- Inicia: 02/10/2025 Finaliza: 04/11/2025
- Modalidad: Presencial
- Horario de clases: El curso se impartirá dos días a la semana, martes y jueves de 10:00 am a 02:00 pm.
- Estudiantes mínimo: 4 máximo: 8
- Costo: $1,500
- Creditos: 4
- Horas: 40
- Nota:
- Coordinadores:
Dr. Daniel Cerqueda García - Profesores invitados:
Dr. Joan Sebastian Aguilar Peralta
El estudio del microbioma de insectos mediante metagenómica shotgun permite recuperar no solo la composición taxonómica, sino también la capacidad funcional de las comunidades microbianas asociadas. Sin embargo, su análisis exige dominio de herramientas de línea de comandos y flujos de trabajo reproducibles. Este curso introduce al estudiante en la plataforma MOSHPITQIIME 2, cubriendo desde el control de calidad de lecturas hasta la obtención de genomas ensamblados (MAGs) y el análisis estadístico en R.
Brindar las bases teóricas y prácticas para procesar, ensamblar, anotar y analizar datos de metagenómica shotgun de microbiomas de insectos utilizando MOSHPIT, integrando principios de ecología microbiana y estadística en R.
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Dominar comandos esenciales de MOSHPIT para control de calidad y filtrado de ADN huésped.
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Ejecutar ensambles de contigs y binning de MAGs dentro de MOSHPIT.
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Realizar clasificación taxonómica y anotación funcional de contigs/MAGs.
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Calcular métricas de diversidad alfa/beta y abundancia diferencial en R.
- Interpretar resultados bajo el marco de la Ecología Microbiana.
Curso presencial teórico-práctico. Cada sesión alterna explicación conceptual y ejercicios en computadora. Se trabajará con subconjuntos de datos públicos de microbioma para ajustarse a los recursos computacionales. Los estudiantes deberán traer laptop; el servidor ejecutará MOSHPIT vía SSH.
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Laptop con cliente SSH y navegador.
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Conocimientos básicos de biología molecular y edición de texto plano.
Ninguna obligatoria, pero preferentemente:
- Conceptos básicos de sistemas operativos GNU/Linux.
- Conocimiento elemental de R (cargar paquetes, manipular data frames y matrices).
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Tareas/prácticas: 30 %
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Examen teórico intermedio: 20 %
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Proyecto final: 50 %
1.-Infraestructura y QC de datos
a) Arquitectura de servidores Linux y MOSHPIT.
b) Control de calidad.
c) Filtrado de ADN del insecto.
d) Generación de reportes.
2.-Ensamble y binning con MOSHPIT
a) Ensamble con MEGAHIT.
b) Evaluación con QUAST.
c) Mapeo de lecturas a contigs.
d) Binning con MetaBAT2.
e) Evaluación de MAGs con BUSCO y filtrado de calidad.
3.-Anotación taxonómica y funcional
a) Construcción de BD Kraken2 y clasificación.
b) Predicción de genes (Prodigal) y búsqueda de ortólogos.
c) Extracción de anotaciones y perfiles funcionales.
4.-Ecología, estadística y visualización en R
a) Exportación de tablas a R.
b) Diversidad alfa/beta.
c) Análisis de abundancia diferencial.
d) Teoría ecológica aplicada al microbioma de insectos.
e) Presentación de resultados (PCoA, heatmaps, barplots).