Las plantas interaccionan con una gran diversidad de microorganismos como bacterias y hongos que se encuentran asociados a la rizósfera, filósfera y endosfera regulando diversos procesos en el crecimiento y desarrollo de las plantas, y por su parte, los microorganismos modulan su crecimiento en respuesta a las señales químicas producidas por las plantas. El estudio de estas interacciones involucra la participación de diversas disciplinas como microbiología, bioquímica, fisiología vegetal, biología celular y molecular, bioinformática y microscopía que mediante el uso de diversas herramientas y metodologías, como uso de modelos de estudio de plantas y microorganismos, han permitido entender las bases moleculares de las interacciones entre plantas-microorganismos y el desarrollo de estrategias biotecnológicas en aras de mejorar la productividad y sostenibilidad de los cultivos.

Brindar a los estudiantes herramientas metodológicas y técnicas en el laboratorio para el estudio de las interacciones planta-microorganismos.

-Que el estudiante aprenda diversos técnicas para realizar el aislamiento, caracterización microbiológica e identificación de microorganismos.

-Que el estudiante conozca diversas herramientas y técnicas biología molecular y celular en el estudio del desarrollo de las plantas.

El curso práctico se llevará a cabo mediante el desarrollo de diversas prácticas de laboratorio donde el estudiante desarrolle las habilidades en el uso de técnicas en las áreas de microbiología, biología celular y molecular de plantas.

Se recomienda que el estudiante tenga una preparación básica en microbiología, biología celular, biología molecular y fisiología vegetal.

Conocimiento básico de reglas y medidas de seguridad de trabajo en el laboratorio, cultivo de microorganismos in vitro, preparación y formulación de medios de cultivo, técnicas de biología molecular en la caracterización de microorganismos.

Aspectos teóricos 10%, Campo y Laboratorio 70%, Reporte de prácticas de laboratorio 20%.

1. Aspectos teóricos del estudio de las interacciones planta-microorganismo (8 horas)
2. Colecta de material biológico en campo. Técnicas de colecta de campo para el aislamiento de bacterias y hongos microscópicos. Técnicas de preservación de muestras biológicas para su traslado al laboratorio. (12 horas)
   
3. Aislamiento, caracterización microbiológica e identificación molecular de bacterias asociadas. Métodos de cultivo para el aislamiento de bacterias, caracterización microbiológica, Tinción Gram, métodos de cultivos y obtención de cultivos puros, métodos de preservación de aislados bacterianos, curvas de crecimiento bacteriano. Extracción de ADN bacteriano y amplificación por PCR y diseño de oligonucleótidos. Evaluación de la integridad y calidad del ADN mediante geles de agarosa y expectrofotometría. Análisis bioinformático de las secuencias de gen ARN ribosomal 16s para la identificación molecular de bacterias. Construcción de árboles filogenéticos. (40 horas) 
4. Aislamiento, caracterización microbiológica e identificación molecular de hongos fitopatógenos. Medios de cultivo para el aislamiento de hongos fitopatógenos de tejido vegetal. Preparaciones para microscopía de campo claro, métodos de aislamiento y obtención de cultivos puros. Métodos de preservación de cepas fúngicas, viabilidad y cuantificación de esporas. Extracción de ADN y amplificación de diferentes marcadores moleculares para asignación taxonómica. Análisis y edición de secuencias y construcción de árboles filogenéticos. (40 horas)
   
5. Herramientas y técnicas en el estudio de interacciones de planta-microorganismo. Preparación de medios de cultivo y preparación de material vegetal para su germinación y cultivo in vitro. Ensayos de evaluación planta-microorganismo. Evaluación de variables de crecimiento. Cuantificación de clorofila y antocianinas. Análisis de la expresión de genes relacionados en respuesta a diversas fitohormonas y nutrición vegetal. Fijación de material biológico para su análisis por microscopía óptica. Herramientas de imagenología para la evaluación de variables de crecimiento. (50 horas)
   
6. Herramientas de microscopía en el estudio de interacciones planta-microorganismo. Análisis de la expresión de genes relacionados con respuesta de defensa y desarrollo en las plantas durante la interacción con microorganismos mediante el uso de microscopía confocal. (10 horas)