Favorecer el análisis crítico y la discusión colectiva sobre los retos y oportunidades del manejo forestal en contextos locales, nacionales e internacionales.

Promover la comprensión del valor ecológico y social del manejo forestal sustentable, destacando su papel en la conservación de la biodiversidad y el mantenimiento de las funciones ecosistémicas.

Estimular la reflexión sobre la relevancia de la investigación básica  y aplicada como base para diseñar estrategias de aprovechamiento sustentable, conservación y restauración de los ecosistemas forestales.

Impulsar una visión multidisciplinaria que integre la ecología, las ciencias sociales, la gobernanza y la economía en la gestión de los bosques.

Desarrollar habilidades prácticas y conceptuales que fortalezcan la capacidad de los estudiantes para involucrarse activamente en procesos de manejo, conservación y restauración forestal.

Las sesiones consistirán en presentaciones tipo conferencia por parte de especialistas invitados sobre temas centrales para el manejo integral de los bosques, con sesiones de discusión a nivel del grupo a partir de las presentaciones y de lecturas asignadas. El curso ofrecerá a los estudiantes la oportunidad de que dirijan discusiones en equipos, de presentar la revisión de literatura especializada, así como de poner en práctica los conocimientos adquiridos en una práctica en campo. Las sesiones en aula tendrán lugar de 9:00 a 14:00 hrs, y se requiere de la revisión de literatura por las tardes de forma independiente y en equipos. El día de la práctica el horario es de 8:00 a 17:00 hrs.

Formación en ecología, ciencias ambientales, manejo de recursos naturales, biología y disciplinas afines, interesados en desarrollar habilidades aplicables en investigación, consultoría, manejo comunitario del bosque, conservación y restauración.

Capacidad de lectura y discusión de literatura científica en inglés.

Interés en la ecología y el manejo de los ecosistemas forestales.

• Participación en discusiones, ejercicios y presentaciones (40%)
• Cuestionarios y ensayos individuales sobre lecturas clave (30%)
• Informe de la práctica en campo y presentación (30%)

1. Introducción al manejo forestal sustentable y cambio climático

• Panorama global y nacional de los bosques y retos para el manejo sustentable.
• Impactos del cambio climático.
• Manejo adaptativo. Migración asistida. Manejo del fuego.

2. Bases ecológicas y ciencia de la complejidad para el manejo forestal

• Perturbaciones, sucesión y diversidad funcional.
• Resiliencia ecológica.

3. Sistemas de manejo para producción

• Silvicultura tradicional: sistemas monocíclicos y policíclicos. Cortas selectivas en bosques tropicales y MDS en bosques templados.
• Manejo forestal sustentable en México.
• El dilema del manejo tradicional campesino: entre la persistencia y la legalidad.

4. Manejo de recursos forestales no maderables (RFNM)

• Pasos para el manejo sustentable de RFNM
• Gobernanza de los RFNM y su relación con el manejo.
• Cadenas de valor de RFNM.
• Estudio de caso: Lluvia de Bromelias.

5. Conservación y gobernanza forestal

• Manejo en áreas protegidas: exclusión vs. inclusión. 
• Conflictos socioambientales y herramientas de mediación. 
• Derechos de comunidades locales e indígenas. 
• Caso de estudio: Parques Nacionales Pico de Orizaba y Cofre de Perote.

6. Servicios ecosistémicos y políticas públicas

• Valoración económica de servicios ecosistémicos.
• REDD+, bonos de carbono.
• Instrumentos de política forestal en México.

7. Restauración de paisajes forestales

• Principios, objetivos y técnicas en mosaicos socioecológicos.
• La dimensión social en la restauración.
• Estudio de caso: Restauración productiva en El Bosque de Niebla Las Cañadas.

8. Certificación y mercados de carbono

• Estándares de certificación forestal: FSC y la NOM MX voluntaria
• Retos y oportunidades de la certificación.
• Integración de certificación con mercados de carbono.

9. Práctica de campo

• Simulación de proceso de certificación en el ejido Sierra de Agua, Veracruz.
• Elaboración de informe y presentación de resultados por equipos.

1. Reconocer los órdenes y familias más comunes de insectos.
2. Conocer la diversidad morfológica y taxonómica de los órdenes de insectos
3. Entender las hipótesis sobre las relaciones filogenéticas entre taxones de insectos con base en atributos morfológicos y biológicos.
4. Tener un panorama general sobre la biología y hábitos de los insectos, así como su importancia (e.g., ecológica, médica).
5. Desarrollar habilidades para la colecta e identificación taxonómica de insectos.
6. Familiarizarse con los métodos de colecta y preservación de especímenes para estudios entomológicos.

El curso abordará en cada sesión, dividida en dos bloques, aspectos teóricos (sesión matutina) y prácticos (sesión vespertina) para cada tema.Los recursos bibliográficos estarán disponible en línea para su acceso, incluyendo lecturas e información sobre entrega de trabajos y evaluaciones.

Las clases serán impartidas por los profesores mediante presentaciones en powerpoint y se proporcionarán lecturas afines a cada tema para sesiones de discusión en clase. Los ejes teóricos  principales  a cubrir para cada orden de Insecta incluyen su biología, morfología, diversidad (énfasis en México) sistemática (clasificación y relaciones filogenéticas), importancia ecología y económica y la identificación de las principales familias de cada orden.

Las prácticas, las cuales se llevarán a cabo en la sesión de la tarde, serán en el laboratorio de posgrado (Edificio A, Campus 3). Habrá dos salidas de campo en la cual los estudiantes recolectarán ejemplares conforme a las metodologías previamente expuestas en clase. Una salida será al Santuario del Bosque de Niebla (INECOL), para recolectar principalmente insectos terrestres y la otra al río Huehueyapan (Coatepec, Veracruz), para la colecta de insectos acuáticos.

El estudio de los ejemplares se llevará a cabo con ayuda de microscopios estereoscópicos, claves taxonómicas y la asesoría de los profesores. La evaluación incluye como elemento importante, la entrega de una colección con material identificado al nivel de  familia.

Conocimientos básicos de entomología (morfología y taxonomía).

Se requiere una computadora personal para el uso de programas durante el procesamiento de muestras, manejo de información de las colectas y uso de recursos didácticos para la determinación de insectos.

• Comprensión de lecturas en inglés.
• Manejo básico de Excel.
• Conocimiento básico de la morfología del phylum Arthropoda.

Asistencia a clase (85% para tener derecho a calificación)

Participación en clase                                                                        20%    

Participación en práctica de campo                                                  20%

Ejercicios prácticos (colección entomológica determinada)            60%

Lunes 6 

(1) Introducción al curso

(2) Origen, evolución y diversidad de Hexapoda.

(1) Emmanuel A.V. / Daniel R.V. - 2 hrs.

(2) Andrés R.P. - 6 hrs.

Martes 7

(1) Métodos de colecta y colecciones entomológicas.

(2) Visita a IEXA.

Viridiana V.B. - 8 hrs.

Miércoles 8

(1) Introducción a la taxonomía, nomenclatura zoológica y sistemática filogenética en hexápodos.

(2) Introducción a la morfología y diversidad de Hexapoda.

(1) Emmanuel A.V. - 4 hrs

(2) Daniel R.V. - 4 hrs

Jueves 9

(1) Entognatha: Protura, Diplura y Collembola.

(2) Ectognatha (Insecta): Archaeognatha y Zygentoma.

(1) Daniel R.V. - 4 hrs.

(2) Emmanuel A.V. - 4 hrs.

Viernes 10

Recolecta en el Santuario del Bosque de Niebla, INECOL.

 Emmanuel A.V., Daniel R.V. 8 hrs.

Lunes 13

(1) Paleoptera: Odonata y Ephemeroptera.

(2) Neoptera, Polyneoptera: Plecoptera.

Rodolfo N.G. - 8 hrs.

Martes 14

(1) Zoraptera y Dermaptera.

(2) Orthoptera, Grylloblattodea, Mantophasmatodea, Phasmatodea, Embioptera, Blatodea y Mantodea.

(1) Viridiana V.B. - 2 hrs.

(2) Ricardo M.P. - 6 hrs.

Miércoles 15

(1) Paraneoptera: Psocodea, Hemiptera y Thysanoptera.

Daniel R.V. - 8 hrs.

Jueves 16

(1) Endopterygota (Holometabola): Hymenoptera.

Jorge E.V.G. - 8 hrs.

Viernes 17

Recolecta en el Río Huehueyapan, Coatepec

Emmanuel A.V. y Daniel R.V. - 8 hrs.

Lunes 20

(1) Neuropterida: Raphidioptera, Neuroptera y Megaloptera, Siphonaptera.

(2) Mecoptera, Siphonaptera

(3) Strepsiptera

(1 y 2) Adrián G.J. - 7 hrs.

(3) Emmanuel A.V. -1 hr.

Martes 21

Coleoptera

Emmanuel A.V. - 4 hrs. Andrés R.P. - 4hrs.

Miércoles 22

Diptera

Sergio I. B. - 8 hrs.

Jueves 23

Lepidoptera

Lucas A. K. - 8 hrs.

Viernes 24

(1) Trichoptera

(2) Cierre de curso

(1) María R. G - 7 hrs.

(2) Emmanuel A.V. y Daniel R.V. - 1 hr.

1. Revisitar de manera crítica los orígenes de la Ecología en el contexto de la ciencia occidental-moderna.
2. Dilucidar las cargas coloniales, raciales y las violencias de conocimiento asociadas al desarrollo de la Ecología.
3. Discutir enfoques de frontera que se plantean la descolonización de la Ecología tanto en los ámbitos educativos como en el ejercicio de la investigación científica.
4. Forjar una postura crítica-constructiva en torno a las prácticas personales, institucionales y colaborativas que se requieren construir para que las y los estudiantes comiencen a transitar hacia enfoques y prácticas decoloniales en su quehacer académico dentro de la Ecología.

El curso se regirá bajo un ambiente de discusión de ideas y propuestas. En la primera sesión los coordinadores presentarán sus enfoques de investigación a las y los estudiantes, así como las motivaciones que llevaron a la organización del curso. Cada sesión de clase estará organizada en torno a una temática de interés y a lecturas correspondientes que la informan. Para el desarrollo de las mismas, un(a) estudiante, en coordinación con alguno de los coordinadores, será el responsable de organizar una dinámica de discusión grupal de la temática con base en la literatura facilitada. Además, a lo largo del curso, se contará con la participación de cuatro profesores invitado(a)s que contribuirán al debate grupal de la sesión a la que sean convocado(a)s. Al término de la clase, el o la estudiante responsable de la sesión desarrollará una ficha informativa en la que plasme los puntos centrales del debate grupal, mismas que serán utilizadas para la elaboración de la nota científica colectiva que constituye el trabajo final del curso. 

• Disponibilidad de tiempo para atender íntegramente la carga académica del curso.
• Formación a nivel de grado o posgrado preferentemente en Ecología, Biología o alguna otra área del conocimiento relacionada con las ciencias naturales y ambientales.

• Capacidades de análisis de textos científicos.
• Interés por el debate crítico.
• Disposición hacia el trabajo en equipo.

• 20% Asistencia
• 30% Participación en clase
• 50% Nivel de contribución al trabajo final*.

*El trabajo final del curso consistirá en la redacción grupal de una nota científica sobre algunos aspectos de la descolonización de la Ecología, la cual será sometida a publicación en co-autoría a una revista internacional indexada líder en la investigación ecológica.  

1. Analizar críticamente la fisiopatología de la diabetes mellitus tipo 2 desde una perspectiva farmacológica experimental, identificando procesos clave susceptibles de intervención terapéutica.
2. Identificar, justificar y priorizar blancos moleculares clásicos y emergentes involucrados en la DM2, considerando su relevancia biológica, viabilidad farmacológica y potencial traslacional.
3. Interpretar datos farmacocinéticos y farmacodinámicos básicos en modelos preclínicos, integrándolos al análisis de eficacia y seguridad de compuestos con potencial antidiabético.
4. Analizar el potencial terapéutico de moléculas bioactivas y productos naturales, considerando aspectos de estandarización, biodisponibilidad, toxicidad y reproducibilidad experimental.

El curso se integrará por clases magistrales, seminarios de discusión y análisis crítico de literatura científica. Se promoverá el aprendizaje activo.

Es deseable que el estudiante cuente con conocimientos básicos de farmacología general. Se recomienda experiencia previa en lectura y comprensión de lectura científica en inglés.

Habilidad para el análisis crítico de evidencia científica.

Habilidades para la comunicación oral y escrita.

• Participación y discusión crítica: 20 %
• Análisis de artículos científicos: 30 %
• Presentación final: 50 %

Introducción a la Fisiopatología de la Diabetes

• Clasificación actual de la diabetes
• Regulación fisiológica de la glucosa 
• Bases moleculares de la resistencia a la insulina
• Disfunción de las células beta pancreáticas 
• Procesos inflamatorios involucrados en la diabetes

Fármacos Antihiperglucemiantes Orales (ADO)

• Biguanidas: Metformina (mecanismo de acción, impacto metabólico y efectos gastrointestinales).
• Secretagogos de insulina: Sulfonilureas (Glimepirida, Glipizida). Meglitinidas (Repaglinida).
• Tiazolidinedionas (TZD): Pioglitazona.
• Inhibidores de la alfa-glucosidasa: Acarbosa.
• Inhibidores de la DPP-4 (Incretinas): Sitagliptina, Vildagliptina.
• Inhibidores de SGLT-2 (Glucosúricos): Empagliflozina, Dapagliflozina (benefício renal y cardiovascular).

 Hipoglucemiantes Inyectables (No Insulínicos)

• Agonistas del receptor GLP-1 (Liraglutida, Semaglutida): Mecanismo, pérdida de peso y protección cardiovascular.

Mecanismos de acción de la insulina

Evaluación preclínica y clínica de antidiabéticos

• Modelos experimentales de diabetes.
• Pruebas farmacológicas.
• Análisis de diseño experimental.

Que el estudiante aprenda y discuta la teoría y las metodologías para estudiar el comportamiento animal desde una perspectiva ecológica y evolutiva. Que conozca distintas aplicaciones del estudio de la conducta y sea capaz de realizar estudios de comportamiento con su organismo de estudio.

Clases teóricas, discusión de artículos, planteamiento y ejecución de proyectos, redacción de ensayos. 

Conocimientos básicos de ecología y evolución. Estudiantes con convenio solo pagarán el 50%, estudiantes sin convenio cubrirán el 100% de la cuota del curso.

Conocimientos básicos de ecología y evolución. 

Ensayo/Reporte (60%), Presentación de artículos (20%), participación en clase (20%) 

Selección natural y la función de la conducta. Selección individual y de grupo. Adecuación inclusiva, selección de parentesco y altruismo.  Desarrollo y genética de la conducta Mecanismos de la conducta. Aprendizaje y memoria. Cuidado parental / Conflicto padre-hijo. Conducta social Alimentación. Depredación y conductas antidepredatorias. Comunicación Influencia de los parásitos en la conducta Selección sexual (introducción). Conflicto sexual Elección críptica de las hembras. Competencia espermática. Sistemas de apareamiento. Estrategias alternativas de apareamiento. Conducta y conservación en un mundo cambiante. Selección sexual y especiación. Conducta y control de plagas. Conducta y control de vectores. Selección sexual en humanos  

1. Adentrarse a las bases epistémicas y al aparato conceptual de las investigaciones socioecológicas.
2. Familiarizarse con las principales escuelas de pensamiento socioecológico.
3. Conocer las pautas de diseño y análisis de investigaciones socioecológicas.
4. Adquirir habilidades metodológicas para el desarrollo de herramientas participativas y multiactorales.
5. Reflexionar las posibilidades y retos de transitar hacia aproximaciones multi-inter y transdisciplinares en los procesos investigativos.
6. Fortalecer las capacidades de pensamiento crítico, discusión académica informada y redacción de textos científicos. Integrar el discernimiento teórico con el desarrollo de habilidades prácticas para el diseño, la implementación y el seguimiento de herramientas analíticas participativas y multiactorales de investigación en diferentes áreas socioecológicas de estudio.

El curso se desarrollará a partir de un balance entre la dimensión teórica y la práctica. Posterior a la introducción/actualización teórica, cada sesión será acompañada de la lectura de un artículo científico que contextualice la pertinencia y aplicaciones de la herramienta en función dentro de las investigaciones socioecológicas, para posteriormente familiarizarse con la disposición de los datos, el empleo de software y el tipo de análisis que es posible desarrollar con las herramientas revisadas. Dentro del curso se priorizará que los estudiantes trabajen con datos de sus investigaciones y que las visualizaciones y análisis a entregar en el trabajo final tengan formatos de alta calidad académica, de tal manera que puedan ser incorporados como resultados dentro de sus tesis o sirvan como insumos para la redacción de manuscritos científicos.

• Disponibilidad de tiempo para atender íntegramente la carga académica del curso.
• Formación académica en algún área de las ciencias ambientales y/o sociales.
• Desarrollo de una tesis u otro trabajo de investigación enmarcado en el área socioecológica.
• Preferentemente haber atendido el Curso de Posgrado de Inecol "Métodos de Investigación Socioecológica"

• Compresión lectora de textos en inglés.
• Interés por integrar temáticas ecológicas y sociales.
• Disposición hacia el trabajo en equipo.
• Acceso a datos empíricos de corte socioecológica (no indispensable).
• Experiencia en el uso de software y herramientas analíticas de investigación (no indispensable).

20% Asistencia

30% Participación en clase

20% Controles de lectura

30% Trabajo final 

1.Introducción a las escuelas de investigación socioecológica. 

2. ¿Cuáles son los supuestos con los que partimos?

3. Ética. Protocolos, consultas. Dilemas sociales

4.Diseño de investigación. Matriz de congruencia teórica-metodológica

5. Inicio de proceso en comunidad. Mapeo de actores, guía de observación

6. Facilitación y manejo de grupos. Organización de talleres

7. IAP y DRP

8. Técnicas de colecta de datos. Entrevistas, grupo focal. Kobos. Bases de datos (Sofía)

9. Listados y calendarios 

10. Cartografía social

11. Mapeos difuso

12. Método Q

13. Análisis de Redes Sociales

14 Análisis de Redes Sociales

15. Agenciamientos

16. Investigación artística

17. Juegos multiactorales

18. Herramientas audiovisuales

19. Monitoreo y evaluación

20. Cierre y evaluación curso

- Introducir al estudiante a los conceptos teóricos de bioquímica, biología molecular, proteómica, metabolómica y las principales aplicaciones en el área biomédica y agrícola.

- Mostrar o describir las principales técnicas en biología molecular, bioquímica, metabolómica y su aplicación en la investigación científica.

El curso será impartido en sesiones I) teóricas para cada tema, II) sesiones de laboratorio para la realización de extracción de ADN, PCR, cuantificación de proteínas, pruebas de bioactividad, actividad enzimática, III) sesiones in silico para análisis bioinformático de secuencias de ADN, para el estudio de proteínas y edición de genes, IV) Síntesis y discusión de temas desarrollados por estudiantes.

Egresados de QFB, Biología, Bioquímica, Biotecnología y áreas afines u otros interesados en el estudio de hongos por medio de las ciencias ómicas.

Conocimientos básicos de cómputo y de laboratorio, capacidad de análisis y síntesis de información.

Para la evaluación se tomará en cuenta la asistencia y puntualidad (30%), participación en laboratorio (40%) y exposición de trabajo final (30%).

1. Biodiversidad y Sistemática de macrohongos.
2. Uso de la biología molecular en el estudio de macrohongos silvestres
3. Uso de la proteómica en el estudio de macrohongos silvestres
4. Introducción a la metabolómica
5. Aplicaciones de la metabolómica para el estudio integral de macrohongos silvestres
6. Metabolismo secundario
7. Edición genética
8. Aplicaciones biomédicas y fitosanitarias de hongos macro y microscópicos
9. Ciencias ómicas en el estudio de simbiosis ectomicorrícica
10. Sistemática y riqueza biocultural como base para la investigación y aprovechamiento biotecnológico de los hongos

1. Introducir a los estudiantes a los conceptos teóricos de cromatografía de líquidos y espectrometría de masas
2. Introducir a los estudiantes a los conceptos de metabolómica, metabolómica no dirigida y dirigida.
3. Proveer a los estudiantes de las herramientas teórico computacionales para la identificación de marcadores químicos.
4. Proveer a los estudiantes de las herramientas teórico computacionales para la identificación de rutas de biosíntesis enriquecidas.

Se haran uso de métodos teóricos computacionales, softwares y  bases de datos espectrales de acceso libre, tales como METABOANALYST, MASSBANK, METLIN, CHEMSPIDER, entre otros.

Conocimientos básicos de computo. Profesionista o estar cursando las carreras de Lic. en Biología, Ciencias Agropecuarias, Moleculares, Alimentarias y afines.

Conocimientos básicos de cómputo, estadísticas y química orgánica.

Se discutirán ejemplos selectos utilizando bases de datos internas. Se espera que los estudiantes sean capaces de obtener los resultados esperados posterior al procesamiento de estos datos.

Asistencia 100% obligatoria.

Contenido Temático (total 40 horas)

1. Introducción a la cromatografía de líquidos acoplada a la espectrometría de masas (10 h).

            1.1. Principios de la cromatografía de líquidos (2.5 h).

            1.2. Principios de la espectrometría de masas (2.5 h).

            1.3. Tipos de análisis metabolómicos (3 h).

            1.4. Revisión de ejemplos selectos (2 h).

2. Análisis de datos metabolómicos (7 h).

            2.1. Obtención de la matriz de datos (2 h).

            2.2. Análisis estadísticos comparativos de datos metabolómicos no dirigidos.

                        2.2.1. Análisis de componentes principales (1.5 h).

                        2.2.2. Mapas de calor (1.5 h).

            2.3. Revisión de ejemplos selectos (2 h).

3. Identificación de marcadores químicos (7 h).

            3.1. Análisis de “Fold Change” (2 h).

            3.2. Obtención de gráficos tipo volcán (2 h).

            3.3. Análisis discriminantes supervisados (1 h).

            3.4 Revisión de ejemplos selectos (2 h).

4. Identificación de metabolitos (7 h).

            4.1. Identificación por RMN (3 h).

            4.2. Identificación por espectrometría de masas (2 h).

            4.3 Revisión de ejemplos selectos (2 h).

5. Identificación de rutas metabólicas (9 h).

            5.1. Análisis de enriquecimiento de rutas (2 h).

            5.2. Análisis funcionales (2 h).

            5.3. Integración de datos ómicos (1 h).

            5.4 Revisión de ejemplos selectos (3 h).

Que el alumno aprenda los fundamentos y las técnicas de laboratorio para el análisis químico de agua, suelo, plantas y gases. Que el alumno aprenda a realizar y analizar reportes de laboratorio. Que el alumno aprenda a realizar aislamientos, cultivos y cinéticas de crecimiento de microalgas, cianobacterias, hongos y plantas. Que el alumno aprenda las técnicas de laboratorio para trabajar con de germoplasma de distintos microorganismos

En el curso participarán profesores de la Red de Manejo Biotecnológico de Recursos, cada uno de ellos tendrá sesiones teóricas con presentaciones y discusión de bibliografía, así como prácticas de laboratorio relacionadas al tema que impartan.

El curso tendrá una duración de 4 semanas e iniciará con una breve reunión de las coordinadoras con los estudiantes para explicarles la metodología del curso, los criterios de calificación y el formato de los reportes de las prácticas. Cada tema iniciará con las sesiones teóricas que tendrán, por lo general, una duración de 1h por tema y solo en algunos casos durarán más de 1h. En total serán 21 horas de teoría. Después de las sesiones teóricas iniciarán las prácticas de laboratorio, las cuales cubren un total de 99h y se realizarán en los laboratorios de la Red Manejo Biotecnológico de Recursos con apoyo de los técnicos de la misma Red.

Durante el curso se tiene dos días de asueto (1 y 5 de mayo) por eso se reduce a 18 días de clase con 7 horas diarias, en total serán 126, pero habrá días que saldrán más temprano.

Se requiere que los estudiantes estén inscritos en el programa del posgrado del INECOL o de otras instituciones en áreas químico-biológicas o similares.

Conocimientos básicos de equipo de laboratorio y bases de química y biología.

Asistencia- 5 %; Reportes de prácticas de laboratorio-80 %; Examen 15 %.

Los reportes de las prácticas se deberán elaborar de forma individual

Habrá un examen de repaso al final de cada semana

Tema I. Conceptos y prácticas relevantes de Química Analítica

2.1 Principios de química analítica cualitativa y cuantitativa

2.2Principios y aplicaciones de Espectrofotometría UV-Vis

2.3 Análisis químico del suelo y plantas- muestreo de suelos, muestreo de plantas, procesamiento de las muestras

2.4 Muestreo de cuerpos de agua contaminados y análisis químico de agua

2.5 Análisis de polisacáridos constituyentes de la pared vegetal (celulosa, hemicelulosa, lignina)

2.6 Digestión de biomasa y espectroscopia de absorción atómica

2.7 Principios y aplicaciones de cromatografía de gases para el análisis de gases de efecto invernadero

2.8 Principios y aplicaciones de cromatografía iónica

2.9 Fundamentos de los analizadores de carbono

Tema II. Conceptos y prácticas relevantes de Bioquímica y Microbiología.

2.1 Determinación de enzimas celulolíticas producidas por hongos en fermentación en estado sólido.

2.2 Microalgas y cianobacterias. Aspectos generales de cultivo. Cinética de Crecimiento. Composición Bioquímica

2.3 Desarrollo apical y factores de crecimiento en hongos filamentosos

2.4 Caracterización in vitro de hongos filamentosos

Tema III Técnicas de aislamiento y conservación

3.1 Plantas vasculares.  Técnicas de cultivo de tejidos para el estudio, conservación y propagación de plantas vasculares. El uso del cultivo de tejidos vegetales como herramienta para estudios omicos

3.2 Técnicas generales de aislamiento de hongos, medios de cultivo para optimizar crecimiento. Conservación de hongos: técnicas de conservación por corto y largo tiempo (liofilización, criogenización).

1. Discusión sobre las aproximaciones teóricas y prácticas para el estudio de la diversidad funcional.
2. Revisión e implementación de los protocolos para definición de grupos (o entidades) funcionales.
3. Revisión e implementación de métodos analíticos e inferenciales para la estimación y evaluación de la estructura funcional a nivel de comunidad.
4. Ofrecer un espacio para abordar inquietudes específicas con conjuntos de datos de los asistentes al seminario.

El seminario se desarrollará con un flujo de trabajo mixto que abarcará tres actividades: (1) teoría, (2) práctica y (3) secciones de discusión. Las dos primeras actividades se desarrollaron los días lunes, miércoles y viernes. La tercera actividad se desarrollará los martes y jueves. El días viernes 12 de septiembre, los asistentes deberán presentar un seminario de 10 minutos para compartir sus experiencias con el análisis de sus datos (según lo abordado en el seminario). Para las secciones de discusión se tendrá la participación de tres conferencistas invitados que compartirán sus experiencias en estudios de diversidad funcional con insectos en escala local y de paisaje, y la modelación de diversidad funcional anfibios en escala regional y global; por otro lado se pedirá a los asistentes que busquen uno o dos artículos que aborden alguno de los siguientes temas a través de casos de estudio: (i) comparación entre métodos convencionales vs. serie de Hill para evaluación de diversidad funcional; (ii) casos de estudios sobre aplicación de diversidad beta-funcional; (iii) casos de estudio que implementen la aproximación RQL y (iv) integración de análisis de diversidad funcional y redes de interacción. La secciones prácticas se basan en la revisión y uso de scripts en R.   

(1) Manejo básico de hojas de Excel; (2) Conocimientos básicos en el uso de R; (3) Conocimientos en ecología de comunidades; (4) Conocimientos básicos en estadística inferencial; (5) Conocimientos básicos en métodos de estadística multivariada.

Disposición para lectura crítica de artículos científicos y para discusión abierta, constructiva y objetivo, sin miedo a las matemáticas.

(1) Participación en las secciones teóricas y prácticas: 10%

(2) Participación activa en las secciones de discusión: 30%

(3) Seminario final: 60%

Semana 1 (1 - 5 de septiembre)

1.Diversidad funcional vs diversidad rasgos: discusión. Rasgos funcionales (Conceptos). Rasgo efecto y respuesta. Literatura base: McGill et al. (2006); Viole et al., (2007); Petchey et al., (2009); Weiher et al. (2011). 

2. Facetas de diversidad funcional. Literatura base: Villeger et al., (2008); Mouchet et al., (2010); Mason et al., (2013).

3. Medidas convencionales: matrices datos, medidas de distancia y modelos nulos (CWM). Literatura base: Villeger et al., (2008); Mouchet et al., (2010); Mason et al., (2013).

4. Primer caso de estudio, conferencista invitado (martes 4 de septiembre). 

Semana 2 (8 - 12 de septiembre)

5. Marco unificado de estimación: número efectivo de grupos funcionalmente distintos (^qD_fun). Literatura base: Chiu & Chao (2014); Chao et al., (2014, 2019); Olman et al., (2019).

6. Estimaciones de diversidad: iNEXT.3D, FD, mFD. Literatura base: Chao et al., (2021, 2023).

7. Respuesta a filtros ambientales. Estructura funcional (trait syndromes)-RQL. Literatura base: Dray and Legendre (2008); Mouillot et al., (2013); Dray et al., (2014).

8. Dos casos de estudio (anfibios en escalas regional y global-martes 9 de septiembre-; abejas nativas en escala local-martes 9 de septiembre-). Conferencistas invitados.

9. Seminarios finales presentados por asistentes al seminario (10 minutos por seminario, sin contar sección de preguntas y discusión).    

1. Conocer las estrategias de defensa de las plantas para minimizar el consumo de sus tejidos por parte de los herbívoros.
2. Conocer las estrategias de fitófagos para acceder a su recurso y sus consecuencias para la planta hospedera.
3. Discutir las estrategias de los artrópodos carnívoros (depredadores y parasitoides) para encontrar y consumir sus presas/hospederos.
4. Comprender cómo interactúan las plantas, artrópodos herbívoros y artrópodos carnívoros en un contexto de interacciones multitróficas.

El curso será coordinado por un profesor y reforzado con la participación de especialistas en los diferentes temas del curso. Cada tema se abordará en uno a dos días y el coordinador estará presente durante todas las sesiones. El curso es teórico-practico y tiene duración de tres semanas. Las dos primeras semanas son teóricas, organizadas de la siguiente manera: clases formales y presentaciones cortas de artículos por los alumnos del tema expuesto en la clase anterior. Las presentaciones cortas tendrán una duración máxima de 12-15 minutos (+5 minutos para preguntas). En la tercera semana desarrollaremos actividades prácticas grupales en el Santuario del Bosque de Niebla sobre algunos de los temas tratados en las aulas teóricas. Cada grupo (3-4 alumnos) desarrollará un proyecto preestablecido bajo la dirección de un profesor y los resultados del proyecto se presentarán al final de la semana.

Estudiantes de posgrado. Conocimientos básicos de entomología (órdenes).

El estudiante deberá tener habilidad para la comprensión de conceptos biológicos y de textos escritos en inglés sobre las interacciones planta-artrópodo-artrópodo. Habilidad de comunicarse oralmente.

Presentación de artículos: 40%, participación en las discusiones en clase: 20, proyecto practico grupal: 40%

1) Historia evolutiva de las interacciones antagonistas planta-artrópodo. 2) Defensas en plantas: Escape y tolerancia. 3) Defensas físicas y químicas en plantas. 4) Estrategias de ataque de herbívoros. 5) Artrópodos carnívoros: Depredación y parasitismo. 6) Conectando plantas, herbívoros y enemigos naturales: Interacciones multitróficas.

1) Entender la terminología de Taxonomía integrativa y sus aplicaciones. 2) Entender los diferentes algoritmos para estimar un árbol filogenético. 3) Aplicar diferentes herramientas para la delimitación de especies con datos moleculares. 4) Reconocer diferentes herramientas para estudios morfológicos y ecológicos en la delimitación de especies.

Es un curso teórico-práctico. En cada sesión teórica se discutirán los fundamentos con base en lecturas de artículos científicos. Después, en cada sesión práctica, se implementarán diferentes algoritmos y se discutirán los resultados para su interpretación.

Contar con un equipo de cómputo con conexión a red inalámbrica. De preferencia CPU con más de 12 núcleos. Tener nociones básicas de sistemática filogenética.

Capacidad de pensamiento crítico, trabajo por cuenta propia y destrezas básicas para el trabajo por computadora.

Asistencia y participación 20%; control de lecturas 20%; ejercicios prácticos 20%; trabajo final 40%.

1) introducción a la Taxonomía integrativa. 2) características generales de los datos moleculares: ADN; ARN; alineamiento de secuencias; genes codificantes y no codificantes; nucleótidos; codones, aminoácidos; tipos de sustituciones; homología de datos moleculares; genómica, transcriptomica, mitogenoma. 3) métodos de reconstrucción filogenética: parsimonia; modelos de sustitución; máxima verosimilitud; apoyo de ramas; inferencia bayesiana. 4) delimitación de especies con datos moleculares: taxonomía numérica; taxonomía molecular; DNA barcoding; Multispecies coalescent (MSC); Machine learning; ABGD (Automated Barcode Gap Discovery); GMYC (General Mixed Yule Coalescent); PTP (Poisson Tree Process); Bayesian Phylogenetics and Phylogeography (BPP); Bayes factor; Phylogeographic Inference Using Approximate Likelihoods (PHRAPL); delimitación de especies con datos genómicos; delimitación de especies con introgresión (Msci). 5) datos morfológicos: obtención de datos morfométricos; análisis de varianza; análisis de componentes principales (PCA); análisis discriminante (DFA); identificación taxonómica automatizada. 6) datos ecológicos: GBIF; modelos de nicho ecológico; conservadurismo/divergencia de nicho; análisis de K-medias. 7) unificando la Taxonomía integrativa; la Taxonomía es integrativa, no minimalista.

• Conocer el marco conceptual y fundamentos teóricos en ecología del paisaje.
• Conocer los conceptos y fundamentos teóricos en genética del paisaje.
• Conocer los elementos fundamentales de diseño muestral en ecología y genética del paisaje.
• Aprender los fundamentos, limitaciones, y usos de distintas herramientas de análisis espacial en ecología y genética del paisaje.
• Conocer las principales aplicaciones prácticas de la ecología y genética del paisaje a través de estudios de caso.

El curso será teórico (2-3hrs) y práctico (4-5 hrs). De cada una de las unidades temáticas abordadas se proveerá con una sesión explicativa sobre sus fundamentos y conceptos. Esta información proveerá las bases teóricas para realizar el componente práctico de cada sesión. Asimismo, cada unidad temática estará acompañada de literatura científica cómo revisiones conceptuales, metodológicas, así como estudios de caso. El componente práctico se enfocará a utilizar software especializado para el análisis de datos, donde el alumno tendrá que elaborar reportes de manera individual o grupal. Los ejercicios se utilizarán programas de distribución libre (QGIS, CONEFOR, CIRCUITSCAPE) y paqueterías de R.

• Cada alumno deberá contar con su propia computadora portátil con los programas a usarse en el curso (los profesores enviarán las direcciones electrónicas para bajar dichos recursos).

• Conocimientos básicos de estadística.
• Excelente compresión de textos en inglés.
• Manejo de bases de datos (ej. excel).
• Nociones básicas de R.

• Asistencia y participación (10%)
• Entrega de ejercicios desarrollados en clase (60%). De 4 a 6 ejercicios.
• Presentación oral frente a grupo de un proyecto final (30%). El proyecto consiste en plantear una pregunta de investigación de su interés, desarrollando el diseño muestral y los análisis espaciales necesarios para responder a dicha pregunta propuesta (preferentemente sobre la tesis del estudiante y que ponga en práctica lo aprendido en clase).

Semana 1:

a) Sección teórica:

• Marco conceptual de la ecología del paisaje (escala, composición, configuración) 
• Fragmentación y pérdida de hábitat: Conceptos y casos de estudio 
• Métricas de paisaje y análisis multiescalar 
• Conectividad estructural y funcional 
• Redes de conectividad e índices de conectividad 
• Corredores biológicos

b) Sección práctica

• Métricas del paisaje 
• Extracción de métricas a múltiples escalas
• Determinación de la escala del efecto
• Selección de modelos
• Elaboración de matrices de resistencia
• Elaboracion de corredores
• Redes de conectividad

Semana 2

a) Sección teórica

• Marco conceptual en la genética del paisaje 
• Marcadores moleculares y medidas de diversidad genética 
• Consideraciones de diseño muestral en genética del paisaje 
• Análisis espaciales y no espaciales de estructura genética 
• Simulaciones computacionales en genética del paisaje 
• Análisis de la estructura espacial fina: Autocorrelación espacial 
• Análisis espaciales para evaluar la resistencia del paisaje y ambiente sobre el flujo genético

b) Sección práctica

• Estimadores de diversidad genética
• Medidas de conectividad y su relación con diversidad genética
• Análisis espaciales y no espaciales de la estructura genética
• Autocorrelacion espacial 
• ResistanceGA y otros análisis estadísticos para relacionar métricas de flujo genético con variables espaciales.

1. Comprender y analizar la dinámica geomorfológica de las zonas costeras mediante el estudio de procesos físicos y morfológicos (oleaje, corrientes, transporte de sedimentos, tormentas y variabilidad climática), evaluando cambios a distintas escalas espaciales y temporales en diferentes tipos de costa.
2. Evaluar la sensibilidad, vulnerabilidad y riesgos asociados a la dinámica costera, con énfasis en erosión e inundación, integrando herramientas conceptuales, métricas cuantitativas y evidencia observacional para la toma de decisiones.
3. Examinar críticamente estrategias de mitigación y adaptación ante la erosión costera, valorando su efectividad, limitaciones e impactos ambientales, sociales y económicos.
4. Conocer y aplicar marcos normativos y legales relevantes para el manejo de zonas costeras en México, identificando instrumentos de gestión, competencias institucionales y retos de gobernanza.
5. Desarrollar competencias prácticas en el uso de GIS aplicado a la gestión costera, mediante el procesamiento y análisis espacial de datos, integración de información multifuente, generación de cartografía temática y construcción de productos técnicos para apoyar la planeación y el manejo costero basado en evidencia.

Este es un curso intensivo en modalidad híbrida, que incluye sesiones en línea y presenciales. Tiene una duración de dos semanas, lo que da un total de 6 créditos.

El desarrollo del curso sigue un enfoque activo y participativo conocido como "Marco conversacional de aprendizaje" que incluye diferentes tipos de actividades:

1. Adquisición de conocimientos.- Clases teóricas con conocimientos básicos sobre los diferentes temas que se van a abordar.
2. Práctica.- Ejercicios diversos para aplicar y reflexionar sobre los conocimientos adquiridos.
3. Producción.- Producción de evidencias (como infografías, videos cortos, podcasts, artículos de divulgación) sobre el conocimiento adquirido.
4. Discusión.- Análisis de algún problema de la zona costera y propuesta de posibles soluciones. Se discutirá un tema que elegirá el grupo.
5. Indagación.- Búsqueda de información sobre los diversos temas analizados y discusión en clase.

Conocimiento básico (nivel licenciatura) o interés sobre temas ambientales o de la zona costera (biología, ecología, ingenieros ambientales, ingenieros costeros, geomorfólogos, etc.).

Posibilidades de conectarse de manera remota.

Conocimiento básico de inglés para la lectura de documentos.

Se evaluarán diferentes actividades, según los siguientes criterios y tipos de aprendizaje.

1. Adquisición de conocimientos.- Cuestionario a contestar en salón (20%).
2. Práctica.- Capacidad de resolver los ejercicios expuestos en clase (20%).
3. Producción de información.- Calidad de la información y creatividad (20%).
4. Discusión.- Calidad de la discusión e información aportada (20%).
5. Indagación.- Calidad de la información obtenida y el análisis y síntesis realizado (20%). 

Bloque 1. Geomorfología de la zona costera

Módulo 1: Introducción a los sistemas costeros y marinos

• Clasificación de los sistemas costeros y marinos
• Oleaje y corrientes
• Mareas

Módulo 2: Descripción y caracterización del ambiente costero: Costas arenosas

• Granulometría y composición de los sedimentos
• Pendiente de la playa y estado morfodinámico
• Caracterización y funciones de los sistemas dunares

Módulo 3: Descripción y caracterización del ambiente costero: Costas limosas y arcillosas

• Granulometría y composición de los sedimentos
• Marismas
• Manglares

Módulo 4: Eventos marinos extremos, aumento del nivel del mar y respuesta costera

• Impactos de tormentas, huracanes y tsunamis
• Sensibilidad/vulnerabilidad costera y estrategias de mitigación
• Normativa legal para la gestión de las zonas costeras en México

Bloque 2. SIG y manejo de la zona costera

Módulo 1: Introducción a los Sistemas de Información Geográfica (SIG)

• Definición de SIG
• Datum y proyección
• Fenómenos continuos y discretos
• Datos vectoriales y ráster

Módulo 2: Geoprocesamiento de datos vectoriales

• Formato de datos, atributos, edición y operaciones en tablas de atributos
• Consultas en conjuntos de datos vectoriales
• Edición y topología
• Principales herramientas de procesamiento para modificar y crear conjuntos de datos

Módulo 3: Geoprocesamiento de datos ráster

• Remuestreo
• Álgebra de mapas y calculadora ráster
• Interpolación y creación de superficies
• Modelos digitales de elevación (MDE)
• Análisis topográfico

Módulo 4: Práctica de laboratorio

• Procesamiento de datos mediante herramientas y complementos especializados en zonas costeras
• Detección de cambios en datos multitemporales para el análisis de erosión e inundaciones
• Casos prácticos sobre vulnerabilidad y riesgo costero
• Presentación de datos: creación de mapas e informes

Instalación local de R y preferente algún IDE (RStudio, VS Code, etc.). Poder instalar paquetes, manejar funciones básicas, y cargar datos desde archivos y fuentes remotas.

Conocimiento básico de R, análisis de biodiversidad y datos asociados.

1) Flujos de trabajo y análisis:

– Organización de proyectos y archivos

– Buenas prácticas para nombrar archivos y objetos

– Trabajando con rutas

– Estructuras de datos

2) Manipulación y limpieza de datos

– Pasos a seguir para importar y reestructurar    tablas y archivos.

– Principios de datos ordenados (tidy data) y herramientas del ‘tidyverse’ para ordenar datos

– Expresiones regulares para trabajar con cadenas de texto

– Herramientas para trabajar con datos faltantes 

– Formas de identificar Información repetida

– Exploración rápida de datos

3) Visualización de Datos

– Introducción a ggplot2

– Representaciones gráficas de información

– Personalización de elementos gráficos (ejes, colores, fuentes, leyendas)

– Preparación de figuras científicas 

– Herramientas para exportar gráficos de alta resolución en múltiples formatos

4) Lo que nadie nos enseñó sobre R

– Entornos de trabajo y configuración

– Iteración y vectorización para evitar repetición

– Trabajando con listas

– Atajos y herramientas para mayor eficiencia

– Significado de los errores más comunes

5) Aspectos de geografía de la biodiversidad

– Puntos, polígonos, rasters: nuevas paqueterías para manejo de datos espaciales

– Paquetes para generar mapas bivariados

– Trabajo con modelos de elevación digital

– Filogenias: manejo y visualización   

El curso brindará a los estudiantes la oportunidad de:

1) Comprender el concepto de bosques urbanos como soluciones basadas en la naturaleza en áreas urbanas y periurbanas.

2) Comprender los roles ambientales y socioeconómicos de la infraestructura verde, áreas verdes urbanas y el bosque urbano.

3) Identificar los problemas, desafíos y oportunidades en torno a la planeación de infraestructura verde en ciudades.

4) Aprender sobre las diferentes metodologías para analizar, manejar y planear los diferentes componentes de infraestructura verde y bosques urbanos.

El curso se imparte de forma virtual y con sesiones de profesores invitados. La actividad en campo tiene como objetivo que los alumnos pongan en práctica una de las diferentes metodologías de análisis de bosques urbanos, además de que escriban un reporte final en formato de reporte de investigación en el que aplicarán los temas aprendidos en clase. Al finalizar el curso, los alumnos presentarán los resultados obtenidos en la práctica de campo.

Las actividades consisten en clases teóricas con discusiones en clase con los alumnos y una práctica de campo que cada alumno realizará en sus respecitivas ciudades. El curso tendrá profesores invitados de diferentes instituciones nacionales e internacionales, y abarcarán temas específicos sobre las bases teóricas de la silvicultura urbana, la relación entre bosques urbanos y la salud humana, los desafíos de la construcción y el diseño urbano y la arboricultura, la biodiversidad urbana, y percepciones de los ciudadanos.

No es necesario ningún prerequisito para tomar este curso

No es necesaria ningúna habilidad ni destreza previa para tomar este curso

El curso se evaluará con la participación en clase de los alumnos (30%), un reporte de investigación final (40%), y una presentación en clase (30%).

1. Definición del concepto de soluciones basadas en la naturaleza (SbN).

• Definiciones, historia del concepto.
• Enfoques basados en ecosistemas.
• Retos sociales que buscan resolver las SbN.
• Los bosques urbanos como SbN.

2. Definiciones, introducción a la disciplina de la silvicultura urbana.

• Introducción, descripción general y definiciones de infraestructura verde y bosques urbanos. Funciones y beneficios de la infraestructura verde y bosques urbanos.
• An urban forest: parcel by parcel. Profesora invitada Dra. Danijela Puric-Mladenovic, Universidad de Toronto, Canadá.
• Permanent city dwellers: taking care of urban trees so they can take care of us in a global climate crisis. Profesora invitada Dra. Sivajanani Sivarajah, Universidad de Laval, Canadá.

3. Biodiversidad asociada a los bosques urbanos.

• Biodiversidad: Patrones globales de la biodiversidad urbana. Homogeneización biótica. Especies nativas y no nativas, y especies invasoras.
• Impacto de la urbanización en la diversidad funcional de las comunidades de macromicetos a lo largo de un ecosistema urbano en el suroeste México. Profesor invitado Dr. Marko Gómez-Hernández. CIDIIR, Oaxaca.
• Fauna nativa en ambientes antropizados. Profesor invitado Dr. Romeo Saldaña Vázquez. IBERO, Puebla.
• Estudios en dos bosques urbanos: Planeación espacial de bosques urbanos en la Ciudad de México. Regeneración y restauración de bosques urbanos en Xalapa, Veracruz.

4. Factores que afectan las características de los bosques urbanos.

• Factores biofísicos y socioeconómicos que influyen en los patrones de diversidad de los bosques urbanos.
• Percepciones de los ciudadanos en contextos urbanos y boscosos. Profesora invitada Dra. Socorro Aguilar Cucurachi. Universidad Veracruzana.

5. Métodos y técnicas de medición y evaluación del arbolado urbano. iTree, Neighbourwoods, SIG.

• Planes de Manejo de Bosques Urbanos.
• Neighbourwoods: Protocolo para la construcción de un inventario de arbolado urbano. Teórico y práctico.
• Introducción a la identificación de las principales espeices de árboles en ciudades.

6. Manejo de bosques urbanos: criterios de poda, derribo, atención a plagas y enfermedades. 

• Arboricultura, diseño y construcción.  Profesor invitado Edgar Ojeda, arborista certificado ISA. México.

1. Familiarizarse con el medio de las revistas científicas indexadas y con factor de impacto.
2. Entender la importancia de una buena redacción, adecuando la sintaxis y evitando el encabalgamiento, tanto en español como inglés.
3. Reconocer la estructura de un manuscrito científico.
4. Obtener conocimiento profundo sobre el contenido deseable de las diferentes partes de un manuscrito científico, incluyendo temas de ética, tanto en la autoría del trabajo como en la elaboración del texto.
5. Conocer las diferentes etapas del proceso editorial en una revista científica, la importancia de seguir las directrices para autores de las revistas, así como de la importancia de la revisión por pares y de la respuesta adecuada a las observaciones de revisores y editores.
6. Concientizarse que la investigación no termina con la publicación de un artículo, pues que va más allá, incluyendo dar a conocer los resultados a la comunidad científica, la citación del artículo, etc.
7. Reconocer los aspectos éticos a considerar en el proceso de publicación.

Los profesores expondrán los temas del curso ante el grupo, para ello se utilizarán ejemplos reales (anonimizados en todos los casos) de diversas revistas científicas internacionales con factor de impacto, ejercicios elaborados especialmente para el curso y otros más resueltos a partir de los manuscritos de los participantes, así como otras estrategias didácticas como el análisis de videos (en español e inglés) y el trabajo grupal y en equipo. Se espera una participación activa de parte de todos los participantes, ya que de esta manera se puede lograr un aprendizaje profundo y avance sustancial en sus manuscritos. Los profesores estarán disponibles durante las cuatro semanas que dura el curso para responder preguntas sobre su manuscrito en preparación.

Indispensable contar con el borrador de un manuscrito que tenga todas las partes de un artículo científico (título, resumen, introducción, materiales y métodos, resultados, discusión, conclusiones, literatura citada, por lo menos un cuadro y una figura), y tener conocimientos de la literatura relevante sobre el tema.

Tener conocimientos de la literatura relevante sobre su tema de interés, comprensión del idioma inglés, ya que varias lecturas, videos y ejercicios de redacción están en ese idioma, capacidad de observación, pensamiento crítico, apertura a la crítica constructiva, pues se señalarán aspectos a mejorar tanto en sus escritos como en la forma de redactar sus ideas. Interés por adquirir conocimiento que les será de utilidad tanto para mejorar en sus actividades académicas inmediatas como para sus publicaciones futuras.

Presencia en la clase y puntualidad (10%), participación en ejercicios durante el curso (20%), presentación al final del curso (10%), preparación de manuscrito (40%), revisión de manuscritos de colegas (20%). Los alumnos deben enviar su manuscrito en primera versión; es decir, la versión a trabajar, el primer día del curso por correo electrónico a los coordinadores del curso. El texto se trabajará durante las primeras tres semanas del curso. Posteriormente, una versión ya mejorada deberá subirse, al final de la tercera semana, a un portal que se les proporcionará en clase. Durante la semana siguiente revisarán un manuscrito de dos de sus compañeros (revisión por pares), posteriormente atenderán las observaciones de sus colegas y enviarán su manuscrito revisado. El manuscrito y la revisión de cada participante serán calificados por los profesores del curso. Al final, los estudiantes presentarán una pequeña nota de divulgación que refleje el tema de su manuscrito y la claridad que tienen del manejo de su tema.

Día 1:

• Presentación (profesores, programa, dinámica, evaluación)
• Presentación de los alumnos, nombre, tema tesis, qué esperan del curso, porqué quieren publicar
• Introducción ¿Por qué tengo que publicar?: requisito para titularse, promoción, SNI, becas, contratación, etc., publicar conocimiento generado con recursos públicos.
• Diseño y planeación del estudio/experimento, hipótesis, repetibilidad, selección de literatura
• ¿Cuándo mi contenido es publicable? Artículos inéditos y originales ¿qué significa?
• De tesis a artículo
• Revistas indexadas: bases de datos, criterios, importancia de la revisión por pares, indexación ¿qué es y por qué es importante?, factor de impacto y factor h, ¿qué son?, revistas nacionales internacionales, ¿cuáles son?, ¿cómo saber cuándo una revista es internacional?

Día 2

• “Introducción”
• “Materiales y Métodos”

Día 3:

• Estadística en los resultados: métodos, programas

Día 4:

• Resultados enfocados a cuadros y figuras, apéndices, leyendas, llamados en el texto, ejercicios. Preparación de figuras, programas de edición, diferencia entre pixeles y vectores, formatos, importancia en la elección de los colores en las gráficas o imágenes, leyendas

Día 5:

• “Resultados”
• “Discusión”
• “Conclusiones”

Día 6:

• “Título”
• “Resumen”/”Abstract”
• “Palabras clave”
• Autoría, afiliaciones, ORCID, contribución de autores, agradecimientos, financiamiento

Día 7:

• Redacción en español: encabalgamiento, sintaxis, concordancia, ejercicio

Día 8:

• Redacción en español: signos de puntuación, tiempos verbales, coherencia y cohesión, ilación, voz activa y voz pasiva, control de cambios

Día 9-11:

• Redacción en inglés, gramática, vocabulario, signos de puntuación, encabalgamiento, sintaxis, concordancia

Día 12:

• Selección de revista: enfoque, alcance, tiempos de publicación, Acceso Abierto, costos de publicación, factor de impacto e índice h, simulacro de selección de revista, búsqueda en DOAJ, Scopus, WoS.

Día 13:

• Sistemas de referencias (Harvard, Chicago, etc.), gestores de referencia (Endnote, Zotero, etc.), literatura citada
• Revisión por pares
• ¿Cómo responder a los revisores, qué incluir en la carta? Sugerencias de fondo y forma, ¿debo aceptar todos los cambios?
• ¿Qué hacer en caso de rechazo de mi artículo…?, ¿…y qué no hacer?
• Preprints

Día 14:

• Carta de originalidad
• Ética, plagio, autoplagio, conflicto de intereses
• Directrices para autores
• Proceso editorial, qué esperar en cada etapa, dudas frecuentes (cómo responder a los revisores y editores, etc.), tiempos de publicación
• Roles en el proceso editorial: editor en jefe, editor asociado, editor de sección, editores técnicos, revisores, corrección de estilo, etc.
• Copyright, Licencias Creative Commons
• Gestión editorial en Open Journal Systems
• Ejercicio de subir manuscrito a la plataforma
• Tarea de llenar plantilla con la información que refleje cómo adoptaron lo aprendido a su manuscrito, qué aspectos cambiaron

Día 15:

• Subir la tarea para familiarizarse con las “discusiones” en la plataforma
• Bajar el manuscrito de un colega asignado en la plataforma y comenzar la revisión
• Llenar la plantilla de revisión y redactar la carta correspondiente

Día 16:

• Presentación de estudiantes (10 min cada uno) dando a conocer la adaptación de lo aprendido al manuscrito (según la tarea y plantilla) y las observaciones realizadas en el manuscrito de uno de uno de los colegas asignados
• Subir la carta de evaluación y el manuscrito revisado a la plataforma, para familiarizarse con las “discusiones” en la plataforma

Día 17:

• Bajar el manuscrito de un segundo colega asignado en la plataforma y comenzar la revisión
• Llenar la plantilla de revisión y redactar la carta correspondiente
• Subir la carta de evaluación y el manuscrito revisado a la plataforma, para familiarizarse con las “discusiones” en la plataforma

Día 18:

• Presentación de estudiantes (10 min cada uno) dando a conocer las observaciones realizadas en el manuscrito del segundo de los colegas asignados
• Atención de dudas en la plataforma
• Bajar las revisiones de sus manuscritos, analizar los comentarios y redactar un borrador de respuesta a los revisores

Día 19:

• Durante la clase, ajustar sus manuscritos según las revisiones recibidas
• Redactar la carta de respuesta a los revisores
• Subir el manuscrito final a la plataforma, junto con la carta de respuesta
• Presentación de estudiantes (10 min cada uno) dando a conocer las observaciones realizadas en el manuscrito del segundo de los colegas asignados
• Tarea: Preparar una presentación que contenga el título, palabras clave, resumen de tu trabajo y dos figuras. Destacar cómo les sirvió el curso para modificar el escrito en general

Día 20:

• Presentaciones de los estudiantes: durante 5 minutos presentarán la presentación dejada como tarea el día anterior (presentación que contenga el título, palabras clave, resumen de tu trabajo y dos figuras). Destacar cómo les sirvió el curso para modificar el escrito en general.

Enseñar a los estudiantes el método científico en campo.

Aprendizaje de diferentes diseños experimentales y pruebas estadísticas.

Enseñar cómo realizar trabajos en grupo de manera eficiente.

Aplicar los conocimientos por medio comparativo de dos grupos de plantas.

Cada día se darán 2 horas de clases teóricas, seguidas por 10 horas de trabajos prácticos de campo incluyendo la presentación y discusión de resultados sobre los proyectos.

Cada estudiante participa en una práctica grupal y una individual.

Al final del día los estudiantes exponen sus trabajos a discusión ante todos los participantes.

Conocimientos básicos de botánica, ecología, método científico e inglés.

Experiencia básica con estadística.

Buena disposición para trabajo en grupo y tolerancia social.

Manejo de trabajo bajo condiciones estresantes por el clima caluroso, el esfuerzo físico-mental, presencia de animales y plantas tóxicas, y tiempo limitado.

La participación en el curso, dos presentaciones y dos trabajos escritos en formato de un artículo científico (uno sobre la práctica individual y otro sobre la práctica grupal) proporcionan cada uno 20% de la evaluación final.

Día 1 (lunes) 1. Salida de Xalapa, Viaje a Los Tuxtlas 2. Clase teórica vespertina: Vegetación de Los Tuxtlas 3. Recorrido de campo 4. Formación de grupos de trabajo, cada uno apoyado por un profesor Día 2 5. Clase teórica matutina: Sistemática de plantas 6. Introducción a los temas grupales 7. Identificación de especies en campo 8. Clase teórica vespertina: Método científico 9. Discusión de bibliografía Día 3 10. Clases teórica matutina: Interacciones hormiga-planta 11. Introducción a los temas grupales 12. Identificación de especies en campo 13. Clase teórica vespertina: Diseños experimentales Día 4 14. Clases teóricas: Morfología de plantas 15. Trabajos grupales de campo 16. Discusión de avances Día 5 17. Clases teóricas: Reproducción de plantas y ciclos de vida 18. Trabajos grupales de campo 19. Presentación final de trabajos grupales Día 6 20. Clases teóricas: Biodiversidad 21. Trabajos grupales de campo (salida de la estación) Día 7 22. Clases teóricas: Herbivoria 23. Trabajos grupales de campo 24. Discusión de avances Día 8 25. Clases teóricas: Evolución de plantas 26. Trabajos grupales de campo 27. Presentación final de trabajos grupales Día 9 28. Clases teóricas: Fenología y demografía de poblaciones 29. Trabajos grupales de campo (salida de la estación) Día 10 30. Clases teóricas: Hormigas 31. Trabajos grupales de campo 32. Discusión de avances Día 11 33. Clases teóricas: Ecofisiología de plantas 34. Trabajos grupales de campo 35. Presentación final de trabajos grupales Día 12 36. Trabajos individuales de campo 37. Redacción de trabajos individuales 38. Discusión de avances Día 13 39. Trabajos individuales de campo 40. Redacción de trabajos individuales 41. Presentación de trabajos individuales concluidos, 42. Entrega de manuscritos 43. Discusión final 44. Viaje de regreso de Los Tuxtlas a Xalapa

1. Aprender a proponer proyectos de investigación breves, y ejercitar la creatividad científica.
2. Ejercitarse en el trabajo de campo, aprender diferentes técnicas de muestreo y análisis de resultados.
3. Adquirir experiencia en la presentación oral de propuestas de investigación, así como de los resultados de los proyectos de investigación.
4. Adquirir experiencia en la elaboración de manuscritos, siguiendo el formato de los manuscritos científicos.

1. La estación será CICOLMA (La mancha). Se realizarán pláticas introductorias y recorridos de los sitios, para que los y las estudiantes se familiaricen, donde se dará información de la historia natural del lugar; al mismo tiempo se podrán plantear preguntas específicas de ecología e historia natural.
2. En los dos sitios se harán proyectos de grupo dirigidos por profesores invitados, cada uno de los cuales resulta en un informe (oral y escrito). Los y las alumnos son responsables de la toma de datos y su análisis, hacer las presentaciones orales de los resultados y presentar los informes escritos de acuerdo al formato predeterminado. De igual forma, dependiendo de la propuesta de los profesores, podrán aportar de forma complementario en el planteamiento de preguntas, objetivos y el diseño experimental y análisis para responder las preguntas y objetivos específicos.
3. Los y las alumnos deben de realizar un proyecto de investigación en equipos de 2-3 personas, y presentar su propuesta oral, desarrollar el trabajo de campo, analizar los datos, formular una presentación oral y realizar un informe escrito de acuerdo al formato establecido. Además, cada estudiante debe de revisar, editar y aprobar el contenido de los manuscritos que se entreguen con su autoría a los coordinadores.
4. Los manuscritos se entregarán de acuerdo al calendario de actividades en formato electrónico. No se aceptarán informes en fechas posteriores a las indicadas.
5. Durante el curso, los profesores invitados y otros profesores podrán dictar pláticas sobre diversos temas que pueden derivarse en discusiones sobre ecología, conservación, etc. Los profesores están a la vanguardia en sus áreas de especialidad y los alumnos deben de aprovechar su experiencia y conocimiento. Es necesario recalcar que todos los profesores estarán a la completa disposición de los alumnos para discutir los temas de investigación desarrollados en el curso, así como cualquier otro tema de interés de los estudiantes.

1. Estudiantes de Posgrado que hayan llevado cursos de ecología poblaciones, ecología de comunidades y estadística.
2. Disposición para trabajo intenso de campo, laboratorio y gabinete.
3. Disposición para convivencia con los compañeros y profesores durante el tiempo del curso.
4. Dedicación de tiempo completo.

Una alta capacidad de trabajo en equipo y una amplia disposición de colaboración.

1. La evaluación se basa en el desempeño de los alumnos durante el curso (participación, creatividad, puntualidad, entusiasmo, etc.):
   Prácticas individuales 25 puntos cada una (1 en total). Total 25
   1. Prácticas de grupo¹, 25 puntos cada una² (3 en total). Total 75

TOTAL 100 puntos

¹ Los profesores invitados darán una evaluación subjetiva de la participación individual de los alumnos participantes en su práctica, que podrá ser ponderada en la asignación de calificación individual.

² La calificación será la misma para cada uno de los estudiantes participantes en ella.

1. En particular, cada práctica será evaluada conforme los siguientes criterios:
   Prácticas individuales:

Presentación oral (protocolo) 30

Presentación oral (resultados y discusión) 30

Texto (calidad académica, redacción, seguimiento de la guía de informes) 40

1. Prácticas de grupo:

Presentación oral (resultados y discusión) 40

Texto (calidad académica, redacción, seguimiento de la guía de informes) 60

1. En ambos casos hay sanciones si no se cumple con el formato indicado en la guía para la elaboración de los informes y si hay errores ortográficos.

Ecología de plantas parásitas

Ecología de interacciones planta-animal

Ecología de dunas costeras

Ecología de manglares y fisiología de plantas

Ecología de sistemas de agua dulce

Ecología de la restauración de bosques y selvas

1) Definir e introducir el concepto de las principales fitohormonas y sus funciones. 2) Proporcionar al estudiante las bases conceptuales para identificar cómo las fitohormonas contribuyen al crecimiento, desarrollo, reproducción y diversas respuestas de estrés. 3) Identificar los factores que contribuyen a la acumulación y respuesta de las fitohormonas 4) Explicar los mecanismos de percepción y transmisión de señales hormonales, los mecanismos de control de la respuesta hormonal como: cambios de concentración, sensibilidad. 5) Conocer los distintos tipos de hormonas fundamentales en las plantas y la importancia de su interacción.

La impartición del curso será teórico-práctica y se desarrollará en el aula mediante presentaciones de los profesores del curso con ayuda de audiovisuales, proporcionando información teórica y referencias bibliográficas para que los alumnos puedan profundizar en el tema. También habrá sesiones de discusión de artículos dependiendo las necesidades que se deban cubrir en cada tema. De cada uno de los temas se llevarán a cabo prácticas en el laboratorio con el objetivo de que el alumno pueda visualizar el efecto de las fitohormonas sobre algunos procesos de desarrollo y estrés en plantas.

Los interesados en el curso deberán contar con conocimientos en Biología y áreas afines con un nivel mínimo de licenciatura. Además es deseable que cuenten con conocimientos básicos de Bioquímica y de Biología celular.

Principios básicos de Biología y Bioquímica

El profesor evaluará el desempeño de cada estudiante durante todo el curso con: participación en clase (15%), discusión y presentación de artículos (25%) (previamente seleccionados por el profesor), examen teórico (40%), practicas de laboratorio (20%).

1. Desarrollo vegetal 1.1 Crecimiento y desarrollo 1.2 Patrones de crecimiento y desarrollo 1.3 Juvenilidad 1.4 Totipotencia 1.5 Principios de diferenciación 2. Fitohormonas y reguladores del crecimiento 2.1 Concepto de fitohormona y su mecanismo de acción 2.2 Puntos de regulación: biosíntesis, transporte, degradación, conjugación y vías de señalización 2.3 Participación en el desarrollo y diferentes tipos de estrés. 3. Auxinas 4. Citocininas 5. Ácido salicílico 6. Ácido abscisico 7. Giberelinas 8. Etileno 9. Jasmonatos 10. Nuevas moléculas señalizadoras 11. Interconexiones entre hormonas durante el estrés abiótico 12. Interconexiones entre fitohormonas durante el estrés biótico.

1.- Conozca los mecanismos fisiológicos del efecto de los insecticidas en los insectos.

2.- Aprenda la clasificación de insecticidas y sus mecanismos de acción.

3.- Aislar, caracterizar y seleccionar bacterias con potencial insecticida.

4.- Evaluar las bacterias obtenidas en diferentes ordenes de insectos plaga del sector agrícola y salud pública.

5.- Conocer el potencial para el control biológico presente en el microbioma asociado con insectos plaga y algunas estrategias para su uso.

El curso consta de sesiones teóricas en donde el estudiante conocerá mediante herramientas visuales los antecedentes del control de plagas, mecanismos de control químico, mecanismos de acción de agentes biológicos, así como la interacción con sus hospederos. Además, tendrá sesiones prácticas en donde aprenderá a reconocer estructuras que intervienen en la reacción a insecticidas y sus ensayos entomológicos para la evaluación de estos productos. Se realizarán prácticas para el aislamiento y caracterización de bacterias con potencial en el control de plagas y ensayos cualitativos en diferentes ordenes de insectos.

Conocimientos de trabajo en laboratorio y manejo de insectos y microbiología.

Conocimiento básico en las medidas de seguridad en el laboratorio, conocimiento en el uso correcto de materiales y equipo de laboratorio, nociones básicas de biología y fisiología de insectos.

Asistencia, puntualidad y participación en clase (10%); ejercicios en clase y participación practica (40%); proyecto final o reporte de prácticas (50%).

Contenido temático

SEMANA 1 del 15 al 19 de junio (20 hrs.)

1.1 Que es el control de plagas

1.2 Control químico

1.3 Modo de acción de los diferentes grupos químicos de insecticidas

1.4 Resistencia a insecticidas

1.5 Ensayos de efectividad biológica (contacto, ingestión, inhalación) (práctica)

1.6 Sistema nervioso en insectos (práctica)

1.7 Control cultural de plagas: Uso de plantas aromáticas y medicinales (práctica)

SEMANA 2 del 22 al 26 de junio (20 hrs.)

2.1 Bacterias y sus metabolitos en el control de plagas

2.2 Uso de diferentes especies de bacterias en el control de insectos.

2.3 Bacillus thuringiensis un caso exitoso contra diferentes plagas.

2.4 Proteínas pesticidas y modos de acción.

2.5 Aislamiento e identificación de Bacillus thuringiensis y sus proteínas pesticidas (práctica)

2.6 Ensayos cualitativos con diferentes ordenes de insectos (práctica)

SEMANA 3 del 29 de junio al 01 de julio (12 hrs)

3.1 Introducción al microbioma de insectos

3.2 Ecología de la interacción microbioma-insecto

3.3 Microbioma y plagas agrícolas

3.4 Agentes entomopatógenos: diversidad biológica y ecológica

3.5 Hogos entomopatógenos: biología y modo de acción

3.6 Uso del microbioma y agentes entomopatógenos en el control biológico

• Conocer las diferentes técnicas empleadas para la colecta, preservación y herborización de ejemplares botánicos.
• Reconocer la información necesaria e indispensable que debe registrarse en campo de cada espécimen colectado como la localidad, características ambientales y estructuras reproductivas de los ejemplares colectados.
• Conocer estrategias para toma de muestras de tejidos vegetales, esquejes, propágulos y flores en distintos grupos taxonómicos.
• Aprender a emplear claves taxonómicas para la identificación del material colectado.
• Saber cómo consultar y utilizar la colección de herbario como herramienta de apoyo en la determinación.
• Aprender a elaborar etiquetas de colecta y montar ejemplares.

Los profesores impartirán una sesión teórica corta por la mañana. Después de cada una, se efectuarán salidas al Santuario del bosque de niebla para que los estudiantes realicen actividades prácticas enfocadas a colecta y toma de datos en campo. Posteriormente, el material se herborizará y se harán múltiples prácticas de identificación con material fresco y herborizado. Finalmente, se procesarán los ejemplares colectados para su incorporación al herbario XAL.

Conocimientos básicos de biología y morfología vegetal.

Conocimientos básicos de biología y morfología vegetal.

Prácticas (40%); exámenes (20%); trabajo final (20%); ejercicios fuera de clase (10%); exposiciones por parte de los alumnos (10%).

Tema 1. Morfología vegetal básica.

1.1. Características generales de las cormofitas y los órganos que las constituyen.

1.2. Estructura, función y modificaciones en la raíz.

1.3. Estructura, función y modificaciones en el tallo.

1.4. Estructura, función y modificaciones en la hoja.

1.5. Modularidad en plantas (genetos y rametos).

1.6. Estructuras para la reproducción vegetativa.

1.7. Definición de flor y verticilos florales.

1.8. Connación, adnación.

1.9. Perianto (morfología y modificaciones) y simetría floral.

1.10. Morfología y modificaciones del androceo.

1.11. Morfología y modificaciones del gineceo.

1.12. Estructura e importancia del carpelo.

Tema 2. Colecta de ejemplares y toma de datos en campo.

2.1. Bases teóricas sobre la colecta de ejemplares de herbario.

2.2. Equipos y materiales para la colecta.

2.3. Particularidades de colecta de grupos concretos.

2.4. Colecta y toma de muestras en campo.

2.5. Procesado y etiquetado de material herborizado.

2.6. Procesado y etiquetado de muestras de campo.

2.7. Registro de datos de colecta en bases de datos.

Tema 3. Identificación de material vegetal.

3.1. Fórmula y diagrama florales.

3.2. Claves dicotómicas y policlaves.

3.3. Identificación con claves taxonómicas.

3.4. La importancia de los trabajos florísticos como herramienta para la identificación botánica.

3.5. Bibliografía y recursos electrónicos adicionales.

Tema 4. Clasificación, diversidad y morfología de los grupos más diversos de plantas vasculares en México. 

4.1 Pteridophyta

4.2 Gimnospermas

4.3 Angiospermas

Tema 5. Las colecciones biológicas como herramienta para la investigación.

5.1. Introducción a la importancia y función de las colecciones biológicas (herbario y jardín botánico).

5.2. La horticultura como herramienta para estudios taxonómicos.

5.3. Estructura y organización del herbario.

? Acercar a los estudiantes a los elementos básicos, teóricos y prácticos sobre el manejo y aprovechamiento de algunos hongos. ? Proporcionar las técnicas básicas de colecta de hongos silvestres e identificación taxonómica. ? Describir las características biológicas y fisiológicas de los hongos. ? Proporcionar las bases de los métodos de aislamiento, conservación de hongos y creación de un cepario. ? Presentar los procesos metodológicos para la propagación y preparación de muestras de hongos ? Abordar los criterios para la selección y tratamiento de residuos orgánicos para el cultivo de hongos. ? Proporcionar las técnicas de inoculación y las estrategias de fructificación de hongos. ? Aportar a los estudiantes los conocimientos para el diagnóstico y control de enfermedades. ? Discutir los aspectos de propiedades de los hongos. ? Capacitar a los estudiantes sobre la aplicación de la biología molecular en la definición de especies en hongos.

El curso será coordinado por 2 profesores, e impartido por especialistas, tanto del Instituto como externos, de distintas áreas de la Micología. Cada profesor impartirá el tema asignado o parte de él, de acuerdo al programa que se presenta abajo. Cada tema se verá en uno a dos días y al menos uno de los coordinadores estará presente durante todas las sesiones, con el propósito de generar discusión entre profesor y alumnos, coadyuvando a fomentar la continuidad y cohesión de los temas tratados. Se revisará literatura propuesta y los temas del curso serán impartidos con base en ejemplos prácticos. La organización del curso será de la siguiente manera: clases formales, evaluación final de seminario por los alumnos frente a grupo, donde desarrollen alguno de los temas expuestos y examen escrito. Se hará una salida de campo en la que permitirá a los alumnos identificar las instalaciones, condiciones y prácticas de cómo cultivar hongos y manejar y usar los recursos en las diferentes etapas de un sistema productivo. 

Se podrán inscribir alumnos que estén inscrito en el Posgrado del INECOL  o de otras instituciones. Así también, profesionistas  con conocimientos afines a las carreras de Lic. en Biología, Ciencias Agropecuarias, Agronomía, Alimentos, entre otras.

El estudiante deberá tener habilidad para la comprensión de conceptos biológicos y de textos escritos en inglés sobre micologia. Así también contar con conocimientos básicos de biología y micología y nociones de trabajo de laboratorio.

El curso se evaluará con un examen escrito (25%), la presentación de un trabajo, escrito y oral, de un tema tratado durante el curso (30%). La presentación de reportes de las prácticas y salida de campo tendrá un valor de 35%, la participación en clase y discusión de artículos de 10%.

Temas del curso Sesión 1: Sistemática y taxonomía de hongos. Sesión 2: Aislamiento de Cepas, Genética y Conservación de hongos (Cepario). Sesión 3: Métodos y técnicas en biología molecular. 4:Metabolómica para búsqueda de productos naturales bioactivos de origen fúngico. Sesión 5: Enzimas lignocelulolíticas. Sesión 6: Producción de inóculo. Sesión 7: Valor nutricional de los hongos comestibles. Sesión 8: Tecnología del cultivo del champiñón. Sesión 9: Cultivo de Hongos Ectomicorrizógenos Sesión. 10 Producción de abono. Sesión 11: Tecnología del cultivo de Pleurotus. Sesión 12: Tecnología del cultivo de cuitlacoche. 13: Tecnología del cultivo de Lentinula (shiitake). Sesión 14: Cultivo de hongos tropicales. Sesión 15: Fisiología y fisicoquímica de la postcosecha de hongos. Sesión 16: Cultivo de Agaricus subrufescences. Sesión 17: Visita a planta champiñonera. Sesión 18: Discusión de artículos. Sesión 19: Exposición de tema por alumnos. Sesión 20: Examen escrito.

El estudiante conocerá la importancia de las proteínas en los organismos, conocerá sus estructuras, así como sus funciones. También entenderá los fundamentos de las técnicas básicas de estudio de las proteínas en el laboratorio, por ejemplo: a) extracción de proteínas, b) Métodos de separación de proteínas, c) herramientas bioinformáticas y d) técnicas masivas para el análisis de las proteínas, con el propósito de aplicará los conocimientos adquiridos en el laboratorio.

La evaluación se realizará bajo los siguientes criterios: asistencia, participación, revisión de artículos, trabajos para entregar, exámenes entre otros.

Los estudiantes interesados en el curso deberán tener conocimientos en el área de las ciencias biológicas. No es obligatorio pero deseable que los participantes tengan bases de bioquímica y biología molecular.

Se recomienda que los estudiantes tengan habilidades generales de laboratorio, como por ejemplo: manejo de pipetas, preparación de disoluciones.

La calificación final del curso (100 puntos) será la suma de las calificaciones de teoría y práctica Teoría- La asistencia, participación, trabajos para entregar, revisión de artículos, exámenes entre otros, tendrán un valor de 25 puntos (10 puntos por cada tema contemplado) Práctica- Los estudiantes entregarán un reporte de la parte experimental el cual tendrá un valor de 75 puntos en su calificación final.

Marco teórico: 1.- Generalidades de las proteínas (estructura y funciones) 2.- Técnicas básicas de purificación de proteínas 3.- Herramientas moleculares para la caracterización de las proteínas 4.-Métodos de análisis masivos para el estudio de las proteínas 5.- Herramientas bioinformáticas para la investigación de las proteínas 6.- Importancia de las proteínas en los procesos biológicos.

Desarrollo experimental: El Curso cuenta con sesiones de laboratorio en donde el estudiante aprenderá los métodos básicos para la extracción, separación y estudio de las proteínas presentes en la biodiversidad.

1. 1. Comprender como la interacción de las plantas con el ambiente biótico y abiótico afecta los procesos de crecimiento y distribución de las especies vegetales.

    

   2. Entender el rol de las características morfo-fisiológicas de las plantas y su asociación en el funcionamiento del ecosistema.

    

   3. Aprender a recolectar datos de las plantas creciendo en el campo con el uso de metodologías y equipos ecofisiológicos.

Cada día de clase tendrá una duración de 8 horas. Durante la primera hora se presentarán los fundamentos teóricos y bases conceptuales de cada tema. Las siguientes horas se emplearán para el desarrollo de las actividades en campo y técnicas de laboratorio. Las actividades en el campo se realizarán de manera grupal en el Santuario del Bosque de Niebla del INECOL y las del laboratorio en el Laboratorio de Posgrado.

Se abordarán cuatro unidades: 1-Medio abiótico; 2-Fotosíntesis; 3-Relaciones hídricas y 4-Análisis de diversidad funcional.

Todas las actividades prácticas se realizarán de manera grupal.

El primer día se establecerán parcelas de muestreo en el Bosque de Niebla, donde se censarán las comunidades vegetales y se caracterizarán las condiciones topográficas y climáticas. Posteriormente, las actividades prácticas se desarrollarán dentro de las parcelas establecidas.

Individualmente se generará un reporte del proyecto por la temática de la unidad.

El quinto día se estimarán parámetros de diversidad funcional de las comunidades vegetales en el Bosque de Niebla del Santuario. Los resultados de diversidad funcional y su interpretación formarán parte del proyecto final.

1. Formato de protocolo del proyecto:
   1. Título y nombre de autores.
   2. Introducción (máximo 500 palabras): describir las variables y su aplicación para entender la relación de las plantas con el microambiente.
   3. Pasos y herramientas para estimar las variables: indicar el procedimiento para estimar las variables, puede incluir imágenes, tablas, figuras, fotos.
   4. Referencias: incluir la literatura clave en formato APA.

Conocimiento básico de ecología y botánica.

Capacidad de trabajo en equipo, conocimientos básicos de análisis y gráficos de datos. Capacidad de trabajo bajo condiciones estresantes en el campo. Lectura fluida de textos en inglés.

De manera individual cada unidad será evaluada equitativamente con la entrega de un protocolo. Y como proyecto final se entregará un protocolo general que compile las 4 unidades, además de la introducción y conclusión general.

Criterio y % de Calificación

1-Protocolo de Medio abiótico. 20%

2-Protocolo Fotosíntesis. 20%

3-Protocolo Relaciones hídricas. 20%

4-Protocolo Análisis de diversidad funcional. 20%

5-Compilacion de protocolos + Introducción y Conclusión General. 20%

TOTAL 100%

1. Día 1: 1Medio físico (variables ambientales) y patrones ecológicos (composición y estructura de las comunidades).
2. Día 2: 2 Fotosíntesis: Reacciones lumínicas y en oscuridad, características funcionales relacionadas a la fotosíntesis.
3. Días 3 y 4: Relaciones hídricas: Potencial hídrico, flujo de agua a través del xilema, atributos funcionales asociados a las relaciones hídricas.
4. Día 5: Escalando del individuo a la comunidad: Análisis de atributos funcionales para describir la funcionalidad del bosque.

• Integrar y explicar los fundamentos de la filogenómica en insectos, incluyendo ortología/paralogía, árbol de genes vs árbol de especies y sesgos frecuentes.

• Gestionar bases de datos genómicos (descarga, organización y estandarización) y evaluar su calidad/completitud a partir de métricas de ensamblado y anotación.

• Construir un conjunto robusto de ortólogos y generar alineamientos curados, documentando criterios de filtrado y control de calidad.

• Inferir e interpretar hipótesis evolutivas a partir de evidencia multi-locus: filogenias por máxima verosimilitud con soporte, estimaciones comparativas de divergencia (dN/dS) y análisis de selección.

• Documentar el análisis como un pipeline reproducible que permita replicar la lógica de estudios publicados y facilitar su reutilización en nuevos pares de especies.

• Docencia en modalidad híbrida: Los profesores impartiran tanto teoría como práctica. Las sesiones combinan exposición conceptual breve, demostración guiada, ejecución en servidor y discusión de interpretación.
• Aprendizaje basado en problemas: cada unidad responde una pregunta concreta.
• Práctica guiada tipo live coding y depuración de errores reales.
• Uso eficiente de recursos: paralelización responsable en servidor compartido  con monitoreo y límites acordados por equipo.

• Biología evolutiva básica (mutación, selección, deriva génica).
• Conceptos básicos de secuencias y anotación (FASTA; nociones de genes/proteínas).
• Competencias digitales generales para manejo de archivos y trabajo colaborativo.
• Deseable: nociones iniciales de línea de comandos (o disposición a adquirirlas en los primeros dos días).

• Lectura de literatura científica y extracción de flujo lógico de métodos.
• Capacidad de seguir protocolos técnicos y documentar procedimientos con precisión.
• Trabajo en equipo, comunicación efectiva y responsabilidad en entornos compartidos.

• Exámenes cortos (de 10–12 min; Días 3, 6, 7 y 9) — 20%
• Proyecto final (pipeline reproducible + reporte técnico + defensa breve) — 80% 

1. Introducción a la línea de comandos: uso básico de la línea de comandos en Linux y del entorno de trabajo en R/Python para manejar archivos, ejecutar análisis y organizar resultados.

    

2. Panorama de la filogenómica: qué preguntas responde y cómo interpretar la diferencia entre árboles de genes y árboles de especies.

    

3. Genomas de insectos en contexto: qué representa un ensamble y una anotación, cómo evaluar su calidad y completitud, y cuáles son los sesgos típicos que afectan análisis comparativos.

    

4. Ortología para comparar especies: cómo identificar ortogrupos y single-copy orthologs (SCO) y por qué isoformas y duplicaciones pueden cambiar las conclusiones si no se controlan.

    

5. Alineamientos y curación: construir alineamientos de proteína o codón, aplicar recorte cuando sea necesario y asegurar un control de calidad que evite señales falsas.

    

6. Construcción de filogenias por concatenación: cómo pasar de múltiples genes a una inferencia conjunta usando modelos, particionado y medidas de soporte para evaluar qué tan confiable es la filogenia.

    

7. Divergencia molecular (dN/dS): supuestos del enfoque, qué significa saturación, y qué filtros ayudan a obtener comparaciones más defendibles.

    

8. Perspectiva de “genoma completo”: interpretar resultados considerando el contexto genómico (cromosomas, sintenia y reordenamientos) cuando la información esté disponible.

    

9. Selección positiva como hipótesis: introducción a modelos branch-site y a la lógica de pruebas múltiples, con énfasis en interpretación correcta.

Módulo 1. Definiciones y conceptos fundamentales

Comprender y aplicar conceptos clave sobre recursos naturales y reservas; materias primas primarias y secundarias, y minería tradicional y urbana.

Módulo 2. Uso sostenible de los recursos

Evaluar las tendencias de extracción, consumo y generación de residuos, vinculándolas con el ODS 12, y los impactos ambientales con énfasis en el uso sostenible de recursos.

Módulo 3. Introducción a la economía circular

Analizar el paso del modelo lineal al modelo circular considerando sus etapas clave las políticas internacionales y estrategias emergentes en América Latina.

Módulo 4. Economía circular en zonas costeras y marinas

Aplicar principios de economía circular en sistemas costeros y marinos, integrando ODS, seguridad socioambiental, soluciones basadas en la naturaleza y turismo sostenible.

Este es un curso intensivo en modalidad híbrida, que incluye sesiones en línea y presenciales. Tiene una duración de dos semanas, lo que da un total de 6 créditos.

El desarrollo del curso sigue un enfoque activo y participativo conocido como "Marco conversacional de aprendizaje" que incluye diferentes tipos de actividades:

1. Adquisición de conocimientos.- Clases teóricas con conocimientos básicos sobre los diferentes temas que se van a abordar.
2. Práctica.- Ejercicios diversos para aplicar y reflexionar sobre los conocimientos adquiridos.
3. Producción.- Producción de evidencias (como infografías, videos cortos, podcasts, artículos de divulgación) sobre el conocimiento adquirido.
4. Discusión.- Análisis de algún problema de la zona costera y propuesta de posibles soluciones. Se discutirá un tema que elegirá el grupo.
5. Indagación.- Búsqueda de información sobre los diversos temas analizados y discusión en clase.

Conocimiento básico (nivel licenciatura) o interés sobre temas ambientales o de la zona costera (biología, ecología, ingenieros ambientales, ingenieros costeros, geomorfólogos, etc).

Conocimiento básico de inglés para la lectura de documentos.

Se avaluarán diferentes actividades, según los siguientes criterios y tipos de aprendizaje.

1. Adquisición de conocimientos.- Cuestionario a contestar en salón (20%).
2. Práctica.- Capacidad de resolver los ejercicios expuestos en clase (20%).
3. Producción de información.- Calidad de la información y creatividad (20%).
4. Discusión.- Calidad de la discusión e información aportada (20%).
5. Indagación.- Calidad de la información obtenida y el análisis y síntesis realizado (20%). 

Módulo 1: Definiciones y conceptos fundamentales

• Clasificación de los recursos naturales, distribución de recursos, recursos y reservas
• Materias primas primarias y secundarias
• Minería tradicional y minería urbana; procesamiento de minerales y tratamiento/procesamiento de residuos
• Recursos clave dentro de las “minas urbanas”
• Materias primas críticas (CRMs) identificadas a nivel global (UE, EE. UU., etc.), principales productores mundiales y su papel estratégico en las transiciones ecológica y digital

Módulo 2: Uso sostenible de los recursos

• Agenda 2030 de las Naciones Unidas y el ODS 12 “Producción y consumo responsables”
• Tendencias de extracción y consumo de materias primas a escala global y regional
• Impactos ambientales de la extracción y producción de materias primas
• Generación de residuos, composición y métodos de tratamiento a escala global y regional
• Correlación entre consumo de materias primas, producción de residuos, crecimiento poblacional y urbanización
• El concepto de desacoplamiento: hacer más con menos y la transición hacia un uso eficiente de los recursos

Módulo 3: Introducción a la economía circular

• Del modelo lineal al modelo circular: conceptos y definiciones
• Análisis de los pasos clave en la cadena de economía circular: materias primas, diseño, producción, distribución, consumo y recuperación de recursos al final de la vida útil
• Tasa de uso circular de materiales (CMU)
• Cierre del ciclo: reciclaje de materiales
• Políticas de economía circular: Plan de Acción de Economía Circular de la UE y el Pacto Verde Europeo, estrategias regionales en América Latina (México, Colombia, etc.)

Módulo 4: Economía circular en zonas costeras y marinas

• Economía circular y Objetivos de Desarrollo Sostenible en zonas costeras y marinas
• Economía circular y seguridad/protección social y ambiental
• Economía circular y Soluciones Basadas en la Naturaleza para la adaptación al cambio climático
• Economía circular y turismo en la costa

• Conocer las diferentes técnicas de colecta y preservación de los especímenes botánicos y entomológicos que garanticen muestras representativas de las especies y su preservación a largo plazo.
• Conocer e implementar el estándar para datos de Biodiversidad Darwin Core (Núcleo Darwin, por su nombre en español) para la sistematización e integración de la información asociada a muestreo de biodiversidad y registros resguardados en colecciones biológicas (ej. Metadatos y datos de etiqueta de colecta).
• Conocer el protocolo general para la movilización de diferentes tipos de conjuntos de datos de biodiversidad a través de plataforma de acceso público, GBIF.
• Revisar herramientas de código abierto (lenguaje R) para la descarga y gestión masiva de Big data de biodiversidad.
• Promover mecanismos de ciencia abierta a través de uso de plataformas como Naturalista o publicaciones de datos (ej. Data papers).

Sesiones teórica -prácticas. El curso se desarrollará bajo una modalidad mixta que alternará según el tema, sesiones teóricas y conferencias magistrales entre las 9 y 14 hrs, y la parte práctica de 14 a 17 hrs donde se realizarán ejercicios o actividades de colección según el tema tratado. Es indispensable que cada estudiante tenga su propia laptop.

Salidas de campo. Se realizarán 2 salidas de campo para la colecta de plantas e insectos en dos localidades peri-urbanas de la ciudad de Pátzcuaro (Cerro El Estribo Grande y Cerro Blanco). Durante esta salida se pondrán en práctica métodos básicos de colecta y registros de información en campo para inventarios biológicos. También se implementará un protocolo para el registro de fotografías que puedan ser cargadas, compartidas y útiles para la plataforma Naturalista.mx, con extensión de uso al proyecto compilatorio (Xictoli data: abejas mexicanas y sus flores)

Trabajo en colección. Los especímenes colectados serán ingresados formalmente al herbario del Centro Regional del Bajío (IEB) y a la colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM). El trabajo en ambas colecciones se concentrará en la implementación de los protocolos de curaduría para el procesamiento, sistematización y determinación taxonómica general de los especímenes (Ej., herborización, montaje -botánico y entomológico, y etiquetado).

Aviso importante: Sí alguno de los estudiantes tiene algún conjunto de datos propio (Ej., lista de especies o registros de ocurrencias) que quiera integrar y movilizar en GBIF es bienvenido. Obviamente los créditos del conjunto de datos son de sus autores del set de datos, no de los instructores del curso.

Conocimientos básicos de botánica, entomología e informática. Nivel medio en manejo de hojas de cálculo tipo Excel, lenguaje de programación en R (necesario, pero no indispensable), SIG, y en uso de repositorios públicos (Ej., GitHub, Zenobo, necesario, pero no indispensable).

Las personas asistentes al curso deben tener gusto por el trabajo de campo y de gabinete. De preferencia debe ser meticulosas en la sistematización de los especímenes y la información recabada de éstos. Debe tener paciencia y cuidado durante la estandarización de la información. Disposición para realizar trabajo en equipo.

Entrega e incorporación de 20 especímenes botánicos al herbario IEB y su información digitalizada (30%), entrega e incorporación de 50 especímenes a la colección entomológica CECOM y su información digitalizada (30%), entrega de un borrador de un manuscrito de Datos o Data Paper siguiendo las pautas para la carga y movilización de datos a través del IPT-INECOL Bajío (https://www.gbif.org/publisher/f6faa566-47f0-41c9-8056-5d715cae7c23)   en modo de prueba y presentación en mini seminario (30%) y participación en clase (10%).

Tema 1. Introducción a las colecciones biológicas y plataformas de “ciencia ciudadana” como fuentes de información para el Big Data Biológico.

• Colecciones y sus repositorios.
• Panorama de la cantidad de datos generados a escala global y nacional.

Tema 2. Colecta y preservación de especímenes entomológicos.

• ¿Qué es una colección entomológica? Conozcamos la Colección Entomológica del Centro Occidente Mexicano (CECOM-INECOL Bajío).
• Técnicas de colecta y preservación de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de especímenes.
• Toma de fotografías y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 3. Colecta y herborización de ejemplares botánicos.

• ¿Qué es un herbario? Conozcamos el herbario del Instituto de Ecología del Centro Regional del Bajío (IEB).
• Técnicas de colecta, prensado y secado de ejemplares.
• Recopilación de información biológica y geográfica de los ejemplares colectados.
• Montaje de ejemplares.
• Escaneo y digitalización de los ejemplares.
• Sistematización.

Tema 4. Acceso abierto a datos sobre biodiversidad.

• Repositorios públicos de datos biológicos: Global Biodiversity Facility Infrastructure (GBIF), Catalogue of Life (COL), eBird e iNaturalist.
• ¿Qué significa ser de acceso abierto? Tipos de licenciamiento.
• Otros repositorios públicos: Zenodo, Dryad y Github.

Tema 5. Ciencia Ciudadana Naturalista.

• Naturalista: ¿qué es? y ¿cómo reusar sus datos?
• Tipos de proyecto.
• Campos de observación: tipos y asignación de atributos.
• Uso de Inteligencia artificial en la detección de imágenes particulares.
• Descarga de conjuntos de datos.
• Proyecto Xicotli Data: abejas mexicanas y sus flores.

Tema 6. Estándares de intercambio de información sobre Biodiversidad.

• ¿Qué es TDWG?
• El estándar Darwin Core y qué tipo de información cubre.
• Plinian Core y qué problema resuelve.

Tema 7. Publicando datos en GBIF.

• Entendiendo los datos que se publican en GBIF y su licenciamiento.
• Cómo preparo mi información para publicarla.
• Herramientas útiles para la preparación de los datos.
• Qué se entiende por calidad de los datos y qué tengo que observar.

Tema 8. Artículos científicos de datos: Data Papers.

• ¿Qué observar al momento de publicar un Data Paper?
• Estructura de un Data Paper.
• Dónde alojo los datos para mi Data Paper.
• Algunas revistas dónde publicar mi Data Paper.