estándares de intercambio de información sobre Biodiversidad.

• ¿Qué es TDWG?
• El estándar Darwin Core y qué tipo de información cubre.
• Plinian Core y qué problema resuelve.

Tema 7. Publicando datos en GBIF.

• Entendiendo los datos que se publican en GBIF y su licenciamiento.
• Cómo preparo mi información para publicarla.
• Herramientas útiles para la preparación de los datos.
• Qué se entiende por calidad de los datos y qué tengo que observar.

Tema 8. Artículos científicos de datos: Data Papers.

• ¿Qué observar al momento de publicar un Data Paper?
• Estructura de un Data Paper.
• Dónde alojo los datos para mi Data Paper.
• Algunas revistas dónde publicar mi Data Paper.