Taxonomía integrativa y delimitación de especies en helmintos parásitos

  • Inicia: 04/03/2024    Finaliza: 15/03/2024
  • Horario de clases: Lunes a viernes de 10:00 a 18:00, una hora para comer.
  • Estudiantes mínimo: 4    máximo: 20
  • Costo: $2,700
  • Creditos: 7
  • Horas: 70
  • Nota:
  • Coordinadores: Carlos Daniel Pinacho Pinacho
  • Profesores invitados: Gerardo Pérez Ponce de León
    Miguel Rubio Godoy
    Ismael Guzmán Valdivieso
    Oscar Méndez
    Miguel Calixto Rojas
    Martín García Varela
    Jorge Guillermo Chollet Villalpando

Presentación

Los parásitos son un componente importante de la biodiversidad mundial y son de los organismos más exitosos en el planeta por sus diferentes estrategias de vida. Se reconoce que los parásitos son una fuerza evolutiva y parte integral y reguladores de los ecosistemas, pero no siempre quedan claros los estimados del número total de especies, ni las herramientas necesarias para una robusta delimitación. Los avances en taxonomía integrativa y las diferentes propuestas de delimitación de especies con datos moleculares, permiten estimados más robustos de la diversidad de especies de parásitos. También es bien sabido que los diferentes enfoques de delimitación de especies con datos moleculares son poco usados en los estudios taxonómicos de estos organismos. Este curso está diseñado para conocer y explorar la terminología básica de taxonomía integrativa, usando diferentes enfoques de delimitación de especies con datos moleculares, morfológicos y ecológicos.

Objetivo

El objetivo del curso es el de dotar al estudiante de las herramientas básicas de la taxonomía integrativa para manejar e implementar información de datos moleculares, morfológicos y ecológicos en el estudio de gusanos parásitos.

Objetivos específicos

1) Entender la terminología de taxonomía integrativa y sus aplicaciones. 2) Entender los diferentes algoritmos para estimar un árbol filogenético. 3) Aplicar diferentes herramientas para la delimitación de especies con datos moleculares. 4) Reconocer diferentes herramientas para estudios morfológicos y ecológicos en la delimitación de especies de helmintos parásitos.

Metodología

Es un curso teórico-práctico. En cada sesión teórica se discutirán los fundamentos con base en lecturas de artículos científicos. Después, en cada sesión práctica, se implementarán diferentes algoritmos y se discutirán los resultados para su interpretación.

Prerrequisitos del curso

Contar con un equipo portátil de cómputo con conexión a red inalámbrica.

Habilidades y destrezas

Capacidad de pensamiento crítico, trabajo por cuenta propia y destrezas básicas para el trabajo por computadora.

Criterios de calificación

Asistencia y participación 20%; control de lecturas 20%; ejercicios prácticos 20%; trabajo final 40%.

Contenido temático

1) helmintos parásitos. 2) introducción a la taxonomía integrativa. 3) características generales de los datos moleculares: ADN; genes codificantes y no codificantes; nucleótidos; codones, aminoácidos; tipos de sustituciones; homología de datos moleculares; genómica en gusanos parásitos. 4) métodos de reconstrucción filogenética: parsimonia; máxima verosimilitud; inferencia bayesiana. 5) delimitación de especies con datos moleculares: taxonomía numérica; taxonomía molecular; DNA barcoding; Multispecies coalescent (MSC); Machine learning; ABGD (Automated Barcode Gap Discovery); GMYC (General Mixed Yule Coalescent); PTP (Poisson Tree Process); Bayesian Phylogenetics and Phylogeography (BPP); Bayes factor; Phylogeographic Inference Using Approximate Likelihoods (PHRAPL); delimitación de especies con datos genómicos; delimitación de especies con introgresión (Msci). 6) datos morfológicos: obtención de datos morfométricos en gusanos parásitos; análisis de varianza (ANOVA, MANOVA); análisis de componentes principales (PCA); análisis discriminante (DFA); morfometría geométrica; identificación taxonómica automatizada. 7) datos ecológicos: GBIF; modelos de nicho ecológico en gusanos parásitos; conservadurismo/divergencia de nicho; análisis de K-medias; modelos de nicho en organismos de vida libre vs. parásitos. 8) unificando la taxonomía integrativa; la taxonomía es integrativa, no minimalista.