Las filogenias permiten conocer las relaciones entre los organismos, pero también proveen un punto de partida para estudiar a los grupos biológicos desde las perspectivas comparativa y macroevolutiva. Por ello, la codificación de caracteres y reconstrucción filogenética deben llevarse a cabo de manera cuidadosa e informada. Este curso pretende guiar a los estudiantes desde el planteamiento de hipótesis de homología hasta la obtención de filogenias por distintos métodos.
Que los participantes adquieran las bases teóricas y prácticas para la reconstrucción de hipótesis filogenéticas con datos morfológicos y moleculares, empleando distintos métodos de optimalidad.
El curso consta de sesiones teóricas breves seguidas de sesiones prácticas en programas de acceso libre y plataformas gratuitas en línea. Habrá discusión de artículos sobre temas relacionados y estudios de caso sobre los diferentes métodos. Los alumnos desarrollarán un proyecto final empleado los métodos vistos en clase y datos propios o descargados de algún repositorio.
Conocimientos básicos de biología y taxonomía.
Nociones básicas de sistemática y taxonomía.
Exámenes (30%); prácticas y ejercicios (30%); exposiciones por parte de los alumnos (10%); proyecto final (30%).
Tema 1. Introducción y conceptos básicos. 1.1. Taxonomía, Sistemática, Código internacional de nomenclatura botánico y zoológico. 1.2. Escuelas (Evolutiva, Fenética y Cladística). 1.3. Homología y Homoplasia.
Tema 2. Tipos de caracteres empleados en la reconstrucción filogenética. 2.1 Caracteres morfológicos, codificación y construcción de matrices. 2.2. Caracteres moleculares y alineamientos. 2.3. Herramientas para el alineamiento de secuencias. 2.4. Modelos de sustitución de nucleótidos. 2.5. Establecimiento de particiones.
Tema 3. Reconstrucción de hipótesis filogenéticas. 3.1. Aspectos teóricos de la reconstrucción filogenética. 3.2. Muestreo taxonómico: Grupo interno y grupo externo. 3.3. Inferencia filogenética no paramétrica: Parsimonia. 3.4. Tipos de árboles y estadísticas asociadas. 3.5. Inferencia filogenética paramétrica: Bases teóricas y prácticas de la inferencia filogenética basada en Máxima verosimilitud. 3.6. Bases teóricas y prácticas de la inferencia Bayesiana. 3.7. Exportación, visualización, manipulación y edición de árboles.
Tema 4. Análisis filogenéticos de evidencia total y optimización de caracteres. 4.1. Morfometría geométrica como evidencia integrada en un análisis filogenético. 4.2. Métodos para concatenar matrices. 4.3. Establecimiento de particiones de distintas fuentes de evidencia. 4.4. Análisis de evidencia total. 4.5. Optimización de caracteres con métodos paramétricos y no paramétricos. 4.6. Introducción a la reconstrucción filogenética basada en datos masivos.