La biología de la conservación es una ciencia de reacción ante las crecientes amenazas antrópicas a la biodiversidad global. La magnitud de la problemática ambiental implica que la toma de decisiones debe realizarse de forma acelerada para tratar de salvaguardar poblaciones vulnerables y especies en inminente riesgo de extinción. Las técnicas genéticas constituyen una valiosa herramienta con gran potencial para abordar ese reto de manera efectiva mediante la evaluación de la diversidad y flujo genético, la estructura y tamaño efectivo de las poblaciones y el esclarecimiento de unidades taxonómicas y zonas de hibridación, entre otras cuestiones. Sin embargo, el avance tecnológico y la proliferación de métodos analíticos tornan necesario el contar con sólidas bases teórico-prácticas y un enfoque multidisciplinario. Este curso tiene como finalidad que el alumno (1) conozca el estado actual, alcances y limitaciones de la genómica aplicada al estudio y conservación de la vida silvestre; (2) desarrolle habilidades que le permitan diseñar estudios en función de objetivos, hipótesis y recursos financieros y logísticos disponibles, e (3) interprete sólidamente datos genómicos , que permitan una planificación eficiente de estrategias de manejo y conservación.
El curso contempla sesiones teóricas durante la primera sesión (9:00-11:00) y prácticas durante la segunda sesión (11:30-14:00; 15:00-17:00). Cada tópico se abordará mediante la introducción y discusión de fundamentos y conceptos básicos usando literatura especializada reciente. Posteriormente los alumnos se desarrollarán ejercicios prácticos con datos genómicos empíricos y simulados, utilizando programas informáticos de distribución libre en Linux (Stacks, VCFtools, ngsTools, moments, PSMC), paqueterías de R (diveRsity, vcfR, PopGenome) y servidores en línea (Galaxy). La evaluación final se realizará de forma individual considerando la participación en clase, a partir de la entrega de un reportes de los ejercicios hechos en clase, así como la elaboración y presentación de un anteproyecto de investigación empleando las herramientas abordadas durante el curso.
Sesiones teóricas:
Sesiones prácticas de análisis bioinformáticos: