Introducción a la línea de comandos: uso básico de la línea de comandos en Linux y del entorno de trabajo en R/Python para manejar archivos, ejecutar análisis y organizar resultados.

Panorama de la filogenómica: qué preguntas responde y cómo interpretar la diferencia entre árboles de genes y árboles de especies.

Genomas de insectos en contexto: qué representa un ensamble y una anotación, cómo evaluar su calidad y completitud, y cuáles son los sesgos típicos que afectan análisis comparativos.

Ortología para comparar especies: cómo identificar ortogrupos y single-copy orthologs (SCO) y por qué isoformas y duplicaciones pueden cambiar las conclusiones si no se controlan.

Alineamientos y curación: construir alineamientos de proteína o codón, aplicar recorte cuando sea necesario y asegurar un control de calidad que evite señales falsas.

Construcción de filogenias por concatenación: cómo pasar de múltiples genes a una inferencia conjunta usando modelos, particionado y medidas de soporte para evaluar qué tan confiable es la filogenia.

Divergencia molecular (dN/dS): supuestos del enfoque, qué significa saturación, y qué filtros ayudan a obtener comparaciones más defendibles.

Perspectiva de “genoma completo”: interpretar resultados considerando el contexto genómico (cromosomas, sintenia y reordenamientos) cuando la información esté disponible.

Selección positiva como hipótesis: introducción a modelos branch-site y a la lógica de pruebas múltiples, con énfasis en interpretación correcta.