La biotecnología de hongos es el área del conocimiento dedicada a determinar las condiciones adecuadas para la propagación masiva, bajo condiciones controladas, de especies de interés económico y ambiental, entre otros. En México el primer hongo cultivado fue el champiñón (Agaricus bisporus), posteriormente hubo la producción de setas (Pleurotus) y shiitake (Lentinula edodes). Actualmente el país ocupa el lugar 20 en producción mundial de hongos comestibles, y el primero en Latinoamérica con casi el 60% de la producción total. Así el cultivo de hongos comestibles ha tenido dos vertientes principales: la industrial o privada, y la rural-empresarial emprendida por distintos grupos de campesinos. Actualmente existen poco más de 10 grandes empresas productoras de hongos comestibles, y distintas organizaciones integradas por pequeños inversionistas en diferentes regiones del país. Por otra parte, los hongos comestibles silvestres representan una fuente importante de material genético para el sector productivo de los hongos cultivados, pues al estar fisiológicamente adaptados a determinados sustratos y condiciones ambientales, pueden proporcionar variación genética suficiente para realizar estudios de aislamiento de las cepas y determinación de los parámetros óptimos de germinación y desarrollo de las fructificaciones, con la finalidad de seleccionar material genético que presente características deseables para la industria del cultivo. Por ello, la producción de hongos comestibles depende en gran parte de la disponibilidad de material genético silvestre y de su adecuada preservación. Así también México es un país productor de gran cantidad de residuos orgánicos. Tan sólo en el año 2004 se generaron más de 70 mil toneladas de residuos lignocelulósicos como resultado de la utilización de los recursos naturales, mediante la agricultura, la ganadería y los productos forestales. De este volumen producido, se calcula que un 70% es desperdiciado y desechado de manera incorrecta en el ambiente. Los residuos lignocelulósicos, como su nombre lo indica, contienen altos porcentajes de lignocelulosa, una molécula compleja de difícil degradación microbiana. El mayor beneficio ecológico de los hongos comestibles es que son degradadores naturales de la lignocelulosa y otros compuestos recalcitrantes, proceso que logran mediante la secreción de diversas enzimas hidrolíticas y oxidativas durante sus ciclos de cultivo. Por lo tanto, con el cultivo de hongos comestibles no sólo se obtienen fructificaciones para consumo directo, sino además, se genera una material residual que puede ser aplicado como fertilizante. La actual producción rural y comercial de hongos comestibles utiliza más de 670 mil toneladas de residuos, con lo que se generan ~300 mil toneladas de abono orgánico. La mayoría de los residuos orgánicos son potencialmente adecuados como sustratos para el cultivo de hongos. Entre estos desechos cabe destacar, por los volúmenes anualmente producidos, el bagazo de caña de azúcar, la pulpa de café, el rastrojo de maíz, las pajas de gramíneas, entre otros. Además, el aserrío de la madera y su comercialización, proporciona volúmenes de residuos forestales ideales para su aprovechamiento en el cultivo de especies hongos comestibles con mayor demanda de lignina en el sustrato. Finalmente, el creciente interés en la biotecnología de hongos comestibles se debe en gran parte, además del consumo ancestral en diversas civilizaciones, a que actualmente están considerados como un alimento con apreciable contenido proteico, ya que tienen todos los aminoácidos esenciales, y son especialmente ricos en licina y leucina. En general se acepta que la dieta de una tercera parte de la población mundial es deficiente en proteínas y, por esta razón son diversos los grupos de investigación que han venido desarrollando una gran cantidad de trabajos encaminados a la búsqueda de alternativas alimenticias capaces de revertir esta situación.