Genómica de la conservación: conceptos, herramientas y aplicaciones-Sede en Pátzcuaro
Genómica de la conservación: conceptos, herramientas y aplicaciones-Sede en Pátzcuaro

  • Inicia: 23/03/2020    Finaliza: 03/04/2020
  • Horario de clases: lunes a viernes de 9:00 a 14:00 y de 15:00 a 17:00
  • Estudiantes mínimo: 4    máximo: 20
  • Costo: $3,000
  • Creditos: 8
  • Horas: 80
  • Coordinadores: Gustavo Pablo Lorenzana Piña
    Yessica Rico Mancebo del Castillo
  • Profesores invitados:

La biología de la conservación es una ciencia de reacción ante las crecientes amenazas antrópicas a la biodiversidad global. La magnitud de la problemática ambiental implica que la toma de decisiones debe realizarse de forma acelerada para tratar de salvaguardar poblaciones vulnerables y especies en inminente riesgo de extinción. Las técnicas genéticas constituyen una valiosa herramienta con gran potencial para abordar ese reto de manera efectiva mediante la evaluación de la diversidad y flujo genético, la estructura y tamaño efectivo de las poblaciones y el esclarecimiento de unidades taxonómicas y zonas de hibridación, entre otras cuestiones. Sin embargo, el avance tecnológico y la proliferación de métodos analíticos tornan necesario el contar con sólidas bases teórico-prácticas y un enfoque multidisciplinario. Este curso tiene como finalidad que el alumno (1) conozca el estado actual, alcances y limitaciones de la genómica aplicada al estudio y conservación de la vida silvestre; (2) desarrolle habilidades que le permitan diseñar estudios en función de objetivos, hipótesis y recursos financieros y logísticos disponibles, e (3) interprete sólidamente datos genómicos , que permitan una planificación eficiente de estrategias de manejo y conservación.

  • Desarrollar habilidades teórico-prácticas en el campo de la genómica aplicada al estudio, manejo y conservación de la vida silvestre.
  • Abordar los conceptos fundamentales y las bases teóricas de la genómica de la conservación.
  • Reconocer el papel preponderante de la genómica en el contexto de la biología de la conservación.
  • Adentrarse en el uso de herramientas y análisis bioinformáticos de datos genómicos.
  • Capacitarse en la aplicación de técnicas genómicas para la identificación, descripción y abordaje de problemas pertinentes a la conservación de vida silvestre.

El curso contempla sesiones teóricas durante la primera sesión (9:00-11:00) y prácticas durante la segunda sesión (11:30-14:00; 15:00-17:00). Cada tópico se abordará mediante la introducción y discusión de fundamentos y conceptos básicos usando literatura especializada reciente. Posteriormente los alumnos se desarrollarán ejercicios prácticos con datos genómicos empíricos y simulados, utilizando programas informáticos de distribución libre en Linux (Stacks, VCFtools, ngsTools, moments, PSMC), paqueterías de R (diveRsity, vcfR, PopGenome) y servidores en línea (Galaxy). La evaluación final se realizará de forma individual considerando la participación en clase, a partir de la entrega de un reportes de los ejercicios hechos en clase, así como la elaboración y presentación de un anteproyecto de investigación empleando las herramientas abordadas durante el curso.

  • Cada alumno deberá contar con su propia computadora portátil para desarrollar los ejercicios prácticos del curso.
  • Conocimientos básicos de genética y bioestadística.
  • Recomendable nociones de R y Linux.
  • Asistencia y participación 10%
  • Reporte de tres ejercicios prácticos 60%
  • Anteproyecto: entrega 20% y exposición 10%

Sesiones teóricas:

  • Marco conceptual de la genómica en el contexto de la biología de la conservación (Día 1).
  • El problema de las poblaciones pequeñas: deriva génica, cuellos de botella poblacionales, depresión endogámica y pérdida de variabilidad adaptativa (Días 2-3).
  • Demografía y genética: unidades de conservación, historia demográfica, tamaño poblacional efectivo, meta-poblaciones, hibridación e introgresión (Días 4-5).
  • Adaptación local y selección natural: separando las señales de diversidad en regiones genómicas específicas con respecto a la diversidad genómica de fondo (Días 6-8).
  • Estrategias de manejo: reproducción asistida, reintroducciones y translocaciones, monitoreo genético (Día 9).

Sesiones prácticas de análisis bioinformáticos:

  • Procesamiento desde secuencias cortas hasta genomas completos (Día 1-8).
  • Procesamiento de secuencias cortas (‘raw reads’): ‘demultiplexado’ y control de calidad, alineación y mapeado, identificación y filtraje de polimorfismos de nucleótido simple (SNP) (Día 1-8).
  • Análisis de diversidad y estructura poblacional, espectro de frecuencias alélicas y análisis demográficos, bloques de homocigosidad a lo largo de cromosomas y genomas, análisis de diferenciación genética basados en ‘outliers’, análisis de asociación genética con el ambiente (Día 1-8).
  • Discusión grupal y resolución de dudas puntuales para proyectos individuales (Día 9).
  • Presentación oral de proyectos individuales (Día 10).