- Inicia: 14/10/2024 Finaliza: 25/10/2024
- Modalidad: Presencial
- Horario de clases: Cinco horas de clase diarias (L-V;09:00 am-14:00), durante dos semanas
- Estudiantes mínimo: 4 máximo: 15
- Costo: $1,500
- Creditos: 5
- Horas: 50
- Nota:
- Coordinadores:
Dra. Itzi Fragoso Martínez
Dra. Viridiana Vega Badillo - Profesores invitados:
Dra. Patricia Rivera Pérez
Dr. Saddan Morales Saldaña
Dr. Andrés Ramírez Ponce
M. en C. Emmanuel Martínez Ambriz
Las filogenias permiten conocer las relaciones entre los organismos, pero también proveen un punto de partida para estudiar a los grupos biológicos desde las perspectivas comparativa y macroevolutiva. Por ello, la codificación de caracteres y reconstrucción filogenética deben llevarse a cabo de manera cuidadosa e informada. Este curso pretende guiar a los estudiantes desde el planteamiento de hipótesis de homología hasta la obtención de filogenias por distintos métodos.
Que los participantes adquieran las bases teóricas y prácticas para la reconstrucción de hipótesis filogenéticas con datos morfológicos y moleculares, empleando distintos métodos de optimalidad.
- Aprender a establecer hipótesis de homología primaria.
- Conocer las distintas fuentes de evidencia para la reconstrucción de hipótesis filogenéticas.
- Identificar e interpretar las hipótesis filogenéticas y sus estadísticos asociados.
- Aprender las bases teóricas de los métodos paramétricos y no paramétricos para el análisis filogenético, utilizando herramientas computacionales de acceso libre y/o disponibles en línea.
- Conocer y aplicar métodos de optimización de caracteres.
El curso consta de sesiones teóricas breves seguidas de sesiones prácticas en programas de acceso libre y plataformas gratuitas en línea. Habrá discusión de artículos sobre temas relacionados y estudios de caso sobre los diferentes métodos. Los alumnos desarrollarán un proyecto final empleado los métodos vistos en clase y datos propios o descargados de algún repositorio.
Conocimientos básicos de biología y taxonomía.
Nociones básicas de sistemática y taxonomía.
Exámenes (30%); prácticas y ejercicios (30%); exposiciones por parte de los alumnos (10%); proyecto final (30%).
Tema 1. Introducción y conceptos básicos. 1.1. Taxonomía, Sistemática, Código internacional de nomenclatura botánico y zoológico. 1.2. Conceptos básicos. 1.3. Escuelas (Evolutiva, Fenética y Cladística). 1.4. Homología y Homoplasia.
Tema 2. Diseño de muestreo. 2.1. Muestreo taxonómico: Grupo interno y grupo externo. 2.2. Caracteres morfológicos, codificación y construcción de matrices. 2.3. Caracteres moleculares y alineamientos. 2.4. Modelos de sustitución de nucleótidos.
Tema 3. Reconstrucción de hipótesis filogenéticas basadas en parsimonia. 3.1. Aspectos teóricos de la reconstrucción filogenética. 3.3. Inferencia filogenética no paramétrica: Parsimonia. 3.4. Pesaje de caracteres. 3.5. Tipos de árboles y estadísticas asociadas. 3.6. Medidas de soporte. 3.7. Optimización de caracteres con métodos no paramétricos. 3.8. Morfometría geométrica como evidencia integrada en un análisis filogenético. 3.9. Análisis de evidencia total.
Tema 4. Reconstrucción de hipótesis filogenéticas basadas en métodos paramétricos. 4.1. Establecimiento de particiones. 4.2. Bases teóricas y prácticas de la inferencia filogenética basada en Máxima verosimilitud. 4.3. Bases teóricas y prácticas de la inferencia Bayesiana. 4.4. Optimización de caracteres con métodos paramétricos. 4.6. Introducción a la reconstrucción filogenética basada en datos masivos. 4.7. Métodos basados en coalescencia.